慕容冲被杀之后，段随成为西燕新的皇帝，面对桓温大军压境，段随很识时务的选择了主动放弃长安城，一是段随知道自己无法抗衡东晋大军，还不如早早撤离保存实力；二是顺从鲜卑部众的呼声，鲜卑部众普遍希望能够东归辽西老家，而慕容冲就是因为拒绝东归才被杀了，段随为了保命，也只能顺应这种呼声，选择离开长安，从平阳至西河、上郡，然后经雁门郡回归辽东老家。
西燕军队的突然撤离让桓温扑了个空，同时也兵不血刃的占领了长安，这也是自永嘉之乱以来，汉族政权首次收复长安城，不管怎么讲，这个意义都很重大，东晋朝廷虽然已经被桓温掌控，但是面对如此重大意义的事情总也需要些表示，于是乎，在褚蒜子的授意下，东晋朝廷决意表彰桓温。
由于此时的桓温已经位极人臣，朝廷对他已经封无可封，于是便将代表皇帝规格的十二旒冕、天子旌旗等授予他，同时将他剩下的两个儿子也同封为公爵。
桓温占领长安后，深知西燕政权只是撤离长安，其军事实力并未受损，为了彻底消灭西燕政权，桓温派出了卫将军毛穆之和平东将军陈午率军五万余人追击西燕军民，而自己则坐镇长安，修复被西燕损坏了城池。
毛穆之与陈午率军在黄河西岸的临晋城追上西燕军民，双方大战之一场，西燕军大败，被阵斩俘虏两万余人，西燕军元气大伤，好不容易渡过黄河逃到蒲坂城摆脱了晋军的追击，西燕军内部又发生内讧，皇帝段随被杀。
段随被杀主要是因为他不是前燕皇族慕容氏的人，声望权势都不足以威慑下属，再加上临晋城之败，因此在到达蒲坂城之后，西燕左仆射慕容恒、尚书慕容永便设计杀害了韩延和段随，随后又立前燕宜都王慕容桓之子慕容顗为皇帝。
慕容顗被立为皇帝之后，继续带领西燕军民西行，结果又在豫州的河内郡遇到了东晋的西中郎将桓石民，在桓石民的打击下，西燕军再次被打乱，随后皇帝慕容顗又被慕容恒之弟慕容韬杀死，慕容恒和慕容永闹翻，慕容恒立慕容冲之子慕容瑶为帝。慕容永又杀死了慕容瑶，立慕容泓的儿子慕容忠为皇帝。
由于西燕军民内讧不断，不断的自相残杀，最终在走到汲郡的东平县的时候，被尾随而来的毛穆之、陈午率领的晋军追上了，随后汲郡太守沈义也率军赶到，随及两军合并一处，全面包围并围歼了西燕政权，此战西燕军被斩杀四万余人，皇族慕容氏也近乎被斩尽杀绝，西燕太尉大逸豆归、公卿大将刁云等三十余人投降，剩余的鲜卑部众七万余户则被毛穆之全部迁到了渤海郡、乐陵郡、齐郡、广固郡一带分散安置，至此，西燕政权正式灭亡。
西燕政权灭亡之后，鲜卑慕容部建立的国家就只剩下后燕了，出于对慕容垂的恐惧，即便后燕政权占据了地盘很小，桓温还是做了充足的准备。
首先桓温决定再次启动北府兵打头阵，他任命四弟桓冲为征东大将军，率领北府兵从广宁郡出发，经平城郡、雁门郡、新兴郡从北面直扑后燕的都城长子县。
而桓温的三弟桓豁则率领并州兵从上党郡出发，进军后燕的武乡、建光、襄陵等地，从外面扫除后燕军的势力。
后燕政权不同于西燕政权，西燕政权算是临时拼凑的政权，而后燕政权里面的主要成员都是长期追随慕容垂的人，像范阳王慕容德、辽西王慕容农、陈留王慕容绍、太原王慕容楷等人，他们要不是慕容垂的弟弟，就是慕容垂的儿子，在慕容垂受可足浑氏和慕容评打压之时，他们就不离不弃，甚至追随慕容垂投奔前秦，更何况现在慕容垂当了皇帝建立了后燕政权，他们更是忠心耿耿。
更重要的是，慕容德慕容农等人也都是当时之名将，身经百战，战术素养非常高，虽然现在后燕政权占据的地盘狭小，但是因为内部团结、士卒用命，因此征伐起来难度要比西燕高的多。
但是不管怎样，总是要解决掉这个横亘在太行山脉的后燕政权的，不然的话晋军就无法集中精力对付更加残暴的后秦政权了。
因此，在征东大将军桓冲率军抵达后燕的北大门定襄郡，桓豁率军顺利通过壶关抵达武乡县之后，桓温也亲自领兵从长安出发，率军抵达了河东郡的蒲坂县，三路大军同时发起进攻，妄图一举消灭后燕势力。
然后，尽管晋军的兵力是后燕兵力的数倍以上，但是后燕政权的顽强抵抗能力还是超出了桓温的想象。
此时的慕容垂因为长时间的过度劳累，已经射在病榻上起不来了，但是面对来势汹汹的晋朝大军，慕容垂让范阳王慕容德率两万大军前往定襄郡抵抗桓冲的北府军，由于北府军的战斗力惊人，因此慕容垂并不要求慕容德寸土必争，而是要求他主动的放弃定襄郡，然后依据当地山脉众多的特点，依托有力地形，同桓冲开展游击战，在游击战中不断的消耗北府军的兵力，积小胜为大胜，以空间换时间，慢慢的消耗北府军。
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