最终宇智波一方的忍者近乎全部被转化为了妖魔，只有少数的人保持了清醒，且逃离了出去，实力基本都是族内最精锐的存在。
鞑马一族是最为凄惨的，最强的一批全部受到了分裂的精神体怪物的反噬，转化为了妖魔，就连鞑马族长也不例外，反而是一些没觉醒血继的族人，跟着其他家族的清醒者逃了出去。
这场忍者的战争就此落幕，忍者之中没有胜利者的出现，只有妖魔收获了最后的果实。
妖魔就此在火之国中扎根。
所有的火之国剩余的忍族都被迫联合了起来。
忍者的战争不在存在，取而代之的是忍者与妖魔之间的战争，也是人类与另外一个种族的搏杀。
妖魔威胁论成立了，因为妖魔真正的把牙齿放在了每一个人的脖子边。
在连绵不断的战争之中。
火之国忍族最凄惨的时候，主力甚至进入了漩涡一族所在的岛屿，凭借地势与妖魔进行缠斗，而在这一过程中妖魔的阴影开始涉及忍界其他的角落。
一个个新的大妖魔出现，死去的妖魔除了土蜘蛛兄妹以外，也都被复苏。
在彻底完成了畏这一体系后，妖魔并不惧怕死亡，死亡也可以凭借畏重新塑造，然后重新归来，而土蜘蛛兄妹的情况复杂，他们是灵魂被封印了，所以并没有归来。
最后形成了以十大妖魔为首的局面。
妖魔总帅-滑头鬼，以及另外的九妖魔——八幡雷门、骨女、魃、大天狗、雪女、茨木童子、鬼童丸、酒吞童子、八岐大蛇。
每一个新生的妖魔，都代表着对忍界的重创。
覆灭了水之国的雪之一族，获取了冰遁血继后，雪女因此诞生。
覆灭了水之国的竹取一族，获取了尸骨脉血继之后，骨女因此诞生。
以宇智波一族和羽衣一族血脉为原材，拥有着不会失明的万花筒之力，并且拥有着黑色的天羽衣加持的大天狗诞生。
还有滑头鬼亲自出手，进攻了三大通灵圣地中的龙地洞，那一次魃、八幡雷门、雪女和骨女尽皆死亡了一次，大天狗重伤，最终龙地洞覆灭，只有白蛇仙人逃走，而田心神姬、市杵岛姬、湍津姬这三大转化为人形的三大蛇姬的尸骸，被制作成了八岐大蛇。
不过八岐大蛇只是寥寥出手过一次，此外一直在龙地洞的遗址中沉睡，融合了巨量自然之力的它，其实姿态并不算完整。
时光匆匆。
最终千手佛间在四年后重伤，日向天忍在六年后也在与滑头鬼的战斗之中战死，十神门羽哉也勉强支撑，在这六年间数次重伤濒死。
妖魔似乎已经所向无敌。
但是旧时代的忍者虽然死去，但新时代的忍者们却逐渐成长了起来。
宇智波的残族的族长宇智波斑和千手一族的新族长千手柱间，摒弃了两族的前嫌，共同对抗起了妖魔。
这一时间线上，两人的关系很是复杂，但是仇恨的意味却减少了很多。
他们并没有两人的父亲而分开，再相遇结识后，他们的友谊逐渐加深，虽然千手佛间和宇智波田岛都察觉到了一些不对，但是还没有等他们彻底插手，便发生了当年的那场大战。
谁对谁错，此时已经没有办法评说，但是妖魔的存在，却聚集了所有的仇恨，所以两人接管各自的家族后并没有互相厮杀，而是重新恢复了友谊，建立了盟约。
千手柱间的木遁。
宇智波斑的万花筒写轮眼。
再加上已经彻底完成九限生壳的十神门羽哉。
这三个新时代的忍者，被合称为了三神。
凭借他们三人的力量，忍者取得了前所未有的一场场大胜，而造就形成了火之国的诸多忍族，也在三个最强者的携手之下，建立了木叶村。
……
塔尔的目光洞穿了岁月，看到了更遥远的未来。
木叶56年，木叶村忍者学校。
“最终在三神的努力之下，妖魔被驱赶出了火之国，而其他国家也纷纷效彷，建立起了各自的忍村，雷之国的云隐村、风之国的砂隐村、水之国的雾隐村，但是妖魔的威胁仍然存在，所以大阴阳师漩涡睛明阁下，提出了运用尾兽之力的计划。”
“这就是木叶开创前的历史了。”
尹鲁卡合上了教桉，看着教室中的学生们露出了笑容。
忽然一个黄头发的小鬼，满脸不服气的大声道：“呐呐，尹鲁卡老师！为什么不是四神？大阴阳师的实力可是也很强大的，他可是降服了九大尾兽的男人！”
尹鲁卡无奈的解释道：“鸣人，你前面的课到底有没有好好听清楚啊！我之前就讲过了，三神，准确的说是忍者三神，而漩涡睛明大人可是阴阳斋的建立者，是阴阳师的体系的创立者，他跟忍者三神的情况可是不一样的。”
一个背后有着像是乒乓球拍的族徽，黑色头发，长相帅气的男孩嘁了一声，不屑道：“鸣人，你这家伙连自己家的事情都不了解，可真丢脸啊。”
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