小智一行人又经历了几天的奔波，终于在一个明媚的早晨，到达了游町码头。
游町码头上，小刚抱怨道：“该死！又错过了通信船，就不能等下吗？”原来小智一行人到达码头后，就被告知船已经离开了。小智也无可奈何地叹了口气，只好在原地等候了。
因为闲着没事做，小智和小霞坐在海边拿出钓竿又开始了垂钓，小刚则开始查看自己的宝可梦的状况。
这次小智的钓竿很快就被咬住了，也许是否极泰来了，见钓竿被咬住，小智立马用力拉起了钓竿：“好耶！上钩了，让我看看……原来是只墨海马啊！”见是只墨海马，小智非常开心，对皮卡丘下令：“皮卡丘，去吧！十万伏特！”皮卡丘也是很有气势地站出来，电流发出，墨海马刚被钓上来，就被电流击中。“去吧，精灵球。”小智见墨海马昏昏沉沉的样子，立刻丢出精灵球，把墨海马收服了。
小智这次没有将墨海马传送回去，而是传送回了比比鸟，墨海马就留在队伍中。小霞羡慕地望着这一幕，自语地道：“是墨海马啊！我也好想收服一只！”随即在包里拿出一些自制的鱼饵：“看我的秘密武器——小霞特制鱼饵！”
小刚对这些自制鱼饵非常感兴趣：“这些鱼饵很特别啊！”小霞炫耀地说道：“那当然啦！这些鱼饵可是我特地制作的。只此一家，别无分号！”就在小霞准备扔鱼饵的时候，一只来报信的受伤的墨海马游到小霞这边。
看着墨海马在吐出的墨汁，小智就用波导了解墨海马的情况，得知是有一只巨大毒刺水母要报复人类后，马上大喊道：“快点离开这里！”之后就拜托小霞收服墨海马，一行人就迅速离开了这里，赶往宝可梦中心，要治疗墨海马。
小智一路上边走边解释道：“这里因为人类的原因严重影响了水系宝可梦的生存，很快毒刺水母就要带着一群玛瑙水母进行报复！”小霞听小智说完就听到了一个婆婆在抱怨什么玛瑙水母和毒刺水母阻拦了她在水中建游乐园，所以非常讨厌它们，要宝可梦训练家们把它们都赶走。
小霞听不下去了，对那个婆婆大声说：“你说它们令人讨厌？明明是你为了在水中建游乐园，严重地影响了它们的生存！”
婆婆不为所动，反而邀请道：“它们不能吃也不能帮我赚钱，就只会给我搞乱。这样吧？你们来帮我把它们赶跑怎么样，成功的话，一年内，这座城市的餐厅随你们吃。还有一百万的奖金。”
小智说：“就这？也不怎么样。而且，这些都是因为你破坏了那些宝可梦的生存，它们才会这样。”小智是真不在乎这些，能让小智感兴趣的只有那只巨大毒刺水母。
小智和小霞都走了，去了宝可梦中心，将墨海马治疗一番。小刚则慢了一拍，也跟着走了。最终还是火箭队接下了这份工作，火箭队倒也卖力，立刻就开始作战计划。
一只巨大毒刺水母出现了，大肆地搅动着，直接引发了海啸。火箭队三人组直接被海啸拍飞了“好讨厌的感觉啊！”大家看到海啸都向着四处逃散了。小智拉着小霞和小刚一起到这一栋楼的顶层，利用自己的波导跟毒刺水母沟通着，起到了一定的作用，毒刺水母的眼神变得柔和起来。但是，那个婆婆还是出来作妖，拿着一个火箭炮攻击巨大毒刺水母，这下，把巨大毒刺水母扰火了，继续大肆破坏着。
然后小霞上场了，只见小霞大声喊道：“住手啊！毒刺水母，看看周围大家的眼神吧？你们的意思人类已经明白了，我们不会再破坏你们住的地方了。”也许是毒刺水母感受到人类看向自己那充满恐怖的眼神，也许是小霞的嘴遁起了作用，巨大毒刺水母带领着玛瑙水母们开始退了下去。
夕阳的余辉染红了整片远方的海域与天空，红色与蓝色交织在一起，白云也披上了霞光。小智一行人在一艘船的甲板上吹着海风，看着夕阳的余辉。
小智将一个精灵球递到小霞的手中，小霞不解地问：“这是？”小智回答道：“你不是喜欢玛瑙水母吗？我帮你收服了一只。”小霞也不客气，道了声谢，直接收下了。
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