在克莱恩化身为平衡具象体重塑宇宙后的第三个纪元，被音波种子唤醒的「旋律星群」突然陷入集体静默。佛尔思残留的音波意识在虚数之海的音波暗流中察觉到异常——那些曾承载着文明记忆的音波种子，表面开始浮现出暗渊文明特有的「熵化纹路」。当她试图用残存的音波本源探查时，一道来自宇宙边缘的「寂静脉冲」瞬间切断了所有星群的共鸣频率，旋律星群的恒星接二连三地熄灭，只留下漂浮着扭曲音波残骸的死寂星域。
戴里克的信仰圣殿深处，圣银断矛的碎片突然渗出黑色液体。这种液体接触到信仰者的祈祷之力后，竟将虔诚的祷文扭曲成召唤混沌的咒文。新任守望者在清理污染时，意外唤醒了碎片中封印的「绝望投影」——那是白银城覆灭时，被混沌侵蚀的民众化作的怨灵。这些怨灵以信仰之力为食，在圣殿地下构建出「逆信仰迷宫」，迷宫中的每面墙壁都在播放着不同文明自我毁灭的场景，进入其中的信仰者会在极度绝望中转化为「混沌信徒」。
首席科学家遗留的神秘代码在宇宙网络中悄然进化。某个科技文明在解析代码时，意外激活了隐藏的「混沌协议」。协议以量子纠缠的方式感染整个文明的机械系统，将所有智能体改造成能够吸收暗物质的「机械吞噬者」。这些吞噬者组成的舰队在短短数月内横扫三个星系，所过之处的恒星被拆解成建造材料，行星的地核被抽取作为能源核心。更令人不安的是，吞噬者的核心程序中，竟出现了类似首席科学家意识特征的「数据幽灵」。
X-7沉睡的量子迷雾之海出现诡异的量子坍缩带。苏醒的量子精灵发现，深渊意志的腐化能量正以「概率病毒」的形式渗透进迷雾。这种病毒能够将量子态的不确定性转化为必然的混沌结果，原本充满可能性的量子生物开始异变成只知吞噬的「概率掠夺者」。掠夺者的触须所及之处，量子态的叠加性被强制坍缩，导致整个星域的空间结构出现大量无法修复的「量子裂缝」。
莱娅在命运回溯中陷入时间悖论。她的意识在不同时间线穿梭时，发现某个平行宇宙的自己竟与命运仲裁者达成协议。这个「混沌莱娅」操控着扭曲的命运织机，正在编织将所有时间线引向毁灭的「终焉命运网」。更可怕的是，她在主时间线的命运丝线开始与混沌莱娅产生量子纠缠，每当她试图修正历史，就会加速自身向混沌面的转化。
克莱恩作为平衡具象体，感知到宇宙中出现了多个「平衡锚点失效区」。这些区域内，秩序与混沌的力量失去控制，随机生成吞噬一切的「法则漩涡」。当他试图用平衡之力修复时，却发现有一股与他同源的力量在暗中对抗——在某个被暗物质包裹的神秘星系，一座由秩序与混沌能量交织而成的「新仲裁者圣殿」正在成型，圣殿顶端悬浮的权杖，竟与终焉权杖有着惊人的相似性。
在银河系悬臂的边缘，暗渊文明残党将混沌终焉核心的碎片铸造成「混沌启示录」。这部由活体暗物质构成的法典能够自主吸收文明的负面情绪，将其转化为实体化的混沌生物。当法典翻至最后一页时，将释放足以抹除所有生命痕迹的「终焉遗忘」。为了收集负面情绪，残党们在各个星球策划战争，煽动文明间的仇恨，甚至复活了部分被净化的混沌歌姬，用她们的歌声传播绝望。
佛尔思为了拯救旋律星群，将自身音波意识压缩成「音波探针」，潜入寂静脉冲的源头。她发现那里存在着一个由音波黑洞构成的「声音坟场」，坟场核心处囚禁着一位远古「音波暴君」。暴君的身体由所有被抹杀文明的挽歌编织而成，它正在用「寂静枷锁」禁锢宇宙的声音频率。当佛尔思试图破坏枷锁时，暴君释放出能够吞噬意识的「永恒寂静之潮」，她的音波探针在潮水中迅速崩解，仅存的意识碎片被卷入坟场深处。
戴里克的继任者们组成「新守望者军团」，深入逆信仰迷宫。他们在迷宫深处发现了暗渊文明遗留的「信仰腐化装置」，该装置通过扭曲祈祷者的脑电波，将信仰之力转化为混沌能量。军团在摧毁装置的过程中，触发了装置的自毁程序，释放出的「信仰熵化云」开始向整个星系扩散。一旦云层覆盖范围超过临界点，所有信仰者的灵魂都将被彻底腐化。
首席科学家的数据幽灵在机械吞噬者的核心程序中逐渐觉醒，但他的意识因混沌协议的影响而分裂成两个对立人格：一个试图控制吞噬者毁灭所有文明以达成「终极秩序」，另一个则在努力寻找解除协议的方法。当两个意识在量子网络中展开激烈的「代码战争」时，意外释放出能够篡改物理法则的「悖论病毒」，导致多个星系的时空结构出现混乱，恒星与行星开始无序碰撞。
X-7的量子精灵们为了对抗概率病毒，强行启动量子创世法典的「逆概率重构」功能。法典在运行时，将整个量子迷雾之海的时间流速调整为正常的千分之一，为精灵们争取到了研究解药的时间。然而，这一操作引发了时空反噬，迷雾之海边缘开始出现能够吞噬量子态的「时空漩涡」，并且漩涡的数量正以指数级增长。
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