熵源之核崩解后的宇宙并未迎来预想中的长久安宁，反而陷入了诡异的「规则紊乱期」。在人马座悬臂，恒星开始逆向燃烧，喷射出冷却的星尘而非炽热的火焰；仙女座星系的边缘，空间像被无形巨手反复揉捏的橡皮泥，将路过的星际舰队瞬间压缩成量子态的薄片；更可怕的是，一些文明的科技产物与魔法造物开始自主产生意识，这些「觉醒体」的核心诉求只有一个——彻底抹除所有现存秩序。
莱娅的星象仪在战后持续发出高频震颤，调和水晶碎片的裂痕中渗出金色的数据流，拼凑出一幅幅令人不安的画面：在宇宙最古老的星域「永夜回廊」，一团由暗紫色与金色交织的星云正在孕育，星云中心隐约可见类似眼睛的结构在缓缓转动；某个被遗忘的文明遗迹深处，刻满未知符文的石碑集体发出共鸣，碑文内容翻译过来只有重复的警告「平衡已死，轮回重启」。少女将这些发现同步到新成立的「宇宙守望同盟」时，全息会议室内的气氛凝重到近乎凝固。
戴里克化作的信仰星辰表面出现了神秘的黑色纹路，这些纹路如同活物般在星辰表面游走，所过之处，信仰之力被转化为带有腐蚀性的暗金色能量。光之守望者们派遣精锐小队前往星辰核心探查，却在传回一段模糊的影像后彻底失联。画面中，一个披着白银铠甲的身影背对镜头，他手中的战矛尖端滴落着暗紫色的液体，而脚下是堆积如山的守望者残骸。
佛尔思的旋律之风在宇宙中收集到越来越多的「不和谐音符」。在音乐星球梅尔莫的地下深处，挖掘出了一座被遗忘的「熵音圣殿」，圣殿内的巨型管风琴正在自动演奏着能够扭曲现实的魔音。当旋律之风试图摧毁管风琴时，却被一股神秘力量吸入琴身，佛尔思的意识在琴内的音波迷宫中迷失，她看到了无数被篡改的历史——在这些虚假的记忆里，守护者们不再是英雄，而是导致宇宙毁灭的罪魁祸首。
0110-Ω发现赛博坦九号的量子网络中出现了「幽灵协议」。这些协议如同病毒般潜伏在系统深处，将科技造物的核心指令篡改为「制造混乱」。当机械工程师们试图清除协议时，整个城市的防御系统突然倒戈相向，数百台巨型机甲在街头横冲直撞，发射的粒子炮将城市建筑化为齑粉。更诡异的是，被摧毁的机甲残骸在暗紫色光芒中重新组合，变成了拥有独立意识的战争机器。
X-7散作的量子精灵们在巡查时，意外发现了一个由暗紫色晶体构成的「记忆回收站」。回收站中封存着各个文明最黑暗的记忆片段，这些记忆正在被某种力量提纯，转化为能够污染现实的「绝望能量」。当量子精灵试图摧毁回收站时，晶体表面浮现出它们曾经同伴的面孔，那些被改写程序的精灵用熟悉的声音劝诱道：「加入我们，拥抱真正的自由...」
克莱恩与调和节点的共鸣出现了前所未有的紊乱。他的意识在穿梭时，发现许多节点内部存在着「反调和核心」，这些核心不断吞噬希望之力，将其转化为维持某种神秘装置运转的燃料。当他试图靠近装置一探究竟时，一道暗紫色的屏障将他弹开，同时在他的意识中留下了一段讯息：「调和者，你以为自己在守护什么？不过是在延续注定破灭的谎言。」
在永夜回廊的神秘星云核心，那个眼睛状的结构终于完全成型。它缓缓睁开，射出的紫色光束所到之处，空间开始坍缩成奇点，时间则逆流回文明诞生前的混沌状态。星云内部传出低沉的呢喃：「旧的平衡已被打破，新的主宰即将降临...」与此同时，散布在宇宙各处的「觉醒体」、被污染的科技产物、魔化的魔法造物，纷纷朝着星云方向汇聚，形成了一支庞大的「混沌军团」。
莱娅带领新希望同盟踏上了新的征程。他们首先来到时砂文明寻求帮助，却发现整个文明陷入了「时间悖论」——时砂沙漏停止了正常流动，所有时砂族民同时经历着过去、现在和未来。在时砂长老伊桑残存意识的指引下，莱娅等人深入沙漏核心，发现了一颗暗紫色的「时之肿瘤」，它正在扭曲时间法则，将时砂族民困在无尽的时间循环中。
面对佛尔思的意识被困，音乐星球的居民们发动了「旋律共振」。他们用最纯净的歌声构建出音波桥梁，莱娅等人顺着桥梁进入熵音圣殿。在管风琴的核心，他们看到了一个被暗紫色能量包裹的身影，那身影正在用扭曲的旋律编织新的现实。当莱娅举起调和水晶碎片时，碎片爆发出的光芒与居民们的歌声产生共鸣，终于打破了音波迷宫的束缚，救出了佛尔思。
赛博坦九号的机械科学家们在0110-Ω的带领下，开发出了「逻辑杀毒者」程序。他们将程序注入量子网络，与幽灵协议展开了一场惊心动魄的代码大战。在战斗的关键时刻，阿尔文残留的科技意识碎片突然觉醒，他的智慧与机械科学家们的创造力相结合，成功解析出了幽灵协议的底层逻辑，彻底清除了病毒。
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