出现免疫接种失败的原因很多，必须从客观实际出发，考虑各方面的可能因素。
事实上，每次免疫接种失败，都有其特殊的原因。
下面是一些常见原因，这些原因可归纳为三大方面，即疫苗的因素、动物的因素和人为因素。
(1)疫苗本身的免疫保护性能差(如猪气喘病疫苗、禽雀乱疫苗、猪流行性腹泻疫苗等)或具有一定毒力的活疫苗(如猪副伤寒疫苗、鸡喉气管炎疫苗和某些鸡法氏囊病疫苗等)。
(2)疫苗毒(菌)株与田间流行毒(菌)株血清型或亚型不一致，或流行株的血清型发生了变化，
如口蹄疫、禽流感、传染性支气管炎等都有这种情况。
或在疫病严重流行的地区，仅选用安全性好但免疫原性差的疫苗品系，
例如在有速发性嗜内脏型新城疫流行的地区选用了Ⅱ系或Ⅲ系疫苗等。
(3)疫苗运输、保管不当；
或疫苗稀释后未及时使用；
使用过期、变质的疫苗；
疫苗选择不当甚至用错疫苗，例如将鸡新城疫Ⅰ系疫苗误用于雏鸡。
(4)不同种类疫苗之间的干扰作用。
(5)接种活苗时动物有较高的母源抗体或前次免疫残留的抗体，对疫苗产生了免疫干扰。
(6)接种时动物已处于潜伏感染，或在接种时由接种人员及工具带入病原体。
(7)动物群中有免疫抑制性疾病存在，如猪圆环病毒病、猪呼吸与繁殖障碍综合征、鸡法氏囊病、牛慢病毒感染等；
或有其他疫病存在，使免疫力暂时下降而导致发病。
(8)免疫接种工作不认真，例如饮水免疫时饮水器不足，疫苗稀释错误或稀释不均匀，接种剂量不足，接种有遗漏等。
(9)免疫接种途径或方法错误，例如只能注射的灭活苗却采用饮水法接种。
(10)免疫接种前后使用了免疫抑制性药物；或在接种活疫苗时使用了抗菌药物。
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