此时，洪秀全采又开始采取强本弱枝政策，让李秀成指挥发生困难。为强调团结一致，消除天王对他的猜疑，就把苏福省政权全部交给各将，连母亲和家眷也从苏州送回天京，交给洪秀全为信。
八月中，李秀成率军从苏州出发，兵分两路，准备攻打湘军控制的雨花台。九月初三总攻开始，忠殿军在长达五、六十里战线上发起攻击，开掘地道，炸毁湘军围墙，太平军冲入湘军阵地展开肉搏战。
双方鏖战四十四天，迫使湘军减员三分之一，曾国荃本人负伤。但这时正好赶上江南瘟疫，双方陷入僵持。
然而，湘军有水师运输弹药物资，打多久都没问题。而太平军不同，粮食弹药补给都须陆运，运输较为困难。各军从八月出发，未带寒衣，十月天冷，猛攻了四十多天，各路军不得不撤退。
见李秀成久攻雨花台不下，洪秀全一气之下，下令革去李秀成忠王王爵。仍留原任指挥战斗，戴罪立功。
既然无法攻破雨花台，李秀成只能改变打法。从长江北岸进攻上游湘军的后方，迫敌人不得不调南岸的军队去救北岸，调下游的军队去救上游。
十月，大军昼夜赶渡，冲过江浦、浦口。随后接连攻克含山、巢县、和州。天京局面得到一定缓和。
而就在此时，驻守常熟的忠殿军将领骆国忠叛变投敌，李秀成闻讯，急忙赶回苏州平乱。
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