第三，舟山土地贫瘠，粮食产量很难满足军队需要。长期以来，舟山的农业发展都相当滞后，粮食产量相对较低，在扣除上缴的税收之后，仅能勉强度日，遇上灾年可能连度日都困难。
因而，如果要想在舟山大量驻军，首先就得解决粮食的问题，可海运不仅路途遥远，而且还容易遭到倭寇的劫掠；如果军队囤地种粮，那又会挤占了老百姓为数不多的耕地资源。
总的来说，汤和也是考虑到舟山土地供应粮食的极限，才只留下2个千户所和500多户居民，这样才能平衡岛上的军需供应和百姓生活的难题。
虽然在明政府看来，放弃舟山是“无奈之举”，但他们似乎没有考虑到，放弃舟山之后的严重后果。
明朝放弃舟山守备，主要导致了两个后果。
首先，就是令浙东地区的防御能力大大削弱。假如明王朝肯重军守备舟山，那么倭寇想要劫掠浙江，就要先突破舟山守军，即使舟山守军不能彻底消灭倭寇，也能够为浙东沿海地区的守军赢得调兵御敌的时间，实际上能够加强东南沿海地区的安全保卫。可明王朝却放弃了舟山，这不仅仅是放弃了一个防御的深度，更给了倭寇直接盘踞舟山、以其为跳板进犯浙东的机会，令倭寇袭扰浙江沿海变得更加“轻松容易”。尤其是到了明朝后期，吏治腐败、军纪败坏，守军已经几乎不能严守阵地，导致倭寇肆意劫掠财物、杀害沿海百姓，极大地破坏了沿海地区的和平稳定。
其次，这也导致了双屿港走私贸易的繁荣。在明朝，沿海地区人民单纯从事农业生产很难维持家庭生存，只能依靠出海捕鱼补贴家用，可严格的海禁政策让渔民们要么逃亡海外成为海盗、要么通过走私补贴生计。
舟山密布的海岛就这样成为了走私的“天堂”，双屿港还一度发展为“16世纪的上海”。在最繁荣的时刻，有3000多人居住在那里，其中包括1200多人葡萄牙人，每年贸易金额高达300万金。可见，当时舟山地区的走私贸易不仅能够抵达日本，更是已经远达欧洲。
走私问题的日益严重，也影响了沿海地区的社会治安，“黑吃黑”等暴力活动长期存在，严重影响了当地普通居民的生活。
总的来说，明朝放弃舟山防卫虽然在一定程度上是无奈之举。但也不得不说，这是一种短视的行为，还令曾领先于全球的我国大大落后于西方，造成了清末落后挨打的被动局面。
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