在这些归顺的蒙古诸部中，就包括“辽王”、“惠宁王”和“朵颜元帅府”。之后，明太祖朱元璋为加强对黑龙江西部（今大兴安岭以东、松花江以西、西拉木伦河以北一带）蒙古族的控制和管辖，遂就决定依靠“辽王”、“惠宁王”“和朵颜元帅府”的势力，在这一地区设立了“兀良哈三卫”（“泰宁”、“福余”、“朵颜”三卫）。
其中，“辽王”阿扎失里为“泰宁卫指挥使”，“泰宁卫”在今屈裂儿河上游和朵颜山一带；“惠宁王”海撒男答溪为“福余卫指挥同知”，“福余卫”在今洮儿河流域；“朵颜府元帅”脱鲁忽察儿“为朵颜卫指挥同知”，“朵颜卫”在今嫩江和乌裕尔河流域。这就是“朵颜三卫”的由来，因其游牧地区属于“兀良哈”，又称“兀良哈三卫”
明朝初年，明廷赋予“兀良哈三卫”的职责就是“各领其所部，以安畜牧”，皆隶属于宁王“大宁都司”，为宁王朱权所掌，而当时，宁王“就藩大宁。大宁在喜峰口外，古会州地，东连辽左，西接宣府，为巨镇。统塞上九十城，带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵，皆骁勇善战”。
当时，朱元璋就希望依靠着这“三卫”来对黑龙江西部的蒙古诸部进行直接统治。不过，在洪武年间，明廷并未能完全地控制住“兀良哈三卫”，因在“三卫”建立不久，其首领就再次背叛明朝，并重新投靠北元。
“兀良哈三卫”真正被明廷长时间掌控却是在永乐年间的事情。事情还得从“皇太孙”朱允炆的“建文”四年（西元1402年）说起。因原属于“宁王”朱权的“兀良哈三卫”铁骑在“靖难之役”中为“燕王”朱棣立下了汗马功劳，朱棣便一改父亲朱元璋“洪武朝”用武力来对待“兀良哈三卫”的方式，变为安抚。
待朱棣登基称帝后，不但将“大宁卫”水草丰美的牧地送给“兀良哈”，而且还大量册封封“兀良哈”三部的大、小首领为“都督佥事”、“都指挥同知”、“千百户”等官职，并“赐诰印冠带及白金、钞币、袭衣”给对方。
明廷尽管很善待“兀良哈三卫”，但此“三卫”的首领们却个个都是反复无常的小人，且总喜欢“敲竹杠”。
还在洪武时期，明廷在建立“兀良哈三卫”的第二年，他们就反叛了大明朝廷。而后，在永乐时期，虽然朱棣十分优待“兀良哈三卫”，但在永乐初年，“三卫”就数次侵犯明朝辽东的广宁等地，并在永乐八年（西元1410年），明朝第一次北征鞑靼时，明廷就再次发现了竟然有“兀良哈人”反叛大明并加入了鞑靼军中。
“三卫”如此作为，当然是忍恼了朱棣。于是，在永乐九年（西元1411年），朱棣遣使谴责“三卫”首领并怒斥：“比者尔为本雅失里所胁，掠我边卒，又遣苦列儿给云马市，实行窥伺。狡诈如此，罪奚可容？”
在永乐朝，因明朝军力强盛，而朱棣作为一雄主南征北战，让“兀良哈三卫”即使忍不住时不时反叛一下，但大部分时间还是被迫效忠明朝的，因为他们清楚自己的实力不如“鞑靼”强盛，但后者被明朝击溃。
正因为有了“兀良哈三卫”的存在，才更有利于明廷掌控东北地区。如此一来，朱棣也未想过要彻底灭掉“朵颜三卫”。就在双方都各有所需之下，明廷与“三卫”之间在永乐朝乃至以后得以长期保持着臣属关系。
明廷和“三卫”虽因利益关系得以长期保持着一种相对和平状态，而“三卫”也因依附大明朝廷，使其经济、军事得到了大幅度增长，但在不久后的“正统年间”，随着瓦剌一统蒙古，“三卫”的好日子也就到头了。
当时，瓦剌首领也先（额森）一直有着要再次入主中原恢复“元朝”的雄心壮志。而对于瓦剌部来说，它要想安心地与明廷争夺中原，就必须要先灭掉“兀良哈三卫”这个反复无常的隐藏的威胁才行。
于是，随着瓦剌一统蒙古，“兀良哈三卫”就成了瓦剌瓦剌大军首先要攻灭的第一个障碍。明朝正统十二年（西元1447年），瓦剌部首领也先（额森）率部进攻兀良哈三卫，“泰宁”、“朵颜”二卫被迫投降，而“福余”卫则退回嫩江流域。到了嘉靖年间，残存的“兀良哈三卫”则被蒙古察哈尔部、科尔沁部吞并。
自此，真正的“兀良哈三卫”或曰“朵颜三卫”不复存在，只有那些“鸠占鹊巢”者依旧冒用“朵颜三卫”的名义向明朝进贡草原特产以还回其所需的生活物资，但后来仍被新进崛起的“后金”强行吞并，也无可奈何。
不过，随着“朵颜三卫”或曰“兀良哈蒙古”的大小贵族乃至底层牧民得知明朝在攻灭“后金”后准备扫荡辽东，便都纷纷在第一时间前来投靠，希望能为明朝效力以换取好处。当然了，明朝正好利用他们在大漠草原上散播消息，让之前与“后金”结盟的“科尔沁”部弃暗投明，否则强行攻打，全部杀光！这就是武力恫吓。
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