康熙掌权后的几年里，因为收回了滇南、台岛和漠北，整个天下相对还是比较安稳。
经历过几次猛烈的镇压之后，叛乱和各地的农民起义也少了很多，哪怕是黄河大水，河洛一带农田被淹没，大量人口无家可归的时候都没有发生暴动。
就这样，时间过去了好几年。时间疗愈一切，就连以前的那些苦痛也慢慢被人遗忘，流传着的也就是百姓口中几句“那几年啊，南边北边都在打仗，杀了好多人，死了好多人……”
就在天下人都以为满清的统治将就此绵延下去的时候，边疆的烽火燃起滚滚狼烟，新的战事又来了。
顺治十五年，叶尼塞斯克的总督帕休可夫就到达了黑龙江的支流石勒喀河，在那里筑起尼布楚城。
康熙五年，波兰人启尔哥布斯基在沙皇的支持下，又在阿尔巴津诺修筑了阿尔巴津要塞，他在康熙八年获沙皇委命为总管，此后沙俄便不断向东北地区深入。
在平定三藩之乱后，康熙亦十分留心东北形势，时常与臣子商讨攻取雅克萨这一战略要地以及经营东北的方略。毕竟那边是他们的龙兴之地，关乎根源所在，大意不得。
康熙二十四年，清康熙帝派将军朋春起兵三千人直抵雅克萨，五月二十二日致书沙俄|军队劝退，被对方拒绝。清军先礼后兵，经过部署之后，于五月二十五日攻入雅克萨，沙军不敌投降。
康熙二十五年，沙俄|军队卷土重来，满清派萨布素、郎谈、班达尔善、马喇等人率兵五千，再攻雅克萨。
经过几个月的战斗，沙俄部队首领托尔布津被击毙，沙俄|军队伤亡惨重，雅克萨城指日可下。
和历史上不同的是，这次沙皇政府并没有向满清乞撤雅克萨之围，反倒是成功煽动了现在的准格尔大汗策妄阿拉布坦。
策妄阿拉布坦是葛尔丹的侄子，葛尔丹被杀后就成功上任新大汗，同时心里也对满清怀恨在心。在毛子的煽动下，他准备派兵攻打西疆。
因为在前不久，和硕特汗国发生内乱，正是千载难逢的好机会。
和硕特汗国领导人拉刹汗与活佛系统的第巴（总管）桑结嘉措内讧，桑结嘉措被拉刹汗所杀。
第巴被杀后，拉刹汗还觉得不解气，致书康熙皇帝称五世活佛所立的六世活佛仓央嘉措整日在外厮混，不仅经常喝酒撩妹写情诗，还不修佛法，不顾本职工作，没一点出家人的样子，请求康熙将其废黜。
康熙皇帝看到后也觉得其不像样，轻率地下旨废黜仓央嘉措的活佛封号，还要求将其押送京城受审。
这直接让西疆的两个力量系统对立，拉刹汗国大乱。
康熙二十五年冬季，准格尔大汗策妄阿拉布坦派出名将大策凌敦多布，率领六千精兵翻越高耸入云的喀喇昆仑山，穿越杳无人烟的阿里无人区，突然出现在拉刹城下。
拉刹汗毫无准备，加之一些信佛疆人关键时刻全部反水，结果被准格尔军彻底击败，他本人兵败身死，和硕特汗国灭亡，西疆全境就此全部落入了准格尔汗国的手里。
准格尔汗国拿下青藏后，一方面可以直接威胁川西高原与关中谷地的安全，另一方面更是控制住了当地佛教的教权。
于此同时，沙俄也蠢蠢欲动，要不是冬季下了场特别大的雪，现在他们恐怕已经兵临满清北方边境。
康熙皇帝闻讯后十分震惊，立即调集军队进军雪域高原。
但是，大策凌敦多布确实战力强悍，在康熙二十六年春季的喀喇乌苏之战中大败侍卫色楞、总督额伦特统辖清军。
康熙认识到青藏的准噶尔军实力同样不俗，决心亲自率军出征。
这回他调集兵力约二十万人，还采取了之前进攻郑克臧时军事攻势与政治攻势两手抓的策略，一边对准格尔汗国在西疆的军事力量实施打击，一边护送清帝国册封的活佛回西疆。
终于在康熙二十九年，大策凌敦多布被清军平逆将军爱新觉罗.延信击败，不得不逃离西疆。
之后，清军和策妄阿拉布坦新派来的军队在拉刹城展开了激烈的厮杀。
康熙二十九年夏，北边的沙俄派军五万直击满清北边各处，边疆守卫没有及时反应，被破。东北大半和部分漠北之地被沙俄吞没。
清军紧急抽调十万军队北上反击，但是这次沙俄派来的军队是西线战场上久经考验的精锐部队。虽然清军人数上占据优势，但因为对方只守不出，所以也难以取得突出战果。
两边战线的战况都焦灼不下，国内也因为战况不利而有些人跃跃欲试，但是因为十多年前的那场镇压，没有多少人敢于冒头。
康熙三十年，河洛和整个长江下游大旱，活不下去的百姓流窜进州县。
当地长官为了不让太多流民扰乱治安，所以选择驱逐，甚至于还杀了几个。
只后矛盾不断加深，各处出现零星的反抗，最后愈演愈烈，出现了成规模的农民起义军。
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