3世纪时出现许多较大的西日耳曼部落，包括阿拉曼人、法兰克人、夏登人（德语：Chatten）、撒克逊人、弗里西人、斯卡姆布里人（英语：Sicambri）和图灵吉人（德语：Thüringer）等。日耳曼人约于公元260年进入罗马帝国控制地区。匈人于375年西移至罗马帝国统治地区后，罗马帝国势力自395年起衰弱，日耳曼部落因而得以进一步向西南方迁移，同时，今日德国境内出现较大的部落取代或吸收先前的小型部落。日耳曼地区大片土地（即墨洛温王朝时所称的奥斯特拉西亚、纽斯特利亚和阿基坦一带）为法兰克人所占领，建立起法兰克王国，并向东征服萨克森和巴伐利亚；今德国东部地区则由西斯拉夫民族（包括索布人、维莱蒂人（英语：Veleti）和奥博特人）定居。
东法兰克王国与神圣罗马帝国
查理大帝于800年圣诞节于罗马接受教宗利奥三世加冕，并建立卡洛林帝国，后于843年根据凡尔登条约分裂，分裂后出现的东法兰克王国为神圣罗马帝国的雏型，领土西至莱茵河，东至易北河，北至北海，南至阿尔卑斯山。
在奥托王朝（919年-1024年）统治期间，由各公国推举间推举共主，王位虽非世袭，但仍多为父死子继的情形，而形成王室家族。德意志国王奥托一世于962年经加冕成为神圣罗马帝国皇帝。在萨利安王朝（1024年-1125年）统治期间，意大利北部及勃艮第并入神圣罗马帝国，但由于叙任权斗争，皇帝权力遭到削弱。
12世纪霍亨斯陶芬王朝（1138年-1254年）统治期间，德意志诸侯的影响力向南方和东方扩张至斯拉夫人定居地区；他们鼓励德意志人向这些区域移居，称东向移民运动。多数由北部德意志城镇组成的汉萨同盟由于贸易的扩张而繁荣。南部的大拉芬斯堡贸易组织（Gro?e Ravensburger Handelsgesellschaft）起到类似的作用。1356年查理四世颁布金玺诏书，确立帝国的基础政治结构，规定七个最具势力的公国统治者或大主教为选帝侯，通过多数制选举皇帝。
14世纪上半叶，德意志人口大幅减少。1315年发生大饥huang，黑死病则于1348年至1350年流行。即便如此，德意志的艺术家、工程师和科学家仍在这一时期发展一系列的技术，与同一时期在意大利诸城市州使用的科技类似。德意志诸国的艺术和文化中心培养老汉斯·霍尔拜因（英语：Hans Holbein the Elder）、其子小汉斯·霍尔拜因以及阿尔布雷希特·丢勒。约翰内斯·谷登堡将活字印刷术引入欧洲，为日后知识的大众化创造条件。
1517年，维滕贝格教士马丁·路德撰写九十五条论纲，挑战天主教会（罗马公教会）并引发宗教改革。1555年的《奥格斯堡和约》宣告路德宗为可接受的天主教替代信仰，但还规定诸侯的信仰应为其子民的信仰，这一原则称“教随君定”（Cuius regio, eius religio）。和约未涉及其他信仰，由此归正宗仍为异端，而其原则亦未涉及神权领袖改信的状况（如1583年科隆选侯国的情形）。自科隆战争至三十年战争（1618–1648）的一系列宗教战事对德意志地区造成严重的破坏，其中后者导致诸邦国总人口减少近百分之三十，而在一些地区人口减少高达百分之八十。《威斯特伐利亚和约》的签订终结德意志诸国的宗教战事。1648年后，德意志诸侯可选择天主教、路德宗及归正宗为其国教。
18世纪，神圣罗马帝国由近1,800个领地所组成。由帝国改革（1450–1555年）推动的法律体系建立帝国政治体，并在其神权、世俗及世袭邦国中确定一定程度的地方自治权，由帝国议会代表。哈布斯堡王朝自1438年起保有帝国皇权。1740年查理六世过世；其生前无嗣，由此说服各选帝侯接受《国事遗诏》以确保王朝统治。这一问题通过奥地利王位继承战争最终得到解决：《亚琛和约》规定玛丽亚·特蕾西亚的丈夫将继承神圣罗马帝国皇位，而特蕾西亚将以皇后之名统治帝国。自1740年起，奥地利哈布斯堡君主国同普鲁士王国的二元之争主导德意志地区的局势。法国大革命战争及帝国议会最终会议之后，多数世俗的帝国自由城市均为各王朝吞并，而神权领土则被世俗化并吞并。1806年帝国终结，多数德意志邦国（尤其是莱茵河畔诸国）为法国所统治。在拿破仑战争期间，法国、俄罗斯、普鲁士及哈布斯堡对德意志地区的霸权展开争夺。
德意志邦联及德意志帝国
拿破仑一世失败后，欧洲各国于1814年召开维也纳会议，并建立由39个主权邦组成的松散联盟－德意志邦联。对欧洲协调政治的不满在一定程度上促成自由主义运动，但随后遭奥地利政治家克莱门斯·梅特涅所镇压。于1834年成立的德意志关税同盟则促成日耳曼邦国的经济整合。受法国大革命影响，民族主义及自由主义广泛传播，建立中央集权民族国家的观点在德意志人，尤其是年轻知识分子中日渐流行。受1848年欧洲革命和法国建立共和国影响，德意志知识分子和平民也发动革命，国民议会决议由普鲁士王腓特烈·威廉四世担任德意志帝国皇帝，但威廉四世认为其权力将受限而拒绝，使革命运动暂时遭遇挫败。
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