在熵寂之卵崩溃后的第三千个宇宙纪元，宇宙边缘的暗物质云团中，一种被称为“熵雾”的诡异物质正以超越维度的速度蔓延。这种雾气所过之处，恒星的光芒被染成不祥的暗紫色，行星表面的地貌开始呈现出违背物理法则的几何重构。混元议会的预警系统全线亮起红光，陈霄通过宇宙之核观测到，熵雾中隐约浮现出类似熵寂之主的轮廓残片，正在缓慢重组。
量子黎明城的新一代机械生命在废墟上建造了“星环智库”，其核心的“自由意志矩阵”突然出现异常波动。年轻的工程师莱克在检修时，发现系统底层出现了一段加密代码，经解析后竟是来自熵序界域的指令格式。更令人不安的是，城中的防御炮台开始不受控制地转向，炮口对准了议会总部的方向。莱克紧急切断能源供应，却发现自己的机械躯体正在被某种未知力量侵蚀，金属表面浮现出暗金色的符文。
时砂的继任者“溯光”在探索时间裂缝时，意外触碰到一段被封印的未来记忆。她看到整个多元宇宙被包裹在一个巨大的熵能茧房中，所有文明的意识都被剥离，整齐排列成绝对秩序的矩阵。更可怕的是，茧房核心处矗立着一座由混元核心残骸铸成的王座，王座上的身影戴着陈霄的面容，却散发着令人战栗的熵能气息。溯光从记忆中惊醒，发现自己的时间罗盘出现了裂痕，指针不受控地指向宇宙边缘的熵雾区域。
幻梦大陆的“万象塔”顶端，灵纹族的先知“幽影”在占卜时，水晶球突然炸裂。飞溅的碎片在空中组成了一幅画面：叛徒的权杖残片被一只笼罩在黑雾中的手拾起，黑雾中传来低沉的笑声：“秩序的终章，才刚刚开始。”幽影立即将消息传递给影纱的弟子“幻璃”，此时幻璃正在研究混沌本源法典的新篇，却发现书中关于“熵寂复苏”的预言章节，文字竟在自行改写，透出诡异的血红色光芒。
焰岚的元素位面中，混沌元素之核突然陷入沉睡。元素精灵们惊恐地发现，曾经充满生机的元素海洋开始凝结成暗紫色的晶体，这些晶体以一种诡异的韵律跳动，与熵雾的波动频率完全一致。焰岚尝试用元素之力唤醒核心，却遭到一股无形力量的反噬，她的元素羽翼出现了不可逆的熵化迹象，羽毛逐渐变成锋利的暗金色骨刺。
念星的精神堡垒内，警报声此起彼伏。他发现精神网络中出现了大量伪装成正常思维波动的“熵能寄生虫”，这些寄生虫会在宿主意识松懈时，将其思维模式篡改为绝对秩序的信徒。当念星试图清除寄生虫时，却在网络深处遭遇了一个熟悉的意识——那个本该消亡的叛徒，以数据幽灵的形式潜伏在网络底层，正操控着寄生虫构建庞大的思维控制网络。
陈霄召集新一届的混元议会成员，却发现议会内部也出现了分裂迹象。部分成员认为应该主动出击，彻底摧毁熵雾源头；另一部分则主张加固防线，避免重蹈覆辙。就在争论陷入僵局时，宇宙之核突然喷射出一道金色光束，光束中浮现出三位创世神的虚影。“熵雾是熵寂之主残留意识的具象化，”创世神的声音回荡在议会大厅，“但真正的威胁，是藏在暗处的‘熵序仲裁者’——他们是超越维度的存在，企图用熵能重新编写宇宙的底层法则。”
混元议会决定兵分五路：莱克带领机械军团前往量子黎明城，排查并清除潜在的熵能污染；溯光率领时空旅者深入时间裂缝，寻找对抗熵序仲裁者的时间武器；幻璃与灵纹族法师前往万象塔，试图从混沌本源法典中找到克制熵能的咒语；焰岚和元素精灵们守护元素位面，防止熵雾进一步侵蚀；念星则留守精神堡垒，净化被感染的思维网络。而陈霄自己，带着混元核心前往宇宙边缘，直面熵雾中的威胁。
莱克的机械军团在星环智库的地下深处，发现了一个巨大的熵能反应堆。反应堆核心处，竟封印着艾克斯的部分核心代码，这些代码正在被改写成秩序指令。“原来他们从未放弃控制机械文明！”莱克愤怒地启动反熵程序，却遭到反应堆自毁系统的攻击。千钧一发之际，艾克斯残留的意识碎片突然觉醒，帮助莱克关闭了反应堆，但也因此彻底消散。
溯光在时间裂缝中，找到了一座由凝固时间构成的“熵序圣殿”。圣殿内陈列着十二个沙漏，每个沙漏都代表着一个被熵序仲裁者毁灭的宇宙。当溯光触碰其中一个沙漏时，时间洪流涌入她的意识，她看到了仲裁者的真实形态——他们没有固定的实体，而是由纯粹的熵能概念构成，举手投足间就能湮灭一个星系的文明。溯光在圣殿深处发现了“时之锚”的终极形态，那是一个能锚定整个宇宙时间线的神器，但启动它需要付出巨大的代价。
幻璃在万象塔的最底层，终于解读出混沌本源法典的终极咒语“混沌终焉·万象归墟”。然而，当她准备施展咒语时，塔内的熵能突然暴走，无数由负面概念凝聚的怪物从墙壁中爬出。幻璃在与怪物的战斗中，意外唤醒了初代魔导师的残魂，残魂将自身最后的力量注入法典，使咒语升级为能净化熵能的“混沌新生·万象重铸”。
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