当时清兵之患正炽，廷麟力争主战，曾上疏痛斥朝廷中主和的大臣。杨嗣昌恨之，谎称廷麟知兵，改授以兵部职方主事，赞卢象升军。象升得廷麟竟大喜，即令廷麟往真定（今河北望都、正定）负责运送军粮。崇祯十一年（1639）十二月十一日卢象升兵进驻巨鹿（今属河北）的贾庄，仅剩五千残卒，已断粮数日。象升派遣杨廷麟求助太监高起潜于鸡泽。高起潜置之不理，卢象升军中大哭。杨廷麟在保定往真定路上忽闻象升全军覆没，放声大哭。而嗣昌本以为廷麟亦死，及闻廷麟正好奉使在外，怅恨久之，再贬江西。
李自成陷北京，廷麟闻之恸哭，募兵勤王。复知福王被拥立乃止。唐王时授以兵部尚书，协同守将万元吉据赣州。隆武二年（1646）四月十四日清兵攻赣州，廷麟死守半年，五月，部将张安在城东梅林与清军激战失败，唐王乃命郭维经为吏、兵二部尚书兼右副都御史，总理湖广、江西、广东、浙江、福建军务，督师往援。维经与御史姚奇胤募兵八千人入赣州，与廷麟、万元吉协守。六月，广东兵支援赣州。十月四日深夜，清军登城拆垛，蜂拥入城，城陴和巷战死者如麻，黎明，清军占领赣州城。及城破，郭维经入嵯峨寺自焚死，奇胤亦死之。万元吉投贡江而死，廷麟整戎佩刀赴城西清水塘投水而死、当时塘内积尸平池，杨廷麟是挤在群尸间沉入水中的。在杨廷麟这种精神感召下，以身殉国的赣州地方官兵士绅百姓数以千百。清将贾熊叹道：“忠臣也！”以四扇门为棺，葬于江西省赣州市南门外。
杨廷麟，字伯祥，清江人。崇祯四年进士。改庶吉士，授编修，勤学嗜古，有声馆阁间，与黄道周善。十年冬，皇太子将出阁，充讲官兼直经筵。延麟具疏让道周，不许。明年二月，帝御经筵，问保举考选何者为得人。廷麟言：“保举当严举主，如唐世济、王维章乃温体仁、王应熊所荐。
今二臣皆败，而举主不问。是连坐之法先不行于大臣，欲收保举效得乎？”帝为动色。
其冬，京师戒严。廷麟上疏劾兵部尚书杨嗣昌，言：“陛下有挞伐之志，大臣无御侮之才，谋之不臧，以国为戏。嗣昌及蓟辽总督吴阿衡内外扶同，朋谋误国。与高起潜、方一藻倡和款议，武备顿忘，以至于此。今可忧在外者三，在内者五。督臣卢升以祸国责枢臣，言之痛心。夫南仲在内，李纲无功；潜善秉成，宗泽殒命。乞陛下赫然一怒，明正向者主和之罪，俾将士畏法，无有二心。召见大小诸臣，咨以方略。谕象升集诸路援师，乘机赴敌，不从中制。此今日急务也。”时嗣昌意主和议，冀纾外患，而廷麟痛诋之。嗣昌大恚，诡荐廷麟知兵。帝改廷麟兵部职方主事，赞画象升军。象升喜，即令廷麟往真定转饷济师。无何，象升战死贾庄。嗣昌意廷麟亦死，及闻其奉使在外，则为不怿者久之。
初，张若麒、沈迅官刑曹，谋改兵部，御史涂必泓沮之。必泓，廷麟同里也。两人疑疏出廷麟指，因与嗣昌比而构廷麟。会廷麟报军中曲折，嗣昌拟旨责以欺罔。事平，贬廷麟秩，调之外。黄道周狱起，词连廷麟，当逮。未至而道周已释，言者多荐廷麟。十六年秋，复授职方主事，未赴，都城失守，廷麟恸哭，募兵勤王。福王立，用御史祁彪佳荐，召为左庶子，辞不就。宗室朱统钅类诬劾廷麟召健儿有不轨谋，以姜曰广为内应。王不问，而廷麟所募兵亦散。
顺治二年，南都破，江西诸郡惟赣州存。唐王手书加廷麟吏部右侍郎，刘同升国子祭酒。同升自雩都至赣，与廷麟谋大举。乃偕巡抚李永茂集绅士于明伦堂，劝输兵饷。九月，大兵屯泰和，副将徐必达战败，廷麟、同升乘虚复吉安、临江。加兵部尚书兼东阁大学士，赐剑，便宜从事。十月，大兵攻吉安，必达战败，赴水死。会广东援兵至，大兵退屯峡江。已而万元吉至赣。十二月，同升卒。
三年正月，廷麟赴赣，招峒蛮张安等四营降之，号龙武新军。廷麟闻王将由汀赴赣，将往迎王，而以元吉代守吉安。无何，吉安复失，元吉退保赣州。四月，大兵逼城下，廷麟遣使调广西狼兵，而身往雩都趣新军张安来救。五月望，安战梅林，再败，退保雩都。廷麟乃散其兵，以六月入赣，与元吉凭城守。未几，援兵至，围暂解，已，复合。八月，水师战败，援师悉溃。及汀州告变，赣围已半年，守陴者皆懈。十月四日，大兵登城。廷麟督战，久之，力不支，走西城，投水死。
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