后燕灭亡后，翟辽一时膨胀的不行，他趁着晋军主力都在后燕境内灭定叛乱之际，率领军队四处出击，在荥阳郡、汲郡一带烧杀抢掠、无恶不作。
桓温被翟辽搞的头都大了，由于翟魏政权占据的地盘很小，只有滑县、浚县两县之地，而且军队也不多，实在是不值得大军回师征伐，但是不征伐吧，他又老是在后方捣乱，没有办法，面对嚣张的翟魏政权，桓温便严令豫州刺史朱序率军剿灭翟魏政权。
朱序领命之后，又命令荥阳太守秦膺率军进攻滑县，汲郡太守徐含远率军进攻浚县，但是都被翟辽一一击败，恰在此时，一直对桓温心怀不满的东晋的泰山太守张愿背叛东晋，带领本郡人马投降翟辽 ，翟辽更加的嚣张，势力也扩大到了今山东泰山一带。
眼看翟辽越做越大，朱序坐不住了，只得亲自率军从寿春出发，进军翟魏的老巢浚县，而翟辽却选择放弃浚县，率领全军突然绕到晋军的打后方荥阳，趁着荥阳守备空虚而攻克了它。
这下桓温气的直接跳了脚，他严令朱序并且在六个月内剿灭翟魏政权，不然就军法处置，朱序没有办法，只得再次调集兵力，去围攻荥阳。
在荥阳，翟辽突然因病去世，皇位便传给了儿子翟钊，翟钊继位后，改年号为定鼎，因此也被人称之为定鼎帝，翟钊继位后，面对晋军大军压境，再次果断的选择了放弃荥阳，转战陈留，但是被陈留太守沈卓击败。
随后翟钊又派遣部将翟都侵犯馆陶县，而自己屯驻在苏康堡。
朱序得知消息后，率领大军悄悄的包围了苏康堡，最终趁翟钊不注意而攻破了苏康堡，朱序手下大将秦膺趁乱斩杀了翟钊，俘虏了丁零族部众三万余户，进犯馆陶县的翟都也被陈留太守沈卓俘虏，至此，作乱两年多的翟魏政权正式灭亡。
翟魏政权灭亡之后，桓温将丁零族部众三万余户全部迁往南方各郡县分散居住，这些丁零族部众在与汉族百姓长期的同居当中慢慢的被汉化，丁零族作为一个整体民族也渐渐的消失在历史的长河当中。
在朱序忙着剿灭翟魏政权的同时，桓温也在率领大军清剿后燕残余，由于慕容部太过于执着当皇帝，因此在慕容宝被杀、慕容麟出逃之后，范阳王慕容德又跑到了濮阳郡汲县自称燕王，新建年号为元年，设置文武百官，任命慕容法为司空、兼领尚书令，慕舆拔为尚书左仆射，丁通为尚书右仆射，其余人封授官职各有不等。
为了与慕容垂建立的后燕政权相区分，史称慕容德建立的政权为南燕政权。
南燕政权建立后，慕容德趁着翟魏政权撤出滑县，趁机率军进驻滑县，但是旋即被尾随而来的桓豁的部队攻灭，南燕政权存在一月有余便宣告灭亡。
在慕容宗室建立的政权先后被灭之后，残存的鲜卑慕容部民众在中卫将军冯跋的率军下，经过长途跋涉，终于回到了辽西老家，由于此时的燕国正宗皇室都已死亡殆尽，冯跋便拥立慕容宝的养子慕容云为帝，史称北燕。
冯跋的父亲冯安在前燕时期就已经是将军了，到他这里也算是世袭的官位。
而慕容云虽然是慕容宝的养子，但并不是正宗的鲜卑族，而是高句丽族，他的原名叫高云，其祖父高和，曾经是高句丽的旁支宗族，由于自称是高阳氏的后代，所以就以“高”为姓。 在前燕文明帝慕容皝击败高句丽时，将慕容云的祖行们全部迁移到了青山一带，从此以后，他们便世代成为了前燕的臣民 ，后代自然也是后燕政权的臣民。
而等到了高云这一代的时候，因此有一次宫廷政变保护慕容宝有功，而被慕容宝收为养子，赐姓慕容氏，封夕阳公。
北燕政权建立后，慕容云决定恢复高姓，称高云，建立年号为正始，并以冯跋为中书令，设置文武百官，因为此时的辽西郡还属于晋朝的统治，在行政中历史于平州，归晋军着名将领桓石虔管辖，因此北燕的建立是偷偷摸摸的，都城建立在了鲜卑的故都龙城，由于此时的桓石虔正在全力的攻打高句骊，无暇顾及这个鲜卑残部，使得北燕政权得以在龙城及其周边地区得以存活下来。
后来高云在一次宫廷政变中被自己的部下离班、桃仁所杀，因为高云无子，所以北燕政权的实际掌权人冯跋便在众臣的支持下登上了皇帝位。
冯跋是个很有心计的人，他在登上皇位后，为了防止再次发生叛乱，便对自己兄弟及大臣们说：“我们一定要有福同享”，但是却在背后一直在打压这些兄弟和大臣，他对待这些开国功臣软硬兼施。最终使动荡不安的北燕政权稳定了下来。
后来，冯跋有位堂兄叫冯万泥，他和冯乳陈因为冯跋所封的官小而谋反，冯跋便派弟弟去征伐，并且捎话想以情说服二人，奈何二人坚持要反。冯跋就一举灭了他们。
冯跋在位的时候继续沿用了后燕的制度，同时汲取后燕败亡教训，振顿朝政，肃清吏治，劝课农桑，省徭薄赋，设立太学，重视教育。并多次下书令百姓“人植桑一百根，柘二十根”，并且明言对“堕农者戮之，力田者褒赏”。
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