与王财大军的全线势如破竹相反的是，石大开负责的各个战场形势却不容乐观。被湘军围困的九江战局因为按察使李续宾的一万人加入而更显复杂，算上先期到达到副督统多隆阿，副将鲍超等总计二万余人，把小小的九江城围的是水泄不通，为了切着九江粮道，李续宾还在官牌峡至白水湖修筑长壕，同时不断派出小股部队冲击九江外围太平军营垒，气炎其为嚣张。困守孤城的贞天候林启荣也是太平军中首屈一指的善守名将，当年田家镇大败，他坚守九江不但打破了曾国藩顺江东下直取安庆的计划，更是斩了湘军悍将童添云，气死了塔齐布，这次天京变乱他就料定了武昌必不能守，因此也是日夜加固工事，增添防军，决心拼死守住天京上游门户九江，曾国藩爱慕林启荣之材，原想借着天京变乱，太平军人心不稳的时候写信招降他，结果林启荣收到信扫了一眼就一把撕掉，回派人回了两个字“放屁！”。与前次守九江不同，这次让林启荣更有信心的是威震湖北战场的江阴水师也参加到九江保卫战中。王财原料九江不可守而下令江阴水师回军苏南，但是朱永华考察了九江城防后密信王财，认为九江不但可守，但且很有可能将成为反击湘军的一个重要战场，总参谋部反复研究之后同意了他助守九江的请求。而朱永华和林启荣也确实配合的不错，两个一个负责陆路，一个负责水陆，把李续宾搞得头痛不已，每每出兵攻城，则江阴水师必定开炮助战，这几十条船一次齐射就是二百多发，又用的都是开花弹，让湘军损失不小，打了几次李续宾就想先搞定江阴水师，杨载福死后接掌湘军水师副帅大旗的勋阳镇总兵李成谋奉命调集湘军水师摆了个诱歼之计，想一口吃掉朱永华的水师，结果朱永华到是中计了，但一场恶战还是把这伙不要命的湘军战船全都送到江底去了。虽然如此，但毕竟兵力不足，九江外围被李续宾各个击破，西南两面各个郡县尽入湘军之手，北面黄梅、小池口也是朝不保夕，唯一的退路湖口又被彭玉麟督师攻破，可是说危在旦夕了。
天京变乱后石达开命令已经做了地官副丞相的李秀成主持湖北军务，李秀成一眼就把决心下在了已经打了半年多的九江，亲率五千精兵赶到建德与国宗韦志俊和检点黄文金会回之后，分两路直取湖口，在江阴水师的协助下，血战两日拿下了这个九江生命线。但是随后的战事又出了问题，湖口再入长毛之手后李续宾大怒，急调自己的弟弟后补知府李续宜率军增援，据守梅家洲和盔山，李秀成几次进攻都无功而返，白白折损了几千士卒。
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