如今明珠人已到达昆明就任，云南总督府和承宣布政使司、提刑按察使司都已经设立，陈世凯也奏报昆明一带形势趋于平稳，确实应该抓紧派人前去。毛渊明与常镇业商议，将所有官员分为六组，分赴昆明、大理、楚雄、永昌、临安、曲靖等六处，分理各地土司事务，清查土司人口、田地以及其它营生项目，详细上报朝廷。土司头人仍依旧制，按掌握人口土地规模不同，分别授予府土同知、州土同知、土县丞等职位。一旦清理统计完毕，职位授出，各土司头人须派子侄或者亲信家臣进京谢恩。
唯独侬鹏因为在平定吴世璠的战役中派兵参与而且建立功勋，以特旨晋封广南府土同知兼广南卫指挥使、世袭三等轻车都尉，侬绳英为广南卫指挥副使——这个不起眼的安排，却是项绍宽和吕宪华精心策划的：侬鹏以嫡子侬绳武为继承人，庶长子侬绳英却因为这次参战立功获得了朝廷官职，将来两兄弟必有一番斗争。
另外，南京军机处还正式提报，结束安南征伐的特殊时期，全国进入向常规化管理转变的过渡期。
在皇帝回京后、安南征伐前，北京军机处和内阁只处理北直隶和山东、山西、河南三省政务，其余各地军政事务，仍汇总到南京，由南京军机处和留守司办理。现在安南征伐结束了，应该逐渐向常规化管理过渡。只不过，因为云南初定，四川、湖广、广西邻近云南的地区依旧匪患不断，刘国轩等人还要继续派兵剿抚，由南京军机处继续掌握这些军务比较便捷。因此，南京军机处建议，自本年冬至日起，陕西省的一切军政事务转由北京军机处和内阁管理，河槽总督府的人事权也交由北京吏部考铨任用，其余各省仍暂由南京代管。
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