苻健打败司马勋后就找这个赵琨的尸体，据说找了很久也没找到，赵琨的儿子就特别的难过，忍不住放声痛哭，可能是痛苦感动了上天，一群乌鸦竟然从山里面跑出来将赵琨的儿子带到山里面找到了赵琨的尸体。也算是对忠臣的一种神话了。
很快后赵的并州刺史张平也携带并州归顺苻健，于是就封他为大将军，冀州牧。感觉这些大将军都是不值钱的一样，反正投降的归附的几乎都是大将军。但是至少张平的加入让苻健的实力进一步增强。
公元352年，他的兄弟苻雄等联合上书，让他更进一步，天王还是太过于贬低自己了。应该更进一步，于是苻健同志就顺应民意，在长安的太极前殿正式即皇帝位。各个公都变成王。大单于的位置自己也不干了，掉价，于是就让他的儿子苻苌做大单于。
前面提到的杜洪，找司马勋过来，最后也没有得到什么好处，于是自己就继续在宜秋屯兵，前面就讲了他这团队没有建设好，没有人才啊，所以被苻健赶出长安，一败再败。
他这团队不仅没有人才还没有良心。这不苻健登基的这一年，杜洪却下地狱了，被他的部将张琚给杀死了，随后张琚自立为秦王，他这秦王遇到苻健这个秦王就被瞬间秒杀。苻健出兵杀掉张琚后，就又派苻雄和苻菁攻占关东地区。同时还去许昌搞了次突击检查，顺带打了下东晋，将东晋打的大败的同时，俘获了豫州刺史张遇，将豫州百姓五万多户迁移到长安的时候，也将张遇带回来，苻健并没有杀张遇，对他还是不错，还是担任豫州刺史，还顺带让他做了个司空。
不过自古英雄难过美人关，想当年曹操同志打张绣的时候，张绣已经投降了，可是非要去搞人家婶娘，结果张绣再次反掉，这下直接让自己的大儿子曹昂，侄子曹安民和自己的大将典韦在那次都阵亡了，就为了几晚上的输服，损失惨重。
现如今这苻健也是这德行，不过张遇还是没有张绣的能力，苻健看上的是张遇的后妈，皇帝看上了，又是俘虏，那没办法就只能入宫伺候了，可是苻坚这身体上占便宜了，嘴上也要占便宜，经常当朝臣的面说张遇是他的儿子。
如果是一般趋炎附势的人可能就会觉得面子上很有荣光，认皇上是自己发父亲，那不是很多人梦寐以求的，可是张遇同志还是有骨气的，就觉得这话是侮辱。这时间长就受不了了，于是就想叛变投降东晋，但是被人告密，具体谁告密不重要，所以也没人知道是谁，只能说明什么时候团队都很重要，选对人头顶皇冠。选错人就人头落地。于是张遇就只能成为苻健的刀下鬼，当然他那后妈是跟随一起去地府，还是继续伺候苻健，没人知道。
但是不知道是因为苻健在女人的温柔乡玩过火了，还是当时的北方就是火势冲天了，反正好几处都造反，孔特在池阳造反，刘珍、夏侯显在鄠（hu）县造反，乔秉在雍城造反，胡阳赤在司竹造反，呼延毒在霸成起兵，而且他们都和东晋桓温联络，同时还有西域胡人刘康自称是前赵刘曜的儿子，在平阳郡也造反。还好这些势力起的快灭的也快。
孔特被丞相苻雄杀掉，刘珍、夏侯显被清河王苻法干掉。刘康被左卫将军苻飞给生擒。
这么多的叛乱都向桓温求救，让桓温觉得有机可乘，于是在公元354年的时候，桓温带领4万士兵开始攻打长安，同时司马勋也带兵来攻打秦国。秦国长安周边的城市那是望风而降。一个个都是墙头草，风一刮就随风而飘。苻健知道桓温来攻，就命令将城外的麦子全部收割干净，搞个坚壁清野。
然后派苻雄在白鹿原和桓冲交战，结果是大败桓冲，随后又在子午谷击败司马勋。桓温接连打败仗，又加上苻健的坚壁清野的政策导致自己缺粮不能持久，没办法就只能选择退兵了。让司马勋带领三千余户居民带回，但是到潼关的时候，又招到太子苻苌的袭击，最后司马勋一个人逃回汉中。这也是对桓温的一次重大打击，从而导致桓温再也没有北伐，只是在家里面抢权夺利去了。但是这更是对苻健的一次的重大打击，因为在偷袭司马勋的过程中，苻苌被流箭射中，不久就不治身亡了。
赶走桓温，平定内乱后，苻健才开始真正静下心来搞了下内政，他在平朔门设来宾馆招待和怀柔远方的人，还与关中的百姓约法三章，薄征赋税。优待礼遇老年人，大办教育，从而让关右恢复勃勃生机，也为后来的前秦的强大奠定了一定的基础。
但是不幸的事情总是一个接一个，苻苌死后，苻健就立了苻生做太子，结果他的侄子苻菁不服就想造反。于是在公元355年六月初六，苻健卧病不起，苻菁几天没见到自己的叔叔就以为自己的叔叔基本上差不多了，不死估计也就剩半口气了。于是就带兵造反想杀掉苻生，然后自己做皇帝。幸亏他动手早，苻健还没死，还有大半口气在，于是亲自登上端门排兵布阵，结果苻菁的手下一看苻健还活着，就劝散掉了。于是苻菁自然最后的结局就是死路一条了。苻菁是和苻雄一样都是最早跟着苻健领兵征战天下的，应该说是功劳最大也最有实力的军方领导人之一，如果他等苻健死后动手，估计还真说不定历史会怎么样呢。只是历史没有那么多如果。
平定苻菁，也让苻健的病雪上加霜，六月十四日就感觉到自己不行了，于是就召集太师鱼遵、丞相雷弱儿、太傅毛贵等人前来辅佐朝政。大家可能奇怪，前秦应该说最厉害的两个人一个苻菁造反被杀掉了，还有一个苻雄比苻菁更厉害的，为什么没让他来辅佐呢，实际上这时候苻雄已经死掉了。苻雄是在讨伐雍城的乔秉的时候，死在军营里面的，前面我们也提到几路造反的，大部分都被苻雄给平定了，就在平定完乔秉，在军营里面去世了。苻雄是苻健的弟弟，所以苻雄死的时候苻健是非常的伤心的。最后追封苻雄为魏国王。
同时私下又和自己的儿子苻生说：那些酋长将帅和辅政大臣都是手里面握有权力的人，如果他们不听从你的号令，你就要想办法将他们一个个除掉。
六月十五日，苻健就驾崩了，死的时候，只有三十九岁。死后就由他的儿子苻生正式登基继位成为前秦的第二个皇帝。
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