“后金”大军讨伐林丹汗后，他就举部西迁到了青海，最后病死于甘肃的大草滩，其子额哲被迫降清。
察哈尔部的附属部落包括克什克腾、浩齐特、敖汉、奈曼、苏尼特、乌珠穆沁、阿喇克卓特和主亦惕部，都是大汗直属部落。“达延汗”死后，本该由长子即位，但其长子图鲁博罗特早逝，故才由其子博迪即位，继承了察哈尔万户。“达延汗”第六子斡齐尔博罗特封在察哈尔万户之克什克腾部，掌管八个“鄂托克”。
他们不曾同明朝发生过任何关系。第七子阿尔博罗特封在浩齐特部，达赉逊库登汗在位期间的领导人是土门汗，驻扎于松岭以北。“达延汗”的第八子格哷博罗特领有察哈尔万户之敖汉和奈曼两个“鄂托克”。
格哷博罗特只有二子，后世则无记载，不知何故敖汉部和奈曼部则被图鲁博罗特次子纳密克之孙岱青杜楞和额森伟征诺颜接管，分别属于敖汉和奈曼，并活动于辽东义州一带。
阿尔博罗特后代仍有浩齐特部部民和牲畜，但浩齐特部名字则转为图鲁博罗特之孙库登汗所有。斡齐尔博罗特的克什克腾部则始终在其子孙手中。
在“后金”政权崛起前，努尔哈赤就十分重视对蒙古各部进行情报搜集工作，注重拉拢分化蒙古各部。
当时，蒙古是林丹汗在领导，他即位后为了加强权威，在巴林部修建了“察罕浩特城”，作为蒙古政治、经济、文化等方面的中心。
他任命永谢布部却热斯塔布囊管理右翼三万户，任命内喀尔喀部锡尔呼纳克洪台吉管理左翼三万户，察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户，但直属林丹汗。他执政前期，尚有大汗权威，利用“藏传佛教”扩大影响。起初，他还尊奉“黄教”，但后来为“红教喇嘛”折服并改信红教，却导致信奉黄教的蒙古各部对其疏远。
西元1608年，努尔哈赤长子褚英进犯乌拉，而乌拉部向科尔沁部求援。经林丹汗同意，科尔沁部援军及时抵达，并击退了褚英。其后，科尔沁部几次奉林丹汗命令和“后金军”交战，还曾经深入“后金”地盘并掳掠了大批牛羊。在努尔哈赤攻略辽东的时候，林丹汗曾与“后金”发生了多次战争，却反被后金军所击败。
西元1619年，林丹汗致信努尔哈赤，自称“四十万蒙古之主”，并称努尔哈赤为“水滨三万人之主”。起初，科尔沁、喀喇沁、内喀尔喀五部等靠近后金的部落都对林丹汗提出警告，认为后金统一战争会影响蒙古，希望林丹汗采取必要措施防范努尔哈赤，但林丹汗却拒绝发兵去干涉“后金”吞并其他的女真部落。
但是，努尔哈赤却率先在西元1623年4月攻击了内喀尔喀部，并消灭了对“后金”态度强硬的扎鲁特部台吉昂安。这表明林丹汗已经转变了方针，将主要精力集中于内部，大搞武力统一，这反而让他进一步丧失人心，让不少被其攻击的蒙古部落纷纷投靠“后金”。这在无形之中增加了“后金”的实力，反而削弱了蒙古。
而努尔哈赤在对蒙政策上，一向都是忍让迁就，以便集中精力来对付明朝。为此，他甚至采取联姻方式，仅在他本人在位期间，就与蒙古贵族联姻17次之多，总计多达百人左右，这就大大密切了满蒙关系。
努尔哈赤通过“联姻手段”拉拢了不少蒙古人，并在完全攻取了明朝的辽东地区后，他开始对大汗外围的科尔沁、喀喇沁、内喀尔喀等部采取了挑拨离间政策，和拉拢分化的措施。
比如在西元1619年7月的“铁岭之战”后，努尔哈赤就越过林丹汗和内喀尔喀结盟对付明朝，而林丹汗也确实因此指责内喀尔喀，加上他信奉红教，导致信奉黄教的漠北喀尔喀三部以及漠南部落与之愈发疏远。
管理蒙古左翼三万户的内喀尔喀部锡尔呼纳克洪台吉率领3000户投靠了“后金”。受其影响，内喀尔喀部分贵族也率领2000户投奔了“后金”。乌珠穆沁部、苏尼特部的部分贵族则投靠了喀尔喀部的“车臣汗”。
林丹汗由此以“蒙古大汗”的身份发出命令，禁止蒙古各部和“后金”往来，一旦发现违令者就从重治罪！
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