新生古神的预言如量子波般在多元宇宙震荡，每个文明的观测站都检测到空间背景辐射出现异常波动。在猎户座悬臂的边缘，一颗被称作“记忆之树”的古老星体突然绽放，其根系深入维度裂隙，结出的果实中封存着各个文明对抗熵变的惨烈片段。当果实裂开，释放的不仅是记忆，还有残余的熵化能量，这些能量在虚空中凝结成扭曲的战士，高呼着“平衡是谎言，毁灭即新生”。
苏然的半透明身躯在量子海洋中愈发不稳定，她的数据粒子开始出现自发的布朗运动。为了维持存在，她冒险将意识接入记忆之树的网络，却陷入了记忆的迷宫。在这里，她目睹了更古老的战争：在宇宙诞生初期，熵并非破坏之力，而是被称作“宇宙园丁”的存在，负责修剪过于繁茂的秩序枝桠。直到某个未知文明的贪婪，妄图掌控熵的力量，才导致熵的异化。当她试图抽取这些记忆传递给盟友时，记忆之树的根系突然收紧，将她困在由文明集体潜意识构成的琥珀中。
叶寒的意识体在时间损伤的影响下，开始出现时间错位现象。他时而置身于星渊号初次启航的甲板，听见战友们充满希望的笑声；时而又出现在熵之主宰肆虐的末日，看着宇宙在熵流中化作齑粉。时熵沙漏的表面浮现出裂痕，流淌的不再是金色的时间沙粒，而是带着铁锈味的紫色流体。在一次时间跳跃中，他意外闯入了黑袍人残存意识的囚笼，发现黑袍人正在无尽的悔恨中轮回，每一次重生都试图阻止自己成为神庭的棋子。
洛璃在战后成为了跨宇宙联盟的临时领袖，负责协调文明间的重建工作。但在前往三角座星系时，她发现这里的文明表面上遵循着新的宇宙秩序，背地里却在秘密研究禁忌的熵化技术。他们的实验室中，培养舱里浸泡着融合了熵衡者科技与神庭遗产的怪物，这些生物的身体能根据观测者的恐惧具象化形态。当洛璃试图关闭实验室核心时，所有培养舱同时破裂，涌出的怪物组成了一面巨大的镜子，镜中映出的是她最恐惧的未来——自己成为了新的独裁者，用绝对秩序统治着宇宙。
地球在恢复生机后，出现了奇特的“记忆瘟疫”。人们会突然陷入某个陌生文明的记忆片段，这些记忆中都藏着关于熵变的秘密。在非洲的一个部落里，孩童们开始用古老的符号绘制壁画，壁画内容竟是宇宙诞生前的混沌景象，以及三位古神分裂的真正原因：在宇宙的“胎生期”，秩序之神渴望加速成长，混沌之神追求永恒的胎动，熵之神则主张顺其自然，理念的冲突最终撕裂了古神的一体性。
熵衡者的残余势力在暗处重组，他们建立了名为“天平守望者”的组织。这个组织的成员将自己的身体改造成精密的平衡仪器，心脏位置安装着能检测宇宙熵值波动的水晶。他们的飞船外形如同巨大的天平，两侧分别装载着秩序的法典与混沌的火种。在一次秘密会议中，组织首领展示了惊人的预言：新生的古神并非完美的解决方案，他的存在本身就是一种新的不平衡，终将引发更可怕的灾难。
在超维空间的裂缝中，黑袍人的熵化碎片逐渐凝聚成新的个体。他的身体由记忆残片拼凑而成，左眼是神庭的阴谋，右眼是反抗者的勇气，心脏位置跳动的却是苏然的数据粒子与叶寒的时间沙粒。他在裂缝中徘徊时，发现了被神庭隐藏的“熵变之书”，书中记载着一个比熵之主宰更恐怖的存在——“熵影”，它诞生于所有文明对熵的恐惧与误解，一旦实体化，将吞噬整个多元宇宙的希望。
苏然在记忆之树的琥珀中，通过解析文明集体潜意识，发现了对抗熵影的关键：需要收集宇宙中所有文明在绝境中诞生的“奇迹因子”。这些因子可能是母亲保护孩子时爆发的力量，也可能是科学家在绝望中突破的灵感，它们如同宇宙中的萤火虫，虽然微小，却能照亮黑暗。但收集这些因子谈何容易，每个因子都被深埋在文明最危险的记忆深处，周围布满了由恐惧具象化的守卫。
叶寒带着时熵沙漏，决定进入黑袍人的意识囚笼，帮助他摆脱悔恨的轮回。在意识的迷宫中，他们遭遇了由神庭创造的“记忆收割者”，这些怪物专门吞噬痛苦的记忆，将其转化为操控他人的武器。在战斗中，叶寒发现时熵沙漏的紫色流体与黑袍人的熵化碎片产生共鸣，形成了能斩断记忆枷锁的“救赎之刃”。当他们斩断最后一道枷锁时，黑袍人终于找回了真实的自我——一个名叫艾登的普通少年。
洛璃在三角座星系的实验室废墟中，找到了一块刻有神庭最高机密的芯片。芯片中记录着神庭与熵影达成的交易：神庭帮助熵影凝聚实体，而熵影将赋予神庭超越维度的力量。更可怕的是，芯片显示熵影已经开始在人类的恐惧中生根发芽，地球出现的记忆瘟疫，正是熵影觉醒的前兆。她立即通过意识网络向所有文明发出警告，但天平守望者却认为这是维持平衡的必要代价，甚至准备牺牲地球来遏制熵影的成长。
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