在科技与忍术结合方面, 大蛇丸在忍界中，其实是非常寂寞的，而炎门的发展理念，和他不谋而合。
但是当年被宇智波赤、宇智波鼬教训过的事情，仍然让大蛇丸有些不服气。
他现在就想证明自己，同样可以做到炎门那种程度。
在大蛇丸的安排下，卑留呼、纲手、药师兜等人，详细讨论了逃亡飞船的所有技术细节，然后分解出各个子项目。
每一个人根据自己的特长，开始全力以赴研究。
大蛇丸有预感，炎门留给他们的时间不会太长。
实际上，他的预感非常准确。
炎门由于要面对大筒木一族的威胁，不得不加大忍界的清剿速度。
甚至考虑到未来可能要放弃苇原星，炎军的将领们已经有些不顾一切了，直接下令使用雷霆手段。
各种大威力的武器，对所有抵抗者进行猛烈打击。
在这种狂风暴雨一般的攻势下，流窜各地的秽土士兵迅速消亡，而炎门对于普通人的整合工作，同样进行得非常快。
就在忍界北部逐渐稳定的时候。
自来也终于找到了一些线索，找到了之前大蛇丸的一处废弃基地。
对于找上门来的自来也，大蛇丸也很快收到相关情报，他最后还是没有选择避而不见。
通过隐藏在废弃基地的白色小蛇，大蛇丸的分身，出现在自来也面前。
俩人不知道聊了什么，最后大蛇丸答应和自来也合作。
除了大蛇丸这一边。
壳组织近一段时间来，也是急得团团转，因为随着炎门吞并整个忍界，壳组织的外阵成员，几乎已经快全军覆没了，甚至有好几个外阵成员被密卫抓住了。
玄慈不得不做出应付。
一场新的风暴，又随着壳组织的蠢蠢欲动，开始在忍界暗流涌动起来。
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