所以现在的信长必须全盘考虑，对于伊势武田家，他不得不慎重。
转眼间，便已是永禄十二年正月，原本和平的京都被打破了平静。
不甘心失败的三好长逸等人在正月二日起兵攻入和泉，攻陷家原城，城守雀部治兵卫、寺町左近将监战死，城兵阵亡二百人。
三好军获胜后连夜进袭，在三日时接近足利义昭居住的本圀寺。
留守在本圀寺的共有明智光秀、细川藤贤、三渊藤英、织田左近、野村越中、津田左马丞以及出身若狭国的知名勇士山县源内跟宇野弥七。
足利义昭以细川藤贤、三渊藤英镇守本圀寺总门，野村越中在杜门警备。
高槻城将赤座永兼、森弥五八郎、坂井与右卫门等也在三日晚间率先来救，进入本圀寺协防，足利义昭也派出使者向四方求援。
在京都的小山孝宗急忙让岛左近领兵一千五百人前去支援。
三好军包围本圀寺后，三好长逸跟三好政康率三千人进攻北面，岩成友通率领一千五百人进攻西面，三好康长率领三千人进攻东面。
同时三好军也在外围放火，寺内守军也一度开门跟三好长逸交锋。
药师寺贞春作为先锋数度冲击城兵，山县源内跟宇野弥七也奋战至力尽，死在敌军长枪下，三好军几近攻入寺内。
好在岛左近领兵突然杀出，击杀药师寺贞春，但也因兵马较少，不得已退入寺内固守。
另外三好方策反了高槻城主入江春景，派遣三好政胜跟三好长胜进入高槻城，试图妨碍池田胜正跟伊丹亲兴救援本圀寺。
到了第二天，得知三好军进攻本圀寺的三好义继随即率领三千兵马救援。
细川藤孝、荒木村重、池田胜正、伊丹亲兴等人迅速云集。
池田胜正、伊丹亲兴虽被妨碍，但另取小路与三好义继等人会合。
三好义继等人试图从后方进迫桂川畔的三好军本阵，三好义继等人分成三阵，池田胜正与伊丹亲兴自西进攻，三好义继自南进攻，细川藤孝等人由北边进攻。
但三好三人众也将兵力一分为二，三好长逸跟三好政康持续进攻本圀寺。
三好康长跟岩成友通则率军前往桂川跟三好义继等人交战，并顺利击破三好义继跟池田胜正这两路人马，池田胜正退守池田城，三好义继被迫转往洛西山，大战中甚至有三好义继战死的传闻。
三好义继虽被击退后，但细川藤孝依然继续奋战，而伊丹亲兴则直扑三好长逸跟三好政康所在的三好军本阵。
双方激战下，伊丹军阵亡八十多人，但伊丹亲兴依然奋战不懈。
本圀寺的守军细川藤贤、三渊藤英，岛左近等主动开门出战救援伊丹亲兴，双方里应外合下顺利击破三好军本阵。
三好长逸跟三好政康退往伏见、鸟羽一带，被斩杀两千七百多人，三好方武将小笠原信定被岛左近击杀。
细川藤孝、伊丹亲兴、池田胜正跟荒木村重在战胜后，合流进入本圀寺。
孝信得到完整的战报，明白三好长逸的袭击计划已经失败。
不过他必须得马上进京。
孝信立马率领城内的赤备兵团以及常备部队离开武田城，星夜赶往京都。
他赶在信长之前，提前了一天进入京都内拜见足利义昭，而织田信长比他晚一天得到消息，在八日抵达京都。
此番袭击，足利义昭虽然无恙，但着实被吓了一跳，不管是见到了孝信还是织田信长，他都提出了要修建新的御所。
孝信自然是同意了足利义昭的请求，织田信长也考虑到此处不安全，决定重新修建二条御所。
足利义昭立刻派遣使者，向天下的有力大名送去信件，要求各地的大名前来恭贺他这位新上任的将军，并且为修建新御所提供钱财或者建筑材料。
这西国的毛利，九州的大友，岛津，东国的越后上杉，甲斐武田纷纷送来了大量的礼物恭贺足利义昭。
此事让织田信长大为不满，他觉得足利义昭正在脱离掌控。
孝信也看得出来，毕竟他是推动此事的幕后推手。
在本多正信抵达京都后，就立刻建议小山孝宗向足利义昭提出，调解毛利家与九州大友宗麟的战事。
而毛利家虽然灭掉了多年以来的心腹之敌尼子家，但是尼子家的余党以及大内家联手，趁着毛利家攻略九州大友家的时候，在出云等国掀起叛乱。
毛利元就意识到了问题，正好遇上幕府派来的使者，便顺势与大友宗麟议和，罢兵回国。
此番调解毛利与大友家的战事，让足利义昭的声望高涨。
随即在小山孝宗的建议下，足利义昭下达了让毛利家出兵攻打四国的命令，毛利元就欣然应允。
这些消息已经传到了织田信长手中，再加上足利义昭一直让天皇和朝廷写信给织田信长，让信长担任副将军之职，引起了他的不快。
另外，足利义昭放逐近卫前久，任命二条晴良一事，引起了不少公卿的不满。
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