在内阁议定之后，便开始下令执行，明军俘虏的近四万蒙古人，还有投降的六万蒙古人，被明朝编成了二十个卫，分布于漠南和科尔沁草原。
不过因为只剩下十万多人，实力远远弱于漠北蒙古，为了避免被漠北诸多部落兼并，所以这些个卫所只能在靠近长城和辽宁一带分布，并不能控制整个漠南和东蒙古草原，许多原来的牧场，都成为了无人地带。
明朝收获的百万头牛羊，有四十万只绵羊被兵部留下，二十万只羊和一万头牛拿到民间出售，另外的则交给各蒙古卫所放养。
兵部的四十万头，只拿走十万头分配各镇，另外三十多万头，也交给了蒙古各卫放养，但此后三年内，各卫所需要每年向兵部输送十万头牛羊，三年后兵部按着市价，每年够买十万只牛羊供军队消耗，只是羊肉其实并不适合给士卒吃，不过兵部今后会鼓励各卫多养肉牛。
这个办法如果实行的好，不仅明军的战马不用愁，骑兵能加强，士卒在体质上也会有所提升。
在对各部落和俘虏进行整编时，蒙古部落中的几个台吉还有比较重要的贵族，都被送到南京，赐予宅子和田产恩养，被选为卫所千户的蒙古人，则须送一子或者兄弟到南京学习汉字、汉话还有军事，即是当做人质，也是对他们进行培养。
毕竟归附大明的蒙古人只是少数，在草原上属于弱势的一方，加上被分成若干卫所，力量就更加分散，很容易被其他大的部落盯上，所以需要提高他们的能力自保。
不然明朝花功夫培养之后，被其他未臣服的部落吞并，没有起到为大明屏障的作用，那就白费功夫了。
在编成卫所，划分牧场之后，朝廷便下令所有归附的蒙古人都赐归义的身份，然后视表现再赐予明籍。
这时按着命令，福临的首级，首先就是在这些蒙古卫所中传递一遍，并就努尔哈赤本为家奴，却叛乱弑主的不耻行径，进行宣传，以警醒蒙古各卫。
在蒙古传递之后，首级传到了正在筑锦州城的满族俘虏手中，让他们绝了反抗之心，老实赎罪，今后像归义伯谭泰一样，挣个好身份，从新做人。
这些每日没夜劳作的俘虏，其实对于大清曾经的辉煌，多少还存在一丝幻想，可是当他们看到福临等人的首级之时，便彻底绝望了。
大明在国破家亡之时，有忠贞之士，泣血痛苦，其他的民族其实也有，不少满人看见他们皇帝的头颅，便有人忍不住痛哭起来，甚至有人为此自杀，但绝大多数人在神伤之后，很快就恢复正常，接着干活。
毕竟与福临的死相比，他们眼下自己的处境还是要重要些，不能完成每日的任务，是没有饭可吃的。
人头传递到关内，就喜庆许多，就跟过节一样，一个个城的传递，从北方慢慢传到江南地区。
此时，明朝也给了吴克善回信，允许他率部南归科尔沁，但是他本人以及科尔沁的贵族必须前往南京居住，部众将交给明朝进行改编。
进入南京，等于软禁，交出部众就失去了权力，这点吴克善无法接受，而且他毕竟是福临的舅舅，再加上满清的皇后、王妃都是她的亲戚，他不敢确定明朝是否会真的放过他。
如果生活在南京，他必然寝食难安，一日都不会安心，所以南京他是不会去的。
不过他们已经到了杀马充饥的地步，最后经过商议，聚集于捕鱼儿海附近的两万多科尔沁人，留下大部分物资，有一万五千人随着吴克善之弟，接受明朝的条件，迁回科尔沁，使得臣服于明朝的蒙古人达到十二万人。
这个数目，再加上青海地区臣服的蒙古部落，那么至少有十五万人，成为归义。
吴克善最终没有接受明朝的条件，但是他却也为一万五千多将要绝粮的科尔沁人换取了一条生路。
在主力迁回科尔沁后，吴克善带着不到五千人，北走至呼伦湖一带，洗劫了北山女真的一个村落，但却招致北山女真的反击。
吴克善无法立足，只能继续北迁到尼布楚一带。
这段时间里，他五千人与北山女真的争斗中死了三四百，之后又有两千多人陆续脱离队伍回到科尔沁向明朝投降，剩下的人在尼布楚又饿死近千人，最后只剩一千五百人于此建立村落，开始渔猎生活。
吴克善作为一个十多万人的部落首领，最后沦落到苦寒之地，从大汗变成了亭长，也真是世事无常，算是经历了风云跌宕。
四月时节，南洋马六甲，随着太阳跃过赤道，直射北半球，整个南洋的气候开始变得又湿又热。
从二月间起，这样的气候已经让明军减员近两千多人，病死之人尽然接近了整个战役的伤亡。
日渐炎热的天气，明军难以忍受，但也就在这个时候，被围困长达七个月的荷兰主堡，终于在粮绝中，向明军投降。
当东印度公司的总裁莫斯契尔，率领一群浑身发臭，目光失神的荷夷走出堡垒时，可以说让明军都很震惊，连李定国也没想到红毛鬼居然有这样的忍受能力，被围七个月，才无条件投降。
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