郭琪说：“我生长在山东，征戍边鄙，曾与党项打了十七仗，与契丹打了十几次仗，金创满身，征伐吐谷浑时受伤，肠子都流出来了，用线缝好后又去参战。”田令孜换了一个杯子给郭琪酌酒，郭琪知道田令孜要毒死自己，只得拜谢饮之，回到军营杀了一个侍婢，吮其血以解毒，吐出几升黑汁，遂率其部队叛乱，焚烧并始掠商店。田令孜保护唐僖宗达到东城避乱，陈敬瑄出兵平息了叛乱，郭琪逃亡。
自到成都后，唐僖宗日夜与宦官在一起，议论如何收复长安等国家大事，对待朝官特别疏薄，左拾遗孟昭图上硫极谏，认为：“国家安定的时候，远近官员还须同心同德：今天，国家多难，宦官与朝官尤其应当一体。去年冬天，车驾西幸，没有告诉南司，结果宰相仆射以下的官员多被贼杀害，唯独北司平安完好，今天能到这里的朝宫，都是冒着生命危险，经过崎岖跋涉，千里迢迢来供奉陛下驱使的，陛下与朝官应该同休戚共患难才是。昨夜黄头军作乱，陛下独与田令孜、陈敬瑄以及诸内臣闭城登楼，并不召王铎以下朝臣入域。
第二天，既不召对宰相，又不宣慰朝臣。臣身居谅官之位，到今天还不知道圣躬安否；假若群臣不顾君上，罪固当诛，若陛下不体恤群臣，道理又何在呢？天下，是高祖、太宗开创的天下，不是北司专有的天下；天子是四海九州的天子，也不独是北司的天子。北司的人未必都是可以信赖的，南司的人未必全都无用。难道天子与宰相没有任何关系，天子和朝臣就象勿勿行路的陌生人？如此下去，恐伯很难收复长安，而那些*****，倒可以安然自在。臣身受宠荣，职责又在裨益，过去的事情已不能挽回，对于将来的事再不能着迷呀？”奏疏被田令孜扣住，并矫诏贬孟昭图为嘉州司户，派人在蟆颐津将孟昭图淹死。
黄巢起义军占领长安期间，宦官曹知悫组织了一支武装，据守在摣城外嵯峨山，经常潜入长安骚扰。听说唐僖宗要回长安，就对人说；“吾略施小计，诸军才能有克复长安的大功，对于从驾群臣，凡是我认为可以的，才能够通过大散关。”田令孜对此特别嫉恨，又密令邠宁节度使王行瑜将曹知悫除去，对于田令孜的种种恶行，朝官们却是敢怒不敢言。
唐军联合沙陀首领李克用进攻长安，黄巢起义军失败，退出长安。田令孜把收复长安，镇压黄巢起义军的功劳记在宦官的头上，说是宦官杨复光请沙陀首领李克用进军长安，京师才得以收复。认为中书令、充诸道行营都统王铎讨伐黄巢久无功，贬王铎为义成节度使，贬副都统崔安潜为东都留守。田令孜又害怕杨复光功劳太大，对自己构成威胁，故意减少对杨复光的奖赏。夸大自己的功劳，说自己首先建议僖宗幸蜀避难，收传国宝以及唐朝历代帝王的真容，并散家财搞劳将士，自己运筹帷幄，决胜千里，在保卫唐王朝中起了决定性的作用，并指使宰相、藩镇为自己请功加赏，唐僖宗任命田令孜为十军兼十二卫观军容使。
在宦官集团内部，杨复光的哥哥杨复恭与田令孜有矛盾，杨复光死于河中，田令孜无所顾忌，立即将杨复恭从枢密使贬为飞龙使。田令孜还竭力培植党羽，对王建、韩建、张造、晋晖、李师泰等赏赐巨万，并养为假子，各为统帅，号移随驾五都。自此以后，田令孜更加骄横，禁制皇帝，唐僖宗不能有所主断，必须从田令孜的指示。唐僖宗越来越认识到田令孜的专权，自己只不过是个傀儡而已。
唐僖宗回到长安，黄巢起义军虽然失败了，但是大起义的结果却是明显的，彻底打乱了唐王朝的统治秩序，藩镇割据的局面在战争中形成。政治上，唐王朝已是号令不行；经济上，藩镇备专租税，不再向顾廷上供，唐王朝只能依据京畿、同、华、凤翔等数州的租税来供应财政支出。此时的唐王朝不论在政治上还是经济上。只能算个小朝廷了。但是从成都迁回的却是一整套政府机构，仅宦官与朝宫就有一万多人；田令孜在蜀地又招募新军五十四都，每都一千人；还有王建等随驾五都。庞大的国家机器与其财政收入发生了严重的矛盾。由于赏赐减少，引起士卒不满。田令孜害怕引起军队叛乱，只好割夺藩镇的利益来解决矛盾，结果是激起藩镇与朝廷的严重冲突。
唐僖宗逃亡成都后，内外百司各失其守，王重荣占据河中为河中节度使，独占境内安邑、解县两盐池之利，每年献盐三十车以供国用。田令孜启奏唐僖宗将两盐地收归国有，并自兼榷盐使，以所得利润供应军队开支，王重荣不愿意交出盐池，不停地上书论诉。
田令孜派自己的亲信到各地节度使那里当监军，严密监视，凡是不顺从自己的节度使，就立即除掉。田令孜的养子匡佑出使河中镶，王重荣待他极优厚，但是匡佑依仗田令孜，态度狂傲，引起王重荣的愤怒。王重荣指责田令孜的罪恶，并责骂匡佑无礼，匡佑回来后，劝田令孜除掉王重荣，田令孜调王重荣为泰宁节度使。
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