于是明廷背信弃义，嘉靖三十二年（1553年）闰三月一个深夜，总督王忬派遣总兵俞大猷率官军偷袭沥港围歼汪直。汪直败走日本。双屿港与沥港的相继覆灭，让浙江的国际海上贸易网络遭受重创。自此，明清时代的浙江沿海再无和平经营之海商的容身之地。
汪直在沿海活动的最后目的，是“要挟官府，开港通市”。这八个字的含义十分清楚，要求政府放弃不合时宜的海禁政策，使海上贸易合法化。在当时的形势下，这个要求是合理的。随着葡萄牙商人、西班牙商人的东来，已经把中国卷入“全球化”贸易的漩涡之中，海禁政策与此格格不入，朝贡贸易又难以适应日益发展的海外贸易的增长速度。汪直对于国际贸易形势的判断比那些保守的官僚更胜一筹。
汪直在离开中国沿海后，自称徽王。据田汝成《汪直传》载：汪直“据萨摩洲之松津浦，僭号曰宋，自称曰徽王，部署官属，咸有名号。控制要害，而三十六岛之夷皆其指使。”萨摩洲之松津浦，实际上便是肥前国平户岛的误传。
嘉靖三十三年（1554年）四月，胡宗宪受命出任浙江巡按监察御史，官至兵部左侍郎兼都察院左佥都御史，总督南直隶、浙、福等处军务，负责东南沿海的抗倭重任。为招降汪直，胡宗宪先将汪直的老母妻儿放出监狱，优裕供养，后遗使蒋洲和陈可愿至日本与汪直养子王滶（毛海峰）交涉，遂见汪直，晓以理，动以情。当得知亲人无恙，他不禁喜极而泣，并向来使诉苦：“我本非为乱，因俞总兵图我，拘我家属，遂绝归路。”而对于通商互市的承诺，他更加无法抗拒。汪直表示愿意听从命令。汪直将蒋洲留在日本，为表示诚意，他命毛海峰护送陈可愿回国面见胡宗宪，具体商量招抚和通商互市事谊。胡宗宪厚抚毛海峰，使汪直消除了疑虑。
嘉靖三十六年（1557年），蒋洲在汪直的帮助下，和日本山口、丰后二国的国主源义长（即大内义长）、源义镇（即大友宗麟）都达成了协议，日本归还被掠人口，并备方物入贡。胡宗宪以此事上奏朝廷，得到了支持，圣旨诏胡宗宪厚赉其使，使之还。十月，汪直终于率领部分人马和贸易船队，前往浙江，日本政府则派出的使者善妙等人，以及蒋洲一同从五岛出发，一起搭乘汪直船队前来通贡互市，最后到达浙江岑港。但是途中遭遇台风，蒋洲的船只先行到达，遭到官方的怀疑，因此蒋洲遭到逮捕。
稍候到达的汪直等船队得知这一消息后在舟山停滞不前，被明军水师团团包围，在胡宗宪慰劝下，汪直亲自来到定海关，向其投降。
胡宗宪慰劝汪直至杭州谒巡按王本固，嘉靖三十七年（1558年）二月五日他在杭州西湖游玩期间被王本固诱捕，下狱时亦连声追问：“吾何罪？吾何罪？”还写下了《自明疏》，他首先说明：“窃臣（王）直觅利商海，卖货浙（江）、福（建），与人同利，为国扞边，绝无勾引党贼侵扰事，情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”接着他向朝廷报告日本的情况；“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”最后他向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”也就是说，把广东允许开放通商口岸，设立海关收取关税的做法，推广到浙江沿海，并且恢复日本的朝贡贸易关系，那么，东南沿海的所谓“倭患”就可以得到解决。
历数自己剿贼的功劳后，他仍祈求皇上开放海禁，并承诺“效犬马微劳驰驱”，愿为朝廷平定海疆。”
此间，明廷命令攻击舟山的毛海峰、大友家朝贡船队，毛海峰据山而守，明军屡攻不克。毛海峰和大友船队趁机打破包围，扬帆而去。此后毛海峰和谢和（谢老）等率领汪直的旧部多次进犯福建沿海。
嘉靖三十八年（1559年）十二月二十五日汪直被斩首于浙江省杭州府官巷口，临刑前见儿子最后一面，父子抱持而泣，汪直拿一根髻金簪授其子叹曰：“不意典刑兹土！”伸颈受刃，至死不挠。
汪直被处死后，由于群龙无首，倭寇之患又严重起来。据《国榷》卷62载：谈迁云：“胡宗宪许汪直以不死，其后议论汹汹，遂不敢坚请。假宥王直，便宜制海上，则岑港、柯梅之师可无经岁，而闽、广、江北亦不至顿甲苦战也。”汪直死前所说的“死吾一人，恐苦两浙百姓”一语成谶，很快“新倭复大至”。闽广遂成倭患的重灾区。
话说汪直看到前面一荒岛有人发起了求救信号，他立马恢复手下调转船头，往荒岛疾驰而去。
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