腓特烈二世一直未能找到反对英诺森四世的可靠同盟。1250年12月，他在一次行猎中突然病倒了，可能是中风。当然也有流言说是被自己的儿子曼弗雷德杀死。1250年12月13日(恶魔之夜)腓特烈二世死在了弗奥伦蒂诺城堡，享年56岁。迷信的皇帝曾听到过请他小心带"花"的地名，所以他一生都小心地踏足佛罗伦萨，但是命运却安排他在"百花之宫"(弗奥伦蒂诺城堡)结束了他传奇性的人生。
他的死被隐瞒了一段时间，最后他被葬在巴勒莫大教堂的地下室内，他父母的身旁。入葬的时候他身上穿着重罪者忏悔的麻袋衣而不是皇帝华丽的寿衣，他的遗体外还按照阿拉伯的习俗裹上大幅的丝绸布，上面绣着一句箴言:"统治世界的"。这件悔过的麻袋衣当代仍然在皇帝遗体的身上，不过这位在生前把世界搅乱的皇帝已经变成了一堆红棕色的枯骨，即将化为灰尘。就像他所有的爱和恨。
他活着的时候为意大利而生，忘却了自己的父亲的国家德意志，他爱说自己是"西西里国王"，一生只有一次称自己为"罗马人之王"(即德意志国王)。
腓特烈二世给人留下深刻的印象，仿佛他不是个君主而是位学者。他本人掌握了七种语言:德语，意大利语，法语，拉丁语，希腊语，希伯莱语和阿拉伯语。这在教育比较落后的中世纪是非常令人惊奇的。
由于具有一些新颖的观念，他在发展工商业方面很有成就。腓特烈二世重视教育，他创办了西西里王国的第一所大学--那不勒斯大学(1224年)，在西西里办了一个诗歌学校。皇帝本人还写有一部诗集"猎鸟的艺术"。腓特烈二世把西西里的法律编成法令集。在自然科学方面，腓特烈二世非常重视伊斯兰学者掌握的知识，当时伊斯兰世界的文化水平远远超过了欧洲。他有时会做一些实验，不过这些实验据说变成了暴行(人体实验?)，当然这也可能是教皇对他的诽谤。
腓特烈二世是个有强烈感官刺激欲望的男人，换而言之他有很强烈的性欲。他对女色的追求可能来自于过早地丧失母爱，童年生活在一个完全没有关心和爱的环境中有关。
他爱女人，爱过许多许多女人并为她们写出许多情真意切，感情热烈奔放，甚至相当肉麻的情诗。传说他在年少流浪时便和妓女们打成一片，15岁时便和一位比他至少大十岁的美丽寡妇，前匈牙利的王后结婚了。17岁就有了嫡出的长子，未来的共同统治者德意志的亨利七世。在他喜爱的发妻死后，他又结了两次婚，这两位夫人为他生了许多孩子后也都去世了。在他最爱的情人临死的时候他在她的灵床边和她举行了婚礼的仪式。他还有一个奇特的爱好，就和以前的西西里君王一样，喜爱阿拉伯的美丽宫妃，他经常带着一些阿拉伯女奴和这珍禽异兽出游。
由于腓特烈二世一生征伐无度，人们传说在他去世的时候，恶魔把他的灵魂从埃特纳火山口带往了地狱。西西里地区仍然有这样的说法:这位国王会骑着白马从埃特纳火山口跃出，以救世主的身份拯救世界。
下面是他的老婆孩子们：
第一任妻子阿拉贡国王阿方索二世的女儿阿拉贡的康斯坦丝(1179年-1222年6月23日)，于1209年8月15日在西西里墨西拿举行婚礼
亨利七世(1211年-1242年2月12日)，罗马人民的国王(1220年-1235年)、西西里国王(1212年-1235年)、士瓦本公爵(1217年-1235年)
第二任妻子耶路撒冷国王布里昂的约翰之女伊莎贝尔二世(1212年-1228年4月25日)，于1225年11月9日在普利亚布林迪西举行婚礼
玛格丽特(1226年11月-1227年8月)
康拉德四世(1228年4月25日-1254年5月21日)，罗马人民的国王(1237年-1254年)、西西里国王(1250年-1254年)、士瓦本公爵(1235年-1246年)及耶路撒冷国王(1228年-1254年)
第三任妻子英格兰国王约翰一世的女儿英格兰的伊莎贝拉(1214年-1241年12月1日)，于1235年7月15日在德意志的沃尔姆斯举行婚礼
腓特烈/佐敦/查理奥托(1236年春天-1236年)
阿格妮丝(1237年)
亨利奥托(1238年2月18日-1253年5月)，以他的舅父英格兰国王亨利三世的名字为名;被委任为西西里总督及承诺在父亲死后继承耶路撒冷国王，但是在父亲死后三年亦去世。曾许配给许多教皇英诺森四世的侄女，但从未与任何人结婚。
腓特烈(1239年/1240年-年青时去世)
玛格丽特(1241年12月1日-1270年8月8日)，与图林根伯爵、其后迈森藩侯阿尔布雷希特结婚
与意大利贵妇比安卡·兰恰(约1200/10-1230/46)，大概于1225年开始关系。其中一个来源阐述他们的关系维持了20年。有记载在比安卡临死前两人曾结婚，但是不被教会承认。比安卡与腓特烈二世有三名子女，腓特烈二世将他们两人的子当成合法子女看待:女儿康斯坦丝嫁给尼西亚皇帝成为皇后及在他的遗嘱中委任曼弗雷德为塔兰托亲王及西西里国摄政。
康斯坦丝(安娜)(1230年-1307年4月),与尼西亚皇帝约翰三世结婚
曼弗雷德(1232年-1266年2月26日，死于贝内文托战役)，先是西西里国摄政，其后夺去侄儿康拉丁的王位成为西西里国王(1258年-1266年在位)
维奥兰迪(1233年-1264年)
讲完霍亨斯陶芬家族好战好色的腓特烈二世，我们言归正传继续讲哈布斯堡家族的鲁道夫一世。
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