同样的道理引用在日本，也同样适用中国化（东方化）。
日本，是一个微缩版的中国。
魏公公很明确的对那几个日本天主教人士提出今后天主教应当和儒教、佛教、神道教融合，入乡随俗，只有争取到多数人的赞同，天主教才能为上帝争取更多的东方信徒。
“从前耶稣会的做法是错误的，我们必须纠正，如果继续从前的错误做法，对教士和信徒们的伤害就是无法挽回的。”
如果有可能，魏公公很想现在就出版改良版的《圣经》，但显然现在推出新《圣经》并不实际，因为东方教区现有的实力远不能和西方各教区相提并论。
所以，在指出过往日本耶稣会的错误做法后，魏公公仍就明确表示要对魔鬼的幕府政权进行强烈的打击，以促使日本各界能够接受天主教，从而停止对上帝信徒们的迫害。
“秉教皇阁下谕旨！”
向来将保罗五世高挂嘴边，恨不得把保罗老人家的画像供起来的魏公公习惯性的将保罗的老虎牌亮了出来。
他以东方教区大主教的身份要求日本教会必须动员信徒协助皇军征日作战，并要日本的天主教机构马上完善圣斗士体制。
对过往和日本幕府对抗有功的信徒要授予圣斗士的光荣称号，比如这次来的前大名、天主教徒有马晴信之子有马直纯，魏公公就当场册封他为二等青铜圣斗士，并以紫衣大主教的身份赐予他“天马流星拳”的伟大称号。
这既是对有马直纯秘密赞助天主教反抗运动的褒扬，也是对其父有马晴信的认可。
有马晴信作为岛原藩第一代藩主，利用日本官方许可的朱印船往来台湾、吕宋、澳门、占城、交趾、暹罗等地从事船运贸易，并成为巨富。
此后，德川家康曾命令有马晴信进攻台湾，后又受德川家康命令焚毁了葡萄牙停泊于日本的船只，但其本人却依旧是个虔诚的天主教徒，并没有奉家康命令迫害境内的天主教徒。
也因此，有马晴信被德川家康勒令切腹，可是天主教义不能自杀，有马不得已只好让手下将自己杀了。
父亲死后，有马直纯虽然免于连坐，并继续了父亲的领地成为肥前国日野江藩主，但杀父之仇有马直纯岂敢忘记。
并且，新任的德川秀忠对有马直纯也十分警惕，一直想将其换掉，所以为了自保，有马直纯便秘密以资金赞助天主教的倒幕运动。
而在其的庇护下，岛原境内的传教士们也发展了很多天主教徒，这些以农民为主的天主教徒对幕府的苛捐杂税很是不满，反抗随时都会发生。
在此背景下，对于打着拯救日本天主教徒旗号讨伐幕府的大明皇军，有马直纯不管是为了父仇还是为了自己的利益，他都需要和皇军建立良好的关系，尤其是明朝方面和东方教区对有马家的利益做出了承诺。
“幕府正在将日本变成魔国，这一点不管是皇明还是教区都不愿看到，我们希望能够在将幕府击败之后，日本能涌现仁人志士将这片国土变成真正的皇国，上帝之国。”
魏公公亲手将一枚二等青铜圣斗士的勋章戴在了有马直纯的衣领上，在和有马的秘密会谈中，魏公公出示了一份大明皇帝的手谕，这道谕令表明大明皇帝和朝廷对日本没有领土野心，只是希望能够打倒万恶的、对人民残暴不仁的德川幕府。之后，日本依旧是日本人的国家。
“希望阁下能够广泛联络对幕府不满的仁人志士，共同建立日本的新秩序。”
为了表示对有马直纯的重视，魏公公破天荒的穿了一套和服，跪坐于地向有马直纯端起了酒杯。
“皇明朝廷将不以德川秀忠为谈判对象，如阁下这般才是皇明朝廷可以信任的伙伴，也是天主教廷可以信任的朋友。”
有马直纯端起酒杯一饮而尽，继而迟疑之后问了魏公公一个问题，那就是皇军是否有把握击败德川秀忠。
“三个月灭亡秀忠。”
魏公公给出了这样一个说法。
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