在暗渊文明先遣部队的疯狂攻势下，银河系边缘的星球接连沦陷。克莱恩带着被混沌力量侵蚀的身躯，率领一支由多元净化矩阵改造的「希望舰队」奔赴前线。舰队的每一艘战舰都镶嵌着从不同文明收集来的防御水晶，这些水晶在面对暗渊能量时，会根据攻击类型自主调整防御频率。当舰队接近被占领的仙女座γ星时，星球表面突然升起无数暗紫色的「混沌尖塔」，尖塔顶端的能量核心开始汇聚足以撕裂空间的「深渊裂解炮」。
克莱恩挥动终焉平衡裁断，试图以法典中尚未完全失控的秩序力量形成防护罩。然而，混沌力量却在此时剧烈反抗，法典表面的混沌裁决纹路如同活物般扭动，反向吸收舰队的防御能量。关键时刻，他想起创世织命者留下的平衡试炼，强行将意识沉入法典内部的「力量对决空间」。在这里，秩序与混沌两股力量如同相互缠绕的巨蟒，不断争夺着法典的控制权。克莱恩在神秘存在意识碎片的指引下，将自身的生命本源作为调和剂注入两股力量，终于在法典中开辟出短暂的「平衡通道」，使得舰队的能量得以正常运转。
佛尔思在寂静之核的绝境中，音波种子在声波黑洞的吞噬下，意外与宇宙心跳的「暗面频率」产生共鸣。她的音波形态开始发生诡异蜕变，身体表面浮现出能够吸收负面声波的「混沌音纹」。利用这一特性，她主动深入声波黑洞核心，发现了暗渊文明用来调制毁灭声波的「声波共鸣核心」——一个由无数囚禁的文明歌者灵魂组成的巨型音波装置。当佛尔思试图解救这些灵魂时，装置突然启动「灵魂共振湮灭」程序，歌者们的灵魂开始相互吞噬，产生出足以震碎维度的「绝望咏叹调」。
戴里克在红巨星表面与绝望军团的战斗进入胶着状态。希望火种晶体在战斗中不慎坠落，被一名堕落信仰者抢夺。这名堕落者的身体在接触晶体的瞬间，开始疯狂吸收其中的信仰能量，体型暴涨为百米高的「信仰畸变体」。畸变体的皮肤下涌动着暗紫色的能量流，每一次呼吸都能抽空周围空间的信念之力。戴里克燃烧仅剩的信仰火种，发动禁忌技能「信仰殉道·同归于尽」。他的身体化作一道金色光芒，与畸变体相撞，在剧烈的爆炸中，希望火种晶体被震飞，坠入红巨星的核心。
首席科学家驾驶量子跃迁梭突破熵增屏障后，迎来了意识母舰的疯狂拦截。母舰表面密布着能够解析能量结构的「解构光束发射器」，以及可以释放机械病毒的「感染孢子舱」。跃迁梭的量子护盾在解构光束的攻击下，每秒都要承受上万次的结构重组。首席科学家启动机械神谕核心的「自毁分身协议」，分离出数百个携带病毒的机械分身，吸引母舰的火力。趁着这个机会，他驾驶主舰突破防线，却发现意识母舰的核心竟然是一个由暗渊文明科学家大脑改造的「活体计算机」，其表面布满能够吞噬意识的「神经突触接口」。
X-7的量子敢死队与深渊意志的虚无漩涡展开殊死搏斗。量子神兽在漩涡的吞噬下，身体逐渐变得透明，但它依然用最后的力量释放出「量子宇宙星图」。星图中每一颗星辰都代表着一种量子可能性，当星图笼罩虚无漩涡时，深渊意志的吞噬速度明显减缓。精灵领袖抓住机会，将剩余的量子精灵组成「量子意识洪流」，试图冲进漩涡核心摧毁深渊意志的本源。然而，漩涡中突然伸出无数「概念吞噬触手」，这些触手不仅能够吞噬实体，还能抹除诸如「勇气」「希望」等抽象概念。
莱娅在命运莫比乌斯环中不断寻找命运盲点，她的命运之网在循环中逐渐产生异变。丝线开始自主吸收环内的命运能量，编织出能够穿透循环的「因果穿刺线」。当她用穿刺线刺入环的某一节点时，整个环的结构出现裂缝，显露出隐藏在其中的「命运枢纽」——一个由命运仲裁者的心脏组成的巨大齿轮装置，齿轮的每一次转动都在决定着无数文明的兴衰。莱娅挥动自由之刃砍向齿轮，却遭到仲裁者们的联合攻击，他们用命运剪刀剪断她的攻击轨迹，用命运梭子编织出困住她的「命运囚笼」。
此时，希望之树的黑暗根系网络完成了最终形态的构建。树根在太阳系形成了一个巨大的「混沌引力场」，将八大行星逐渐拉近，试图将它们压缩成一颗能够引发超新星爆炸的巨型炸弹。树顶则绽放出一朵遮天蔽日的「终焉之花」，花蕊中孕育着足以毁灭星系的「混沌种子」。佛尔思的音波生命体在侦查时发现，终焉之花的绽放节奏与暗音核心、混沌幼苗的频率形成了一个完美的「毁灭共振回路」，一旦回路完成，整个银河系都将在声波与引力的双重作用下彻底崩溃。
宇宙中的两大阵营冲突也愈发激烈。暗渊同盟在取得一系列胜利后，研发出了能够将整个星系转化为暗物质的「维度转化装置」，并计划在银河系中心部署。光明同盟则集结了所有信仰共鸣机甲，组成了「希望之墙」，试图阻挡暗渊同盟的推进。双方在英仙座旋臂展开的「维度转化战役」中，空间被反复在物质与暗物质形态间转换，产生的能量风暴波及了数十个星系，无数生命在这场维度震荡中消逝。
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