1938年5月27日，程云颂还严令黄杰、刘汝明率部死守商丘、亳州战线，在兰封日军未消灭前不得放弃阵地。
但黄杰根本不买汤恩伯的账，竟无视战区长官的命令，于28日率第40师撤至柳河，还命令第24师退往开封，仅留第187师守备朱集车站和商丘城。
身为前敌最高指挥官的黄杰，在战役最关键时刻，竟私率主力两个师撤出战斗，给整个会战造成严重恶果。
同时，国军第187师亦毫无守城之决心，师长彭林生又“督率无方”，其师参谋长张淑民，旅长谢锡珍、叶赓常“或煽动退却，动摇主官决心，或不战自退”。
28日晨，日军突入城内，并占领了朱集车站，彭林生率残部于29日凌晨撤出商丘。商丘的陷落，使得围攻日军第14师团的薛伯陵兵团侧后受到严重威胁。
1938年5月28日，第1战区不得不抽出第71军主力第88师、第87师赴淮阳、太康、龙曲集，第27军主力第155师、第58师、第61师赴睢县、杞县、宁陵布防，以阻截由商丘、亳县西进的日寇。
战后，国民政府军事委员会负责人将作战不力的黄杰、彭林生等人撤职查办，但没有处决。
日军方面，第1军司令官由于担心孤军深入的第14师团重蹈台儿庄第10师团覆辙，同意了华北方面军“应消灭开封、郑州附近之敌，以粉碎敌之抗战意志”的作战申请。
1938年5月28日，日军华北方面军命第2军向开封推进，命令要求：“第1军应以第14师团确保兰封附近，以利于第2军作战，第2军应尽力以更多的兵力，不失时机地逐次向开封东南地区进攻”。
同日，日军第2军将混成第13、第3旅团和第10师团濑谷支队全部配属给第16师团，令其“从杞县方面击败第14师团当面之敌”，第16师团得到诺大加强成为日军的超级精锐师团。
第16师团以一部沿陇海铁路向柳河、民权推进，主力以混成第3旅团为首，约4个联队，1938年5月29日攻占宁陵，30日攻陷睢县。6月1日向杞县进攻，与李汉魂部展开激战，企图由杞县直指汴郑。
日军混成第13旅团由涡阳向亳县进攻，31日攻占亳县，并向鹿邑、柘城一线攻击前进，企图攻占太康、扶沟、淮阳、许昌，彻底切断平汉铁路。
而同时，被困于三义寨、曲兴集、兰封口一线的日军第14师团，在得到日军甲种精锐第20师团的补充后，亦于29日以全力向杨圪垱、梁楼、柴楼、兰封等处反攻，意图向西南突进，与第16师团一部会合，然后进攻开封。
此时，日军大本营为避免扩大战线，对徐州会战以后的战事发展作出了限制。1938年5月29日，日军大本营下达了“越过兰封、归德、永城、蒙城、正阳关、六安一线进行作战，须经批准”的命令。
可是，华北方面军并不理会上述限制，而于1938年6月2日将第14师团配属给第2军，并下达了向兰封以西的追击命令：
1、敌主力有开始向京汉线以西后退的模样。
2、方面军决定首先向中牟、尉氏一线追击敌人。
3、第2军司令官应一并指挥第14师团及其配属部队，向上项指定一线追击。另外，令一部迅速挺进切断京汉铁路。
国军第1战区长官部为“避免与西犯之敌决战，并保持尔后机动力之目的”， 1938年6月1日决定全军向平汉线以西地区撤退。其具体部署如下：
1、以商震指挥第39军、第32军、新35师，万福麟指挥第53军、新8师，彭进之指挥第196师、第45师分别担任开封至郑州，黄河铁桥至汜水，汜水至张茅镇间黄河南岸的守备任务，阻止日军渡河南下。
2、以商震军一部、孙桐萱军、张自忠军团、李延年军、陈大庆师、冯治安军、刘汝明军、罗奇师、梁恺师分驻开封、郑州、许昌、郾城、驻马店、周家口、淮阳、沈丘、商水，掩护豫东主力撤退，并以机动部队迟滞日军向西攻击进犯的速度。
3、宋希濂军、胡宗南军团、李汉魂军团、桂永清军、黄杰军、俞济时军分别向禹县、郏县，汜水、巩县，密县，洛阳，襄城、叶县，泌阳转移。
似乎所有人都忘记了独立纵队的存在，独立纵队一直窝在民权县城修建工事，一开始作战体系就没有将独立纵队列入其中，开作战会议都没有通知这个单位，当然也没有安排后勤给养。
温暖在民权县城还是搞自己的拿手好戏，在城中央建造主堡垒炮塔，四周建造防空堡垒平台，都是十米厚钢筋混泥土浇筑而成。
如果在平原地区和同等数量的日军机械化部队野战，独立纵队的伤亡会很大，遭受重大伤亡后独立纵队是否会崩溃逃跑不得而知，总之打输的概率很大。
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