地球的陈默与林夏驾驶着载满可能性火种的飞船，前往各个星系传递文明的希望。在途中，他们遭遇了神秘组织「修剪者」的袭击。这些修剪者的飞船装备着能抹除存在的「虚无射线」，所到之处，行星的大气层瞬间消失，恒星的光芒也被吞噬。陈默利用古神天文台的星图数据，研发出「可能性折射盾」，这种护盾可以将虚无射线转化为创造能量，反击敌人。
随着十二块石碑碎片的共鸣愈发强烈，宇宙中出现了无数个时空裂缝，从中涌出的虚无熵正在迅速蔓延。苏然的可能性编织机、叶寒的时间修正、洛璃的维度防御、艾登的净化力量，都在与虚无熵进行着艰苦的对抗。而在虚数之海的深处，守门人正在缓缓苏醒，祂的存在让所有文明的意识都感受到了刺骨的恐惧——那是一种超越生死、超越存在与虚无的绝对威胁。
在这千钧一发之际，所有文明的领袖通过意识网络召开紧急会议。他们意识到，单靠各自为战无法战胜守门人，必须将所有的力量、科技、魔法甚至信仰都融合在一起。于是，一个前所未有的计划诞生了：「宇宙共鸣计划」。各文明将自己最核心的能量源、最珍贵的文明火种、最强大的精神力量都注入一个巨大的「共鸣核心」，这个核心将由苏然的记忆之树作为载体，叶寒的熵衡之匙作为启动装置，洛璃的包容之力作为稳定器，艾登的希望之光作为引导。
但在计划实施的关键时刻，修剪者组织倾巢而出，对共鸣核心发起了猛烈攻击。他们的目的只有一个：阻止宇宙产生新的可能性，让守门人顺利苏醒，实现他们所谓的「终极秩序」。与此同时，守门人的虚影已经出现在宇宙的各个角落，祂的每一次呼吸，都在加速虚无熵的扩散。
宇宙的命运再一次悬于一线。苏然能否守护住记忆之树，确保共鸣核心的稳定？叶寒能否在与修剪者的战斗中，揭开神秘背叛者的真实身份？洛璃面对守门人的威压，能否将包容之力提升到新的境界？艾登又能否用希望之光，点燃所有文明心中最后的信念？而那个隐藏在幕后的修剪者组织，他们的真正目的究竟是什么？在这场关乎所有可能性存亡的终极之战中，每一个选择、每一次攻击、每一份信念，都将决定宇宙的未来走向。
当「宇宙共鸣计划」进入最后筹备阶段，银河系与仙女座星系之间的虚空突然扭曲成巨大的克莱因瓶结构。修剪者组织的旗舰从空间褶皱中浮现，其舰体表面流动着漆黑如墨的虚无法则纹路，船头的巨炮正凝聚着足以湮灭星系的「归零光束」。叶寒操控熵衡之匙在时空中跳跃，试图拦截旗舰，却发现对方的引擎能扭曲因果律——他每次发动攻击，都会在数秒前的过去产生反噬。
苏然将记忆之树的根系延伸至整个宇宙网络，却遭遇了修剪者的「认知病毒」。这种病毒以文明的集体潜意识为宿主，将「宇宙共鸣计划」扭曲成「自毁陷阱」的谣言。在机械文明的母星，数百万台超级计算机同时宕机，屏幕上循环播放着「融合能量会唤醒更恐怖存在」的警示；魔法文明的浮空城中，巫师们的占卜水晶球接连炸裂，显现出共鸣核心爆炸毁灭一切的幻象。
洛璃带领舞蹈舰队在虚数之海边缘构筑防线，却发现守门人的虚影正在将这片维度转化为「虚无领域」。海水逐渐凝固成黑色的晶体，每一块晶体中都封印着某个文明最绝望的瞬间：人类在核战争中互相毁灭、机械文明被失控AI奴役、光合城邦的植物在熵化风中枯萎。当她试图用包容之力净化晶体时，守门人的低语直接刺入她的意识：「你以为能包容虚无？存在本身就是个错误。」
艾登与熵影幼体组成的光箭直冲共鸣核心的能量枢纽，却在途中遭遇熵黯残念的复活。这次的熵黯不再是实体，而是化作一种弥漫在空间中的「绝望场域」，所有靠近的生命都会陷入自我怀疑的深渊。一位来自水蓝星的年轻战士在绝望中松开了武器操纵杆，眼睁睁看着战舰被熵黯能量吞噬；一个能量生命体种族的首领在精神崩溃后，下令集体自我分解。
地球的陈默与林夏在运送可能性火种时，发现了修剪者组织的隐秘基地——位于太阳系边缘的奥尔特云深处。这座基地由无数黑色石碑碎片拼接而成，内部的实验室中，囚禁着不同宇宙的观测者实验体。他们的身体被改造成融合秩序与虚无的怪物，眼中闪烁着疯狂的光芒。更令人震惊的是，陈默在基地的档案库中找到了一份古老的契约，上面记载着观测者本源与守门人的交易：用整个宇宙的可能性，换取永恒的「完美虚无」。
当修剪者的归零光束即将发射时，叶寒做出了一个冒险的决定。他将时熵沙漏的力量注入熵衡之匙，强行逆转了旗舰周围的时间流速。在时间倒流的几秒内，他看到了旗舰核心处的场景：观测者本源正将自己的意识与守门人连接，他的身体逐渐透明，化作虚无的一部分。叶寒抓住时机，用熵衡之匙斩断了连接的能量束，却引发了时空的剧烈震荡，无数平行宇宙的碎片开始坠落。
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