十日之后，内阁票拟、总督府批红一系列流程终于结束。内阁便指派了各州府，州县的官员开始对外公布，取消文人特权，以及取消文人特权的州府、州县田赋减免一半的两则公告。
这两则公告一公布，一石激起千层浪。
对这项政策满意的，是人数占了多数的自耕农，替乡绅耕种的佃户，还有那些没有通过，或是少量通过文人特权减免田赋的乡绅、富商、官吏。
无所谓的，自然是没有土地，也没有享受文人特权的城里百姓，还有拥有土地，但一增一减算下来，差不多相抵的乡绅、富商、官吏。
不满意的，则是如同钱谦益这种，之前凭着打通官府关系，通过大量转移土地避税的一群人。或是压榨佃户太严苛，田租收到了七八成的黑心地主。还有就是一大帮靠着挂靠土地，减免田赋赚取中间费用，终日不劳作也能花天酒地的举人。再者就是还想靠着科举高中，鲤鱼跃龙门的读书人。
这三波人统计下来，自然是满意的，无所谓的居多。但不满意的那群人却是掌握着较大的话语权，还有终日闲着无事，有空折腾的主儿。这帮人在接到官府公告的几日内，就迅速的形成了反对者联盟。
由黑心富商、地主出资，失意文人领头，怂恿了一大帮底层文人，还雇佣了一，两千街头地痞，凑齐了几千人，开始在镇江、松江、常州、嘉兴、湖州等州府、州县官府，甚至是南京城的皇宫门口闹事。
短短半个月间，主政南京城的朱慈焕，各州府、州县请求总督府前往支援的文书如雪片般传来总督府。
方原一见各州府的文书，南直隶其他诸府几乎都有人聚众闹事。唯独平静如常的只有苏州府，竟没有一个聚众闹事之人。只有寥寥三十来个文人在总督府门口静坐示威，理性表达对方原政策的不满。
领头的是方原的老熟人，顾炎武。
方原一见便知其中的猫腻，若是单单反对取消文人特权的政策，就该学着顾炎武来总督府门口静坐示威，而不是前去各州府门口聚众闹事。但凡前去各州府门口聚众闹事的，几可肯定不是想来请愿，而是在各州府制造骚乱，逼迫方原让步的。
对付这些文痞、地痞，方原也懒得和他们废话，立刻宣布聚众闹事者皆为叛乱，下令两千锦衣卫出动，前往各州府平叛。锦衣卫人手稍显不足，又令景杰派出一万玄甲军，配合锦衣卫一起出动，前去镇压叛乱。
这些乡绅、富商发动骚乱前，就拉拢过其他人一起发难，想逼迫方原知难而退，取消这次对文人特权的重大改革。但他们显然是打错了算盘，经过事前的窜联，本以为能发动一场至少十万人的骚动。
结果令他们是大跌眼镜，之前承诺要一同起来抗争的大部分乡绅、富商权衡利弊后，又发动各种人脉关系去官府打探了消息。得到的消息是，玄甲军已有大规模集结的痕迹，可见方原是铁了心要推行这项政策，甚至可以派出玄甲军进行强行镇压。
能与内阁三人搭上话的，反馈回来的消息也是若老老实实的遵从方原的改革，众人之前的既得利益都可以保留，方原承诺会保证他们的私人财产不受侵犯。
这帮有门路的乡绅、富商得到了总督府、内阁最精确的消息，经过精密的计算后，得出的结论是，这次改革虽损失了巨大的利益，但日后减赋带来的利益也是不小，综合权衡风险、收益之下，似乎也不值得用全家人的性命去赌。
于是众人开始纷纷借口身患重疾，或是家中有重大变故，临时撤票，或是直接闭门不见，划清界限。将那几十个窜联的乡绅、富商给晾在了那里。
整个骚乱的规模，远远没有十万人的规模，仅仅只有不到五千人。
不到半个月的时间，锦衣卫、玄甲军就将南直隶诸府的骚乱彻底平定，还一共逮捕了三千五百六十人归案。
这些参与骚乱之人，只要锦衣卫严加审问，就能找出背后指使的元凶。但因这些文人人数太多，又口齿伶俐，若要锦衣卫逐一审问，劳神费力，也浪费人力物力。而且锦衣卫也不一定能说得过这些肚子里有些墨水的文人。
方原采用了一种简单粗暴的法子，直接找来锦衣卫百户徐诚，给了他一个立功的机会，令他带着一百个锦衣卫逐一核查两份名单。
一份是锦衣卫事先保管的那份五千人的大名单，一份是锦衣卫逮捕的骚乱之人。
若在两份名单上都有名字的，毫无疑问是罪有应得。便可以立刻定罪，而且因是累犯，可以从严惩处。若依律审查太过麻烦，几千人还不知要审到猴年马月，直接流放去琼州府了事。
若没有在五千人大名单里的文人，暂时按照初犯，受人蛊惑处治，押送回各州府衙门，按律审判后，上报总督府。
至于那些招募来当靶子的地痞，从外形上就能一眼看出与读书人形象不同。甄别这些地痞是不是无可救药，方原也没有再派锦衣卫去坊间乡里逐一核实、审问，而是用了一个简单解决的法子。
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