赛博带领机械联邦的科研小队深入矩阵核心，试图切断认知寄生体的能量来源。但他们发现，寄生体已渗透进矩阵的量子回路，将防御系统转化为攻击武器。在激烈的战斗中，赛博的义肢被寄生体感染，开始不受控制地攻击同伴。千钧一发之际，他毅然启动自毁程序，炸掉了自己被感染的部分肢体，才得以保留意识。
艾琳则带着时空旅者们穿梭于各个时空节点，寻找对抗危机的关键。他们在一个即将毁灭的平行宇宙中，发现了一座名为「认知仲裁所」的古老建筑。建筑内封存着一卷残破的「认知法典」，法典记载着：在宇宙诞生初期，曾有文明试图通过创造「认知镜像」来完善自身，但实验失控导致镜像吞噬本体，引发了第一次认知大崩塌。而唯一能对抗镜像法则的，是传说中的「本源认知之核」——一颗蕴含着宇宙最原始认知力量的结晶。
三人决定兵分三路。洛璃前往元素圣殿，请求长老们发动古老的「元素共鸣仪式」，试图用自然之力净化被污染的认知网络；赛博带领团队逆向解析认知寄生体的代码，研发能够免疫镜像法则的「认知防火墙」；艾琳则率领时空旅者组成「寻核小队」，在时间洪流中寻找本源认知之核的踪迹。
洛璃在元素圣殿的仪式进行到关键时刻，遭到了认知寄生体的强烈反扑。启明星的光芒彻底转为黑色，从恒星表面涌出的不再是能量，而是无数由认知错误组成的怪物。这些怪物形态各异，有的是长着无数眼睛的巨蛇，每只眼睛都投射出不同的虚假场景；有的是由矛盾概念组成的巨人，口中不断重复着自相矛盾的真理。洛璃调动全部精神力，将灵韵族世代传承的「认知清明诀」推向极限，在精神世界中与这些怪物展开殊死搏斗。
赛博的团队在研发过程中，意外发现了黑袍人残留的意识碎片。这些碎片隐藏在认知寄生体的代码深处，不断发出蛊惑的低语。赛博在与碎片的对抗中，逐渐揭开了黑袍人的真实身份——他竟是远古认知仲裁所的首席仲裁官，因无法承受认知镜像实验的失败，选择与黑暗融合，企图用混乱重塑宇宙。赛博将这一发现通过星网告知众人，同时加快了防火墙的研发进度。
艾琳的寻核小队在时间洪流中历经千辛万苦，终于在一个被时间遗忘的角落找到了本源认知之核。然而，守护核心的是一群由纯粹认知能量组成的「守序者」，它们认定外来者会破坏宇宙的平衡，对寻核小队发起了攻击。艾琳利用时空之力与守序者周旋，同时向它们解释当前的危机。在激烈的战斗中，守序者们逐渐意识到真正的威胁，最终将本源认知之核托付给了艾琳。
当三人带着各自的成果重新集结时，整个天衍星系已濒临崩溃。认知寄生体构建的镜像空间正在吞噬现实，星系中的七颗行星开始出现量子态的重叠。洛璃的元素共鸣净化了部分认知网络，却无法阻止寄生体的扩散；赛博的认知防火墙在强大的镜像法则面前，如同薄纸般被轻易撕碎；艾琳带回的本源认知之核，在接触到寄生体的瞬间，表面也开始出现裂痕。
危急时刻，洛璃突然想起认知法典中的一句话：「唯有以真实对抗虚假，用纯粹的认知之光，方能驱散镜像的阴霾。」她提议将三人的力量与本源认知之核融合，同时召集星系中所有文明，让他们贡献出最纯粹的认知记忆——那些对真理的渴望、对探索的执着、对生命的热爱。
天衍星系的各个文明响应了号召。灵韵族将世代相传的精神火种注入核心，机械联邦贡献了凝聚着智慧的算法结晶，时空旅者们献出了在无数时空中收集的珍贵记忆片段。当这些力量汇聚在一起时，本源认知之核爆发出耀眼的光芒，光芒中浮现出宇宙诞生时的景象：第一缕认知之光如何驱散混沌，创造出万物的秩序。
洛璃、赛博和艾琳在光芒的指引下，进入了认知寄生体的核心空间——一个由无数破碎镜子组成的迷宫。每一面镜子都映照着一个虚假的宇宙，黑袍人的意识在镜中不断分裂、重组。最终决战爆发，三人以本源认知之核为武器，在镜迷宫中穿梭战斗。洛璃用认知之剑斩断虚假的镜像，赛博用防火墙代码构建牢笼困住黑袍人的意识，艾琳则利用时空之力打乱寄生体的能量循环。
在激烈的战斗中，黑袍人发出疯狂的大笑：「你们以为消灭我就能终结认知的混乱？宇宙本就是由矛盾与谎言构成！」但随着本源认知之核的力量不断增强，镜迷宫开始崩塌，黑袍人的意识逐渐变得透明。当最后一面镜子破碎时，他终于露出了忏悔的神情：「或许...我从一开始就错了...」
随着黑袍人的彻底消散，认知寄生体开始瓦解。被镜像空间吞噬的现实逐渐恢复，天衍星系的七颗行星重新回到各自的轨道。启明星的光芒再次转为温暖的金色，真理灯塔也恢复了运转，只不过这一次，灯塔投射出的光束中，多了一层由所有文明记忆编织而成的防护网。
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