这时，关宠已经去世，王蒙等人打算引兵东归。耿恭的一位军吏范羌当时正在王蒙军中，他坚持要求去援救耿恭。将领们不敢前往，便分出两千救兵交给范羌。范羌经由山北之路去接耿恭，途中曾遇到一丈多深的积雪。援军精疲力尽，仅能勉强到达。耿恭等人夜间在城中听到兵马之声，以为北匈奴来了援军，大为震惊。范羌从远处喊道：“我是范羌。朝廷派部队迎接校尉了！”
城中的人齐呼万岁。于是打开城门，众人互相拥抱，痛哭流涕。次日，他们便同救兵一道返回。北匈奴派兵追击，汉军边战边走。官兵饥饿已久，从疏勒城出发时，还有二十六人，沿途不断死亡，到三月抵达玉门时，只剩下了十三人。
这十三人衣衫褴褛，鞋履洞穿，面容憔悴，形销骨立。中郎将郑众为耿恭及其部下安排洗浴，更换衣帽。并上书朝廷说：“耿恭以微弱的兵力固守孤城，抵抗匈奴数万大军，经年累月，耗尽了全部心力，凿山打井，煮食弓弩，先后杀伤敌人数以千计，忠勇俱全，没有使汉朝蒙羞。应当赐给他荣耀的官爵，以激励将帅。”
耿恭到达洛阳后，鲍昱上奏称耿恭的节操超过苏武，应当封爵受赏。于是任命耿恭为骑都尉，任命耿恭的司马石修为洛阳市丞，张封为雍营司马，军吏范羌为共县丞，剩下九人都授予羽林之职。耿恭母亲在此之前就已去世，等耿恭回来，补行丧礼，汉章帝下诏派五官中郎将馈赠牛和酒解除丧服。
建初二年（77年），耿恭升任长水校尉。同年八月，金城和陇西的羌人反叛。耿恭上书谈论对付羌人的策略，汉章帝召耿恭进宫询问详情。汉章帝于是派代理车骑将军马防和耿恭率领北军的越骑、屯骑、步兵、长水、射声等五校兵以及各郡的弓弩射手，共三万人，讨伐羌人。耿恭屯守枹罕，屡次和羌人交战。
建初三年（78年）秋天（《资治通鉴》作正月），马防率军攻打羌人烧当部落首领布桥，布桥大败，率领部众一万余人投降。汉章帝下诏，命令马防回朝。耿恭留下来攻打各处没有投降的羌人部落，斩杀、俘虏一千多人。于是，羌人勒姐部落、烧何部落等十三个部落共数万羌人，全部向耿恭投降。
耿恭曾因上书奏事冒犯过马防，监军谒者便秉承马防的意思，弹劾耿恭不留意军事，接受诏书时心怀不满。耿恭因此获罪而被召回朝廷，逮捕入狱，并罢免其官职，遣送原籍，最终老死家中。
轶事典故
永平十八年（75年），北匈奴在疏勒城（今新疆昌吉回族自治州奇台县城南64公里处的半截沟镇麻沟梁村）攻打耿恭，并堵绝汉军的水源。耿恭在城中掘井十五丈，仍然没有出水。官兵焦渴困乏，甚至挤榨马粪汁来饮用。耿恭仰头叹息说：“听说从前贰师将军李广利拔佩刀刺山，飞泉从山中喷出；如今汉室恩德神圣，怎么可能走投无路呢？”于是整理衣服向井拜了两拜，替将士祈祷。过了一会儿，水柱喷出，众人齐呼万岁。耿恭命人在城上泼水给北匈奴人看。北匈奴人感到意外，以为有神明在帮助汉军，于是领兵撤退。象棋的“耿恭拜井”，即来源于此。
人物评价
郑众：“恭之节义，古今未有。”
鲍昱：“节过苏武”
范晔《后汉书》：①“慷慨多大略，有将帅才。”；②“后览耿恭疏勒之事，喟然不觉涕之无从。”
杜牧：“周有齐太公，秦有王翦，两汉有韩信、赵充国、耿恭、虞诩、段颎，魏有司马懿，吴有周瑜，蜀有诸葛武侯，晋有羊祜、杜公元凯，梁有韦睿，元魏有崔浩，周有韦孝宽，隋有杨素，国朝有李靖、李积、裴行俭、郭元振。如此人者，当此一时，其所出计画，皆考古校今，奇秘长远，策先定於内，功后成於外”
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