英招与计蒙见战况如此，知天道欲扶立人族，进而知巫妖真大势已去，便撤去各自妖术法相，与妖圣飞廉相别而离。
但飞廉仍执迷不悟，一心杀灭人族，并将英招、计蒙二妖离去之事告知刑天、相柳。
刑天、相柳忿怒二妖自去，战后便分头追杀起英招、计蒙。
不久蚩尤与轩辕决战，蚩尤欲聚十二祖巫魂灵重现盘古灵体，却因后土未死而失败，被轩辕斩去三头，并用伏羲龙马分其尸首，灭九黎族。
轩辕自知得胜全仰仗广成子，深愧此前一度抛弃修行之道，便再次向广成子请教。广成子传以修身养性之法，不久轩辕乘龙登天，被人教老子册封为火云宫人皇圣人，人文初祖，世人皆念其救民水火，一统人族，尊称“黄帝”。
天皇伏羲、地皇神农、人皇轩辕，自此为人教之实际掌教，合称火云宫三皇圣人，但其有圣人之名，无圣人之实。
其后，天下共主暂由轩辕之子少昊担当，几世之后禅让于人王颛顼。
颛顼残暴至极，征伐东土，许多部落不忍受其暴敛而叛离。
时共工、祝融二部残余仍在中原，休养生息，不敢触怒颛顼氏。
巫族此时已衰落至极，仅有九凤、赣榆尸二巫分别在北境燕地与东海之外建国。
赣榆尸掌奢比尸国，在东海之外，连年地震雷霆，天灾不绝。
颛顼受女娲圣人谴责后，为建功立业，远征九凤其部，灭其族，九凤受伤而北逃，而激共工、祝融二好战部落之怒。
相柳、刑天早欲复仇人族，又见颛顼穷兵黩武，便举兵进犯中原。
相柳曾为水之祖巫共工之臣，懂得驭水之法，欲召唤暴洪淹没中原。
后勇者大禹出，为民治水，并得河图洛书，成天下共主。
大禹又灭相柳全族，一直驱赶至东海之外。
而刑天则逃进地仙界西牛贺洲。
至此，海内巫族再不成气候，人族终成人间霸主，而巫族几乎销声匿迹。
大禹虽以治水得大功德，但因与妖族青丘国公主涂山相爱，而得非议，最终大禹与涂山分道扬镳，大禹从此得心痛之病，欲涉足整个洪荒，制混一世界之图，便派大将竖亥背负行囊周游四极，写下游记。
后竖亥之游记又为大巫伯益所得，伯益改写为《山海经》，并成上古妖文、巫文、中原人文字三种，传遍洪荒。
但伯益毕竟为人巫混血，虽有大禹无比赏识，却被忠臣难容。
最终禹王传位夏后启，启沉伯益入井中，伯益土遁至西域边界，隐居不现人世。
“此间种种，却是让人大为感叹。”许宁虽身为圣人之尊，但却并没有那些女娲圣人，三清圣人真的不管人世间，只顾自己修行。
他这般翻阅历史，看到人族后面的演变过程，大为有趣。
当然了，他手上未停，混沌珠继续刻画，将这一段历史同样录入：
天命贤王生异象，金仙崆峒首君师。
九黎风雨祭盘古，指南冀野天下期。
人文初祖诰黄帝，龙马斩尸巫灵消。
水臣肆洪禹皇去，四游山海大兴机。
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