吴起在楚国的变法持续数年，虽然因支持他变法的楚悼王去世而终结，但却在此期间收到了十分显着的成效，使楚国迅速发展，进一步扩大了疆域，出现了“南平百越，北并（一说应为“治”）陈蔡，却三晋，西伐秦”，一度大败魏国，“马饮于大河”的强盛局面，各诸侯国为之震惊。到吴起死后，后人也有“楚不用吴起而削乱”的看法。
有学者认为，吴起在魏国创建了中国最早的、从应征人员中选募常备兵的兵役制度，即建立了魏“武卒”部队。其成员全部经过严格的考试和选拔。合格的标准是：身穿全副甲胄，携带戈、剑、弩、欠和三日口粮，南拂晓到中午，必须行军百里。录取后按照各人的特点进行编组。
例如将“有胆勇气力者，聚为一卒（编为一队）”，“能逾高超远、轻足善走者聚为一卒”等。这样编队，有利于根据战术需要部署部队。在各队编组上，他也主张量材使用，按士卒具体情况分配战斗任务，例如使“短者持矛戟，长者持弓弩……弱者给厮养，智者为谋主”等。同时还吸取了管仲组军的精神，注意“乡里相比，什伍相保”，使同乡邻居之人编在同一队、伍之中，以利于互相帮助和互相担保。凡入选的士卒，享受特殊待遇，不但免去全家赋税，而且还另行分配土地房屋。魏“武卒”被认为是“中国古代战争史上第一支具有职业化和专业性质的部队”。
吴起的军事思想主要集中于《吴子》。在《吴子》中，吴起主张把政治和军事结合起来，对内修明文德，对外做好战备，两者必须并重，不可偏废。在政治、军事并重的前提下，吴起更重视政治教化，用道、义、礼、仁治理军队和民众。吴起还从战争起因上将战争分为义兵、强兵、刚兵、暴兵、逆兵等不同性质，主张对战争要采取慎重的态度，反对穷兵黩武。这一思想在《战国策》中亦有体现。
《吴子》“反映了新兴地主阶级的战争理论、军队建设和作战指导方面的观点”，在中国古代军事典籍中占有重要地位。吴起也因其在中国军事史上的重要地位，与春秋时代的军事家孙武并称“孙吴”。
吴起学于儒门，深通兵法，又为战国法家之先驱，其思想具有兼融儒法诸家的特点。一方面，吴起秉持儒家德治理念，向魏武侯阐述了治国“在德不在险”的理念。另一方面，吴起变法“一楚国之俗”，展露出明法审令、信赏必罚、持势任术、立公弃私的法家思想。同时，作为《左传》撰定者，吴起的史家特质显现出思想话语的多样性，其发微春秋“元年”大义，向君王陈述治国之本，正折射出儒法两家思想在维系君权秩序价值方面所由通。这种“宗儒任法”的思想形态，在战国由儒入法的思想史历程中具有转捩意义。
历史评价
李悝：“起贪而好色，然用兵司马穰苴不能过也。”
公叔痤：“夫使士卒不崩，直而不倚，挠拣而不辟者，此吴起余教也，臣不能为也。”
孟子：“善战，如孙膑、吴起之徒。连结诸侯，如苏秦、张仪之类。”
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