继1989年不可思议的最后逆转夺冠后，在1990-91赛季里，格拉汉姆再次率队夺取联赛冠军，枪手的后防四人组令各支球队无奈。
整个1990-91赛季里，阿森纳只输掉了一场联赛！
1992-93赛季，阿森纳成为了第一支在同一个赛季里赢得两项杯赛冠军的球队，在英格兰足总杯和英格兰联赛杯的决赛中，枪手们击败的都是谢菲尔德星期三队。
接下来的1993-94赛季，格拉汉姆时代的辉煌延续到了欧洲赛场，阿森纳在欧洲优胜者杯中一路高歌猛进，并在决赛中以1-0击败意大利劲旅帕尔马夺得冠军。
这个时刻，代表着阿森纳在格拉汉姆带领下达到了顶点。
1996-97赛季的上半段，阿森纳迎来了俱乐部历史上第一位外籍主教练——阿尔塞纳?温格！
法国人从日本的名古屋鲸八队转投而来，这位外表儒雅的法国人很快就为阿森纳带来了辉煌：1997-98赛季，也就是温格成为主教练后的第一个完整赛季，他率领阿森纳拿到了英超和英格兰足总杯的双料冠军！
重演了1970-71赛季的神奇，这也是俱乐部历史上的第二次。
在入主后，温格对球队进行了改造，1996年加盟的荷兰人丹尼斯?博格坎普发挥了重要作用，在夺取双冠的赛季里，他被评为球员联盟的年度最佳球员，和记者协会评出的最佳。
与此同时，温格的同胞埃曼努埃尔?佩蒂特、帕特里克?维埃拉先后到来，这批帮助法国队夺取1998年世界杯冠军的球员们，在阿森纳构建起了强大的法国帮。
在同一个赛季里，阿森纳告别了锋线传奇伊恩?赖特，后者留下了185个进球的俱乐部纪录。
在接下来的三个赛季里，阿森纳每一年都是英超的亚军，位列曼联之后。而在杯赛中，阿森纳也有活跃的表现。
2000年，阿森纳打进了欧洲联盟杯的决赛，但遗憾的在点球大战中输给了土耳其的加拉塔萨雷队，
之后的一年，他们又在英格兰足总杯决赛中1-2不敌利物浦，迈克尔?欧文的两个进球完成了逆转。同样在2001年，阿森纳打进了欧洲冠军联赛的八强，但被瓦伦西亚淘汰。
2001-02赛季，阿森纳在臣服三年之后向曼联发起了反击。在这个赛季里，温格率领球队再夺双冠王——英超和英格兰足总杯！
在英格兰足总杯中，阿森纳2-0击败了切尔西称雄。
英超中又创造了13连胜的骄人战绩，整个赛季客场不败！
2002年5月8日，阿森纳在老特拉福德1-0击败曼联，提前锁定该赛季的英超冠军，在曼联王朝的全盛时期，阿森纳是唯一一支能够和红魔抗衡的力量。
2002-03赛季，阿森纳在英超中一度形势不错，但最终被曼联反超。
不过在这一年里，阿森纳夺取了英格兰足总杯，也成为了这项赛事自1982年来第一支卫冕的球队。
在这个赛季里，蒂埃里?亨利的迅速提升引人注目，他从刚到海布里时一名不稳定、爱发脾气的年轻人，逐渐成长为英超中最可怕的攻击手。
2003年，亨利还当选了英格兰球员联盟和记者协会评选的双料最佳球员。
2003-04赛季，是值得阿森纳为之骄傲的一个赛季，他们夺取了俱乐部历史上的第13座联赛冠军奖杯！
整个赛季里，阿森纳高歌猛进，在英超中保持不败，创造了令人吃惊的神话。2003-04赛季结束后，阿森纳以90分的积分夺冠，领先第二名切尔西达11分之多。
2004年8月，阿森纳打破了前诺丁汉森林保持的纪录，缔造英格兰顶级联赛连续49场联赛不败的新神话！
随后的2004-05和2005-06两个赛季，随着罗曼?阿布拉莫维奇的到来，切尔西的崛起给了阿森纳新的挑战，蓝军切尔西连续夺取英超冠军，阿森纳仅仅收获了一座英格兰足总杯。
不过在2005-06赛季里，年轻人的崛起让阿森纳看到了新的希望，球队中的塞斯克?法布雷加斯等一批新锐迅速成长，随队一路打进了欧冠决赛。
虽然1-2负于西甲的巴塞罗那，但这成为是枪手阿森纳最接近欧洲之巅的一次。
2006年7月，阿森纳俱乐部告别了载满荣誉的海布里球场，搬入了现代化的酋长球场。
新球场为球队和球迷带来了更好的资源和服务，却也使俱乐部背上了巨额债务。球队虽然每年都能够争取到欧冠席位，却始终无法再举起一座奖杯。
法国人亨利在这种情况下，为了欧冠冠军远走巴萨罗那，阿森纳的实力受到削弱。。
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