嘉靖元年（1522年），葡萄牙商船在广东发生西草湾事件，第二年在宁波发生日本贡使争贡事件，因而导致朝廷下令关闭广东、福建与浙江等所有对外通商门户的市舶司。从此，朝贡贸易这道门被封禁了。
倭患溯源，历史上最早关于倭寇的记载，是目前留存于中国吉林省集安县的《高句丽广开土王碑》（日本称《好太王碑》），上面刻着“倭寇溃败”的记事，记载的年代为公元404年。1961年，该碑连同洞沟古墓群一起被国务院批准公布为第一批全国重点文物保护单位。
公元1333年，控制日本政治的镰仓幕府灭亡，在京都和吉野分别出现有不同武士集团所拥立的天皇，日本进入南北朝时期（1336-1392年），集团之间不断进行军事对抗，一些在战争中失败的武士，基于贫困而加入海盗队伍。
他们在支持南朝而居于下风的松浦家支持下，对朝鲜半岛和中国辽东的沿海地区进行海盗入侵活动，肆意抢劫财物、绑架人口，甚至杀戮生命，高丽成了当时倭患的重灾区。
据统计，高丽从至正十年（1350年）至至正二十六年（1366年）的十余年间，年年都会发生倭寇入侵事件。入侵的倭船规模大小不等，少者50余艘，多者则达200余艘。
他们每到一地，则庐舍尽焚。并且高丽境内的漕船，也成为掳掠的主要目标，迫使高丽王朝最后改漕运为陆运。
高丽没办法，曾专门派遣使者带牒文前往日本进行交涉。此后的日本，和高丽就打击倭盗进行了一定的军事合作，并主动送还被掳掠的高丽人口。
倭寇对于中国沿海地区的侵扰，在元末已经出现，当时主要发生在山东、辽东等北方沿海。
明朝建立的次年（1369年），又发生了倭寇对山东、苏州、淮安等地大面积侵扰事件，朝廷就倭寇问题，向日本展开外交交涉。
日本的执政者足利义满，根据明朝的要求出兵打击本国海盗，同时也通过这种合作，获得了与明朝进行朝贡贸易的机会，两者的合作很有成效。
1419年，辽东总兵官刘江率领大连地区军民，在望海埚战斗中取得一场空前的胜利，此战斩倭千余，生俘百余。
倭寇的主力损失殆尽，致使其以后百余年再也不敢侵犯辽东地区。
由此以后，倭寇的袭扰目标逐渐南移，转到浙江等东南沿海。
明初，从洪武到永乐的57年间，倭患次数共为94次，年平均不到2次；永乐以后到嘉靖之前（1425～1522年）近百年间的倭患记录次数仅为17次；在嘉靖一朝的45年间，倭患次数猛增到628次，占明时期倭患次数的80%；以嘉靖三十一年（1552年）为界，前三十年倭患记录零星散布，不成为患。然而，后十五年却像雪崩一样，爆发了长达十五年的“倭寇”大动乱，几乎97%（609次）的倭患都集中在后十五年里。进入隆庆后，又骤减为48次。
由以上的统计可以看出，嘉靖以前的倭患都是零星的，规模也是很小的。但是到了嘉靖年间，突然爆发，并且集中在嘉靖朝后十五年间。这是什么原因造成的？
这和当时的时代背景有关系。
嘉靖元年（1522年），葡萄牙商船在广东发生西草湾事件，第二年在宁波发生日本贡使争贡事件，因而导致朝廷下令关闭广东、福建与浙江等所有对外通商门户的市舶司。从此，朝贡贸易这道门被封禁了。
当时的明朝朝廷不明白，这个世界已进入大航海时代，繁盛的海上贸易已经无法停止。以海路为连接的世界贸易圈蓬勃发展，中国所在的东方贸易圈正是其中重要的一环，蕴含着巨大的财富和商机。
禁海措施断绝了许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（渔业、手工业、造船业、贸易）的生计，他们为了生计，只好走入地下贸易。
这些福建的海商勾引葡萄牙商船队，转移阵地到浙江双屿港一带从事走私贸易。此岛悬居浙江外海，扼多条航线之要冲，遂成为走私船泊聚交易的风水宝地，还聚集了日本、马来、琉球、暹罗等国海商，成为远东最繁华的国际贸易中心。
嘉靖五年逃犯邓獠，嘉靖九年福州狱变逃犯林碧川、李光头、许栋等也都先后投入双屿港的走私贸易行列，为双屿港造势，并成为后期双屿港上海商大头目。
同时在无政府状态下，许多商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成倭乱。
双屿港私商的贸易繁盛，令朝廷日益无法容忍。嘉靖二十七年（1548年），明右副都御史朱纨派遣2000多官兵直扑双屿港，官军大胜。
朱纨下令将房屋、船只全部焚毁，并淤塞航道，令这个“世贸中心”成为一片废墟。此后，在漫长的明清海禁期间，这里都只是一座空岛，直到今天。
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