庆长吉再次出兵攻打朝鲜，庆长之役开始。同年朝再次出兵支援朝鲜，首以明末名将麻贵加藤清正等人在蔚山交战。朝鲜水军在开战初期被ri军击溃，迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗r舜臣在鸣梁海战中击败ri军主帅来岛通总，使局势开始扭转。在两军对峙之际，庆长太阁秀吉在京都伏见城病逝在五大老的决议下开始撤退。同年1朝、鲜联军又于露梁海战截击大败r然李舜臣在与岛津义弘交战中中弹而亡因为遭受重大损失，最终撤退回国，庆长之役结束。文禄?庆长之役中，丰臣氏及参与战斗的大名消耗了极大的财力，而德川家康由于留守ri本本土，并未参战，因此实力得以保存，为之后取代丰臣氏奠定了基础。
关原合战，元和偃武
庆长臣秀吉病逝，其幼子丰臣秀赖继任家督顿时陷入混乱。自朝鲜半岛撤兵回国的丰臣氏诸将由于各自利益的问题，对以石田三成为首的五奉行大表不满，甚至试图起兵暗杀。另一方面，五大老之首德川家康私结诸侯，任意分封领地，激起其余四位大老的不满。庆长位大老中最有影响力的前田利家病逝，丰臣家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长就是秀吉死后两年，德川家康因上杉景胜家老直江兼续的诉状《直江状》，起兵征讨上杉景胜，是为会津征伐。
丰臣家重臣、五奉行之一的石田三成认为德川家康违反私战禁令，召集各地大名于大坂城发表《内府违反条文》，随即起兵讨伐德川氏。德川家康则将上杉战事交给次子结城秀康，自己则率领大军与支持他的丰臣武将回师应对石田三成。庆长军主力最后在近江一带进行了决定ri后天下形势的关原之战。
开战之初，以石田三成为实质领导的西军攻势凌厉，打得以德川家康为领导的东军喘不过气来。可是到了大约中午时分，家康下令以火枪队向其事前已收买、但是在战场上按兵不动的的西军大将小早川秀秋迫使他与吉川广家等西军大将阵前倒戈，直逼西军主阵。至此战况急转直下，西军从稍占优势转为完全溃败之前，这场大战便以东军大胜告终。几天后，石田三成被捕，他与小西行长以及安国寺惠琼三人作为首要战犯被处决，德川家康实质上取代了丰臣氏的政权。
庆长川家康接立天海和本多正信的意见伪造族谱,欺骗天皇赐德川家康征夷大将军一职，江户幕府正式成立，确立地位是高于关白丰臣秀赖,但随着丰臣秀赖年纪渐长，丰臣氏对德川家康的不满之声也越来越大。丰臣氏财力渐丰，大有重振旗鼓之势，而且身为五大老的德川家康毅然不顾两家密切的联姻关系，决心斩草除根。庆长1川家康以丰臣家重建的《方广寺梵钟铭文》中出现的文句为借口，指责丰臣家有诅咒自己的意思，胁迫秀赖退出大坂城、交出其母淀殿并将她作为人质送到到江户城。对此要求，丰臣家断然拒绝，并积极召集浪人与流亡大名约11万人，同时亦储备粮食准备长期与德川对抗。
德川方亦发出动员令，轻易地召集了二十多万大军对大坂城进行包围。可是由于丰臣方的积极抵抗，特别是名将真田幸村、后藤基次等人的指挥，再加上大坂城城防坚固，德川方进展缓慢。后来，德川家康利用大炮轰击大坂城的天守阁，
以威慑居住其中的丰臣氏。之后，德川家康又假意求和，以大坂城填填埋外护城河作为和谈条件。可是在和谈进行的过程中，德川家康突然出动数万人在一夜之间不但把外护城河填平，就连二城、三城甚至内护城河也悉数破坏。大坂冬之阵在大坂城城防要塞完全被解除的情况下结束。次年川家康再度出动军队讨伐大坂城，这次史称大坂夏之阵的战役最终攻陷大坂城，秀赖母子自杀，与妻子德川氏所生幼子国松亦遭斩。通过大坂冬、夏之阵，德川家康完全消灭了丰臣氏势力，结束了自应仁之乱以来混乱的战国局面。
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