武莲蓉继任天帝，下得第一道圣谕，就是惩治叛逆。作为穿越者，她有着其余剧情人物天神所不具备的杀伐决断。
所有直接参与闻仲叛乱的截教神灵，全部都剥除神格，磨灭肉身，毁灭真灵。
所有间接参与闻仲兵谏密议，不予举报，全部削夺神职，贬为闲神，除非是“迷途知返，待罪立功”的，则酌情降低处分力度。
例如紫微大帝伯邑考，千里眼高明、顺风耳高觉等几个，就在此番政治风暴中幸存下来，仍旧官居原位，没受损伤。
对于“元凶”闻仲、赵公明、碧霄三个被擒者，武莲蓉施以最残酷的刑法，放弃斩仙台斩首、火烧、雷劈等刑罚不用，改为借鉴地球人类古代处置谋逆反贼的办法——凌迟处死！
武莲蓉颇有手腕，专门从造化空间调来一对在刑讯上具有特长的圣选者兄弟来施以刑法。先用封神榜锁住三位正神的真灵，使其难以解脱；又用勾刀铁锁穿透琵琶骨，废掉他们的毕生神通道行，最后再取用天庭宝库中收藏的出自九黎族工匠制造的剔骨钢刀，来缓缓行刑。
这对具有刑讯特长的兄弟，一个叫戴劳，一个叫戴怨，都是五毒俱全、心狠手辣、行为龌蹉的小人，乍然接受武莲蓉这项任务，都是欣喜若狂。尤其是虐杀这等造化空间中著名的传奇人物，更是爽中至爽的妙事。
戴家兄弟为了最大限度加深闻仲和赵家兄弟的精神折磨，分别按男女性别不同，各自施以当众阉割和切乳的酷刑。可怜闻仲、赵公明和碧霄，本来都是高高在上的天仙，神圣不可侵犯，但现在就像砧板上肉，被肆意凌辱折磨。
尤其是碧霄娘娘，因其容貌秀美，身材挺拔，玉\/肌仙体，更是成为戴家兄弟以百般花样摧残的试验品，想要求死求灭而不得，整一个惨字了得。
或者天可怜见，体谅闻仲、碧霄他们的痛苦，就在戴家兄弟行刑凌迟一天将终的最后，三支神秘弩箭募地从斜角射出，穿透受刑者咽喉，终结了他们的无尽痛苦。
杀人者，并非别人，正是八景宫传人卧龙先生诸葛孔明，当他的两个侍卫小鬼追风和逐电询问，为何要甘冒不韪，解脱闻仲、碧霄等人。
诸葛孔明只回答了一句：“英雄好汉，可杀而不可辱。”
戴家兄弟满怀忿怒将此事报告武莲蓉后，武莲蓉并未处罚，仅轻描淡写掠过，还亲自下旨盛赞诸葛孔明等人拥立之功。
搞定“叛逆”之后，武莲蓉就论功行赏，大肆封官。袁洪在伏魔大元帅官职之外，加授“平逆大圣”特殊封号，掌握禁军，拱卫皇庭，金大升、戴礼、罗成、张奎、高兰英等神灵皆为其下属。
加封黄眉怪为托铙天王，管理雷、火、水、瘟四部。加封孙膑为天庭总军师，位在四大天师之上，张道陵等四个，全部被罢免官职，取而代之的是新四大天师——广成子、赤精\/子、道行天尊和云中子。
天庭又新设左右丞相之职，协助新天帝参议政事，拜诸葛孔明为左丞相，位高权重，可谓一人之下，万人之上。而右丞相的官职，则拟邀请地仙之祖镇元子担任，武莲蓉派紫微大帝、真武大帝、南极仙翁三位帝君联袂传旨邀请，以示尊崇。
除此之外，武莲蓉还大肆提拔了许多官职卑微、颇有特长的小神，如分水将军申公豹、扫帚星马氏、三尸星撒坚、撒强、撒勇，力士星邬文化、贯索星丘引，皆不拘一格安置要职。
尤其是分水将军申公豹，被武莲蓉御封为吏部主管，兼游走三界钦差大臣，但凡被他选中，受他所邀投入天庭的，无论是人是妖是鬼是仙，都能直接提拔成正神，安享天仙之福。
申公豹口舌果真了得，下界之后未过许久，就忽悠来大批“贤士”加盟。其中头一位，是狮驼国修行的妖圣金翅大鹏雕，行动时抟风运海、云程万里，善用一杆方天画戟，随带一件厉害法宝叫阴阳二气瓶。
第二位是下界祭赛国乱石山碧波潭万圣龙王家的驸马，身高丈二，擅用月牙铲，原形是上古恶禽鬼车的妖王九头虫。
第三位却是天空山黄花洞中修行的多目道人，此妖是个蜈蚣精，懂得使用各种毒剂，正常状态时手段寻常，但若脱掉衣服裸奔时，可露出两肋下一千只眼，眼中绽放金光，异常厉害。
武莲蓉亲自见过三妖神通，甚是欢喜，当场赏赐五千年份蟠桃，替他们祛除妖性，暂时拜为正神，待建立功勋再行封官。
却在此时，北俱芦洲上天来几名土地神，跌跌撞撞闯进凌霄宝殿，向新任天帝武莲蓉哭诉紧急军情。
原来就在不久前，北俱芦洲天象异变，惊雷锐闪，于霹雳中凭空出现一支强悍的异世军团，以石人、金人、灯神、妖精等为士兵，以体型高耸入云、善于投掷闪电远程杀伤的巨人作为将领，四处攻城掠地，驱逐神灵，锄灭妖族，并强迫人类祭祀一个名唤“凤鸣天尊”的邪神。
“凤鸣天尊吗？”武莲蓉听完土地讲述，淡淡一笑，心中已然洞悉其中原委。但她并没有说破，就只轻声细语征询群臣意见，“诸位爱卿，你们怎么看？”
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