汉光武知道邓禹不是打仗的行家，就派冯异带着一队兵马去代替他。汉光武亲自送冯异到河南，送给他一辆马车一口宝剑，并且嘱咐他说：“长安一带遭受王莽、更始、赤眉的兵灾，老百姓穷困到了极点。将军这次出去征伐，要是敌人肯投降的话，只要把他们的头子送到京都来，其余的士兵都可以让他们回家。征伐不一定要杀害士兵，最要紧的是除暴安良安定人心。”冯异听了汉光武的嘱咐，带着军队和粮食往西去了。
汉光武回到洛阳，这时接到邓禹的奏章。他说汉中王刘嘉打败了赤眉逄安的军队，消灭了十多万人；延岑现在也归顺了朝廷；如果他和刘嘉联合起来，准能把赤眉消灭干净。汉光武已经派冯异去代替邓禹，就下诏叫他马上回去。那诏书上还说：“千万别跟打败了的敌人死拼。赤眉没有粮食，一定会到东边来的。我这儿已经准备好了。你赶快回来，不要再冒险进军。”
果然不出汉光武所料，赤眉军粮食不够，不愿意留在长安。长安已经到了饿死人的地步。一斤黄金只能换五升豆子。樊崇只好带着大军往东来了。
冯异把赤眉军拖在华阴。他的方法就是让赤眉军消耗粮食，同时劝告他们投降。邓禹因为打了几个败仗，还想立个功劳后再回洛阳。这位大司徒真是“聪明一世，懵懂一时”，他不听冯异的劝告，单独向赤眉进攻，结果给樊崇打得落花流水，一败再败，最后只剩下二十四个骑兵。他就带着这些人向宜阳方面逃去。
冯异把赤眉兵包围在崤山底下。冯异跟赤眉军约定会战的日子和地点，一定要比个上下高低。赤眉见冯异军人数不多，悉众来攻。冯异也纵兵大出，与赤眉鏖战一场，两下里旗鼓相当，兵刃交接，喊声震天。好容易杀到日昃，还是不分胜败相持不舍。这时冯异把红旗一招，突有一支人马向赤眉军阵中搅入，衣服与赤眉相同。赤眉军错认为是自己党羽，慌忙招呼，谁知道劈头一撞，害得颈血模糊十死五六。赤眉军顿时大乱。原来冯异看赤眉势盛，所以令自己军士改服赤眉衣饰，夜伏道旁以红旗为号，叫他捣乱贼军。赤眉军分不出谁是敌军谁是自己人。既怕打伤自己人又不能不招架。正在为难的时候，假装赤眉军的士兵就叫嚷道：“投降！投降！我们投降！”真赤眉军见有人投降，也一体匍伏全部归诚。
公元27年一月，光武帝亲率六军截住赤眉。赤眉军见前面戈铤耀日旌旗蔽天，当中拥着汉天子御驾，黄屋大纛八面威风。樊崇、逄安等人杀人不眨眼，现在却仓皇失措不知所为。当下经众会议，只有乞降一法，乃遣刘恭持书请降。
刘恭见了汉光武说：“盆子率万众投降陛下，敢问陛下如何对待？”汉光武说：“待他不死便罢。”刘恭回去一说，刘盆子带着丞相徐宣、御史大夫樊崇、大司农杨音等三十多个首领光着脊梁来见汉光武。刘盆子奉上玉玺。赤眉将士们都把铠甲和兵器堆在宜阳西门外。十多万将士的铠甲和兵器堆得有附近的熊耳山高。
汉光武吩咐县里的厨师赶紧做菜、做饭，给十多万的赤眉兵大吃一顿。第二天汉光武对樊崇说：“你们投降了后悔不后悔？要是后悔我跟你们再来决个胜败，我不勉强你们投降。”樊崇磕着头说：“我们今天能够归顺皇上，正像婴儿见到慈母一样，只有欢喜没有后悔。”
汉光武带着樊崇他们到了洛阳，分给他们田地房屋，让他们和妻子住在一起。那时候汉光武的叔父刘良已经封为赵王，就让刘盆子做了赵王的郎中，杨音封为关内侯，徐宣、谢禄和刘恭也各有官职。刘恭替更始报仇把谢禄杀了，自己叫人绑着进了监狱。汉光武因为以前下过命令，“官吏、百姓有谋害淮阳王的，一概处死”，也就把刘恭放了。
樊崇和逄安是赤眉军的主要首领，汉光武虽然没说话，大臣们觉得留着他们不太妥当。不久还是以谋反的罪名把他们杀了。
赤眉军被扑灭后，关中没有统一的领导。不少豪强各自占据地盘，自称将军互相攻打。光是关中这一地区就有十来个头儿。其中势力最大的要数延岑。他在关中发号施令委任官吏，好像已经做了关中的霸主似的。
大树将军冯异这时做了征西大将军。他的征西计策是安抚和围剿并用，有时候多安抚少围剿。这种办法很顶事，“安抚”下来，居然把延岑的部下收服了不少。然后集中兵力突然袭击延岑。延岑连连打了败仗，只好离开关中逃到蜀地，归附公孙述，公孙述拜他为大司马。冯异依照汉光武的嘱咐，只把关中几个首领送到洛阳去，别的人都遣散回家。关中总算给冯异平下来了。
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