虽然军权未有丝毫的削弱，但为表忠心，李定国主动向司马宇请调周仓、刘世玉、向条三人出任东军三营领军将领。
西军，以秦良玉麾下原有的白杆兵为基础，再加上新募的4万北山部落蛮军，剔除几千人后刚好组成5万西军，由秦良玉统领，李柱国副之。秦良玉加征西将军，从二品官职，李柱国加正三品将军。
西军的配置与东军有所不同，以适合山地作战的轻装步兵为主，辅以大量装备精良的弓箭手和弩手，主要负责镇守王府治下的西部靠近北山部落区域，以向郡为大本营。
西军同样下设5营，每营1万人，除秦良玉麾下的原班人马外，再分别调派施但、褚云宣担任西军的两营领军将领。
不过，因为秦良玉尚还领军远在中坝岛围困梁山军，西军的营地建设等相关事宜只得落到李柱国、施但、褚云宣三人手中，人马的整编自然也短时间内无法到位。
北军，以斛律光麾下3万鲜卑骑兵为基础，再加上从收编的降军中所挑选的2万精锐，组成北军5万大军，由斛律光统领，贺拔允副之。斛律光加征北将军，从二品官职，贺拔允加正三品将军。
北军下设5营，每营各1万人，3个骑兵营，两个步兵营，负责拱卫北部边境，常驻原陈食县北部广山郡，彻里吉、呼厨泉两人调任两营北军领兵将领。
南军，以李牧麾下武安营为基础，加上从收编降军中所挑选的3万精锐组成，由李牧统领，岳钟琪副之。李牧加征南将军，从二品官职，岳钟琪加正三品将军。
南军下设5营，每营各1万人，以装备精良的骑兵和步弓兵组成，调派裴元绍、雄阔海两人出任南军的两营领军将领。
作为战国四大名将之一的李牧，曾经先后在抗击匈奴和抗击秦国的战争中大放异彩，创造出了中国历史上第一个以步兵大兵团全歼骑兵大兵团的经典战役。为此，对于这位名将，司马宇给予了极高的期望，南军的装备配置也以适应野外正面作战和突击为主。
在东西南北中五军之外，在麒麟城尚设置有左右卫两军，以及分别驻扎在大溪郡的水师南营和中坝郡的水师北营。
左右卫军共计3万人，分别由武松、兀突骨两人担任都统，各令1万5千人，加正三品将军官职，主要负责拱卫南方王府和麒麟城的安危，在战时也可派遣部分大军随同司马宇共同出征。
水师南营和水师北营仍然由九鬼嘉隆、俞大猷两人统领，两营均由原来的2万人扩充至3万人，分别负责南方王势力范围内的南部和北部水域。
在整个司马宇麾下，除了东西南北中五军，以及左右卫和水师南北营这35万正规军外，还保持有锦衣卫和数量高达人的各地郡兵。
其中，郡兵主要由剔除的收编降卒充任，5000郡兵常驻麒麟城，剩余郡兵则分驻36个郡内。
锦衣卫，则从原来可以出战的正规军体系中独立出来，不在兼任对外作战的职能，只要以督查百姓、百官和搜寻情报为主，归司马宇直接统领。
锦衣卫指挥使，正二品官职，由顾长风担任，阿会喃担任锦衣卫副指挥使，萧飒、蒋冲两人升任锦衣卫千户。
锦衣卫除了在麒麟城设置的锦衣卫总督衙门统领的2万锦衣卫以外，在新设的8个上郡内设置有分部，由原锦衣卫的百户出任，以及专门从事情报收集，隐藏在暗地的黑手组织外阁。
这样细算起来，经过整编后，整个南方王府治下兵员依旧超过了40万，近10:1的参军比例，对于人口500多万的南方王势力而言确实是个不小的负担。
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