光之国恢复如初，主角前往麦克斯时空，一来里看到了叶腐，并与叶腐激战，最后战败。
主角使用三位奥特曼的力量，将叶腐击败，并用治愈光线将叶腐驱逐，并获得了能量源。
主角回到光之国时空，在宇宙中游荡，并进入超银河外传的故事，击败了独眼赛罗，随后去寻找赛罗。
菲罗出现，占据了独眼赛罗的身体，并表示他的目标就是抹除主角，接着主角和赛罗联手迎战，最后主角超融合才将其消灭。
主角回到雷欧时空，不料却遭遇伏击，机械扎基出现并对主角下手，步美驾驶战机战斗却被击落，步美不知所踪。
主角体内的黑暗失控，变成黑暗巨人，与扎基激战，最后将其消灭，东京毁灭。
主角回到光之国，找到了奥特之王，得知真相要去其他宇宙寻找，并在奥特之王帮助下前往其他宇宙。
主角到达贝利统治的宇宙，进入了贝利亚银河帝国世界，在贝利亚军团中看到了机械扎基，并开始战斗，最后超融合变成无翼诺亚，将其消灭。
主角跟随赛罗等人到达地下神殿，得到了能量源，接着众人前往贝利亚老巢，展开决战。
菲罗找到主角，并和主角决斗，最终被主角击杀，接着主角再次超融合，变成诺亚。
这时，众人心里的光转化为巴拉吉之盾，诺亚借助主角的手将巴拉吉之盾交给赛罗，最终贝利亚被消灭。
主角和赛罗一起前往未知宇宙，在神殿里见到了和步美共生的波利多安，接着诺亚一族的王出现了，双方交战。
王吸收了所有机械扎基的力量，出现了机械的诺亚之翼，主角选择独自断后，让赛罗带着波利多安先走。
主角解放体内所有力量，奈克瑟斯的力量也从天而降，光与暗的力量聚集一起，进行究极超融合。
主角展开了诺亚之翼，二人进行决战，最终主角将黑暗诺亚消灭，因为两人的战斗导致超新星爆炸，宇宙崩毁。
主角用尽力量进入黑洞，到达盖亚时空，这时的主角失去了格斗仪和变身的力量。
主角见证了我梦变成盖亚，接着找回了格斗仪，并发现每次怪兽出现后都有天空之光找上自己，对自己进行补给。
主角准备消灭天界机械体，遭遇阿古茹阻止，一拳将其击退，随后消灭天界。
主角发现不断的参与战斗，就可以获得星球的认可，进行修复系统。
主角发现自己突破限制，融合了迪迦的光之力，接着处理完壬龙事件后，激活了高斯的光之力。
主角又激活了戴拿的光之力，接着和我梦还有藤宫一起变身，联手将反物质怪兽消灭。
主角融合了雷欧之光，阿古茹进化到V2，接着系统启动，主角得知能量源和其他物体都是进化仪破碎的一小部分。
巨兽佐利姆出现，主角和盖亚以及阿古茹一起联手将其消灭，虫洞开启，主角穿梭时空，回到光之国。
主角留在光之国修行，在等离子火花下恢复着身体，赛罗等人遇到一颗钢铁星球，主角决定前去帮忙。
主角成为终极赛罗警备队的名誉队长，接着发现盖亚时空出现危机，时空被封锁，求助奥特之王，随后以高斯的力量单独出现在盖亚时空。
主角以精神体形式出现，随后独身在凯瑟琳身上，回到了东京，和我梦交换了情报。
主角发现敌人是新的光之生命体，接着见到了颓废的藤宫，随后身份暴露，脱离凯瑟琳。
主角阻止了各地对怪兽的毁灭计划，接着主角以奥特曼的身份和石室指挥官等人见面，随后大量破灭魔虫来自，阿古茹被控制，击杀了不少地球怪兽。
主角和光之生命体操控的阿古茹战斗，将其击败，破坏了虫洞，救下了藤宫。
地球怪兽纷纷出现，与破灭魔虫战斗，紧接着破灭天使佐格出现，主角鼓舞着大家不要放弃，随后因为能量不足被迫离开盖亚时空。
希望之光穿梭时空，传递给主角，主角终于可以再次降临，以诺亚的形态降临盖亚时空。
主角和盖亚以及阿古茹一起消灭了佐格还有破灭魔虫，接着和超罗交手，将其消灭，回收了新的碎片。
主角进入高斯时空，时间点是最终圣战，主角寻找着能量源，加入了这场战斗。
主角消灭了千兆恩多拉，德拉西翁出现，雷杰多也出现了，接着主角回收了能量源，回到光之国。
主角和佐菲一起参加宇宙联邦大会，接着参加第一届宇宙格斗大赛，在决赛中遇到了EX杰顿，王的怨恨附身在其中。
主角和王再次交手，这次再次将王消灭，并得知曾经的格斗仪主人1号即将复活。
主角进行特训，黑暗危机来临，宙达和古兰特王复活，并入侵光之国，后被出关的主角击败。
奥特之王失踪，主角前往其他宇宙寻找，发现进入奥特曼传奇时空，随后赛罗和步美也过来了。
主角找到了陷入昏迷小舞，海帕杰顿登场，不过很快就被主角击败，黑暗觉醒，主角联合众人力量，与黑暗奥特之王战斗。
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