确实，在动员全国力量后，各路起义军再次遭受到惨重打击。
其中，李自成部在陕、甘两次被大败，只好会合另一支起义军逃入四川。
洪承畴指挥各将尾随，紧紧追击。在四川巡抚傅宗龙的配合下，洪承畴在广元、南江等地再次打败李自成部。
李自成逃至汉水时，又遭到固原总兵左光先的袭击。一败涂地的李自成带着18人逃至深山老林。
由于山高林密，洪承畴觉得李自成大势已去，并没有继续追杀，当然深山里也不好找，便把目标转向张献忠、罗汝才，老回回等起义军身上。李自成因此得以喘息。
接下来，张献忠部也吃了败仗。面对朝廷的强力剿匪，张献忠退守谷城，并派使者去见熊文灿，表示愿意接受朝廷的招安。
熊文灿原为福建巡抚，在任期间成功了招抚了海盗大首领郑芝龙，并派郑芝龙肃清了福建沿海大小海盗，基本只剩下大盗刘香。
熊文灿后又改任两广总督，在任期间再派郑芝龙与刘香激战数次，终于歼灭刘香。
可以说，这段时间内，熊文灿有赫赫之功。
他招抚了郑芝龙，并用郑芝龙的力量肃清海盗、驱赶荷兰舰队。不但为朝廷省下了一大笔钱，还多了郑芝龙这支生力军。
这对当时捉襟见肘的国家财政来说，可谓是雪中送炭。
熊文灿还曾向朝廷呼吁，解除海禁，以疏民困而足国用。然而，朱由检并没有采纳他的建议。海禁是祖制！
因熊文灿有清海乱之功，朱由检任命熊文灿为六省总理，商洪承畴、卢象升等人一同剿匪。
在张献忠送来降书之前，熊文灿便已经成功招安了刘国能部。因此，熊文灿大喜过望，立刻上报朱由检，建议招安张献忠。
对于张献忠的请降，大夏朝廷是分成两派意见。杨嗣昌、姚思孝等人担心张献忠假降，而熊文灿、刘元斌等人则认为张献忠真降。
最后，朱由检拍板，同意招抚张献忠部。这就是谷城招安事件。
受李自成败逃、张献忠投降的影响，各地起义军纷纷效仿，争相向朝廷献降书。
先后有罗汝才、混十万、过天星等十支起义军请求招抚。
只有革里眼、左金王、马守应、刘希尧、蔺养成等起义军还在坚持战斗，号称“革左五营”。
但不得不说，此时剿匪形势一片大好，如果再把“革左五营”拿下，是有望在短时间内平定内乱的。
但就在这时候，有人出手搅乱了朱由检的剿匪计划。
就在刘国能、张献忠、罗汝才等先后被招安的这一年，皇太极任命多尔衮为奉命大将军，带着豪格、阿巴泰、岳托、杜度等人，率领八旗大军，再次从蓟镇大举入侵，沿途杀了不少朱家的皇族宗室。
名将卢象升也在这次入侵中，与清军交战而阵亡。
朱由检闻讯大惊，急令洪承畴、孙传庭带兵回来勤王。
皇太极这次入侵主要是，想实现议和的目的，让朱由检坐到谈判桌上来。
皇太极明明在军事上已经取得了主动权，为什么还想和朱由检议和呢？主要有几个方面的原因。
一是杀敌一千，自损八百。虽然大金对大夏发起的战争，胜率极高，但打的大多是攻城战。大金不少精锐士兵也在一场场攻城战中伤亡。
第二，皇太极此时并没有太大的野心，认为无法灭了大夏，入主中原。就算侥幸能破京城，后世子孙也未必能守住。
正如后来，他写给朝鲜国王的信中所写的。
“朕想今日我之藩服不为不多，疆域不为不广。彼（大夏）既请和，朕意欲成和事，共享太平之福。
诸王、贝勒或谓夏朝时势已衰，正宜乘此机会，攻取北京，安用和为。
但念征战不已，死伤必重，固有所不忍。
纵蒙天眷，得或一统，世岂有长生之人，子子孙孙宁有世守不绝之理！昔大金曾亦一统，今安在哉！”
实际上，大金部队虽然可以绕过宁锦防线，从蓟镇入侵。但由于路途遥远、道路崎岖，一些攻城武器，如重型大炮很难带过去。只要人心齐，皇太极根本攻不下京城。
第三，议和也符合皇太极的利益需求。皇太极议和条件中，有一点始终不变，那就是开放边境贸易。
大金和蒙古一样，经济结构相对单一，对大夏有强烈的贸易需求。
就像当初的庚戌之变一样，蒙古的俺答汗最迫切需要的商品就是茶叶，屡次要求互市。
大夏朝廷不同意。这才让俺答汗大举进攻，兵临京城。
最后，大夏应允通商后，俺答汗便撤兵了。
庚戌之变因茶叶而开打，最后促成了隆庆和议。大夏朝廷封俺答汗为顺义王，开放十一处边境贸易口岸。
皇太极这时也只不过想学俺答汗而已。
面对大敌入侵，朱由检召集众大臣商议。杨嗣昌、高起潜一派主张议和，卢象升一派坚决反对议和，积极请战。
朱由检大概心里是希望和皇太极议和的，但碍于面子，张不开嘴。
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