其一是将之前反对方原的史可法、黄道周二人，安排了合适的去处。史可法既然是大明忠臣，方原就派他去了陕西，担任陕西巡抚，专职负责陕甘宁疆等地的安抚工作。史可法是不是能臣，干臣，有没有资本一直和方原叫嚣，拿出实干政绩来说话，而不是空谈。
黄道周既然自诩大明第一直臣，清正廉洁，方原就安排他去了凤阳的司法总督府，担任总督同知一职，给胡琦当了副职。黄道周若真的是大明的直臣，就去多抓几个贪官污吏出来看一看。
其二，就是整编晋军、关宁军的工作。
方原取消了晋军、关宁军的独立编制，将两万晋军，关宁军一万，尽数编进了京畿军区，京畿军区的兵力也达到了十万之多。
辽西大捷之后，方原无论在朝中，还是军中的声望已达到了顶峰。周遇吉、吴三桂再也无法做出任何反对，只能无奈的接受了亲兵被整编的事实。
为了安抚二人的情绪，周遇吉还是担任北部军区的副司令，兼兵部左侍郎。而吴三桂免去了蓟镇总兵之职，转而加了个征南将军的封号。这个征南将军就是杂牌封号，并没有任何权力。
吴三桂能深刻的感觉到方原对他，还有对关宁军的敌意。但事到如今，所谓的大明第一劲旅，每年耗费大明四百万两银子的关宁军已彻底的烟消云散。
关宁军的将领被方原拆得七零八落，要么被安置在州府的卫所，要么被编进了北部军区、京畿军区，吴三桂本人的军权也被尽数没收。
吴三桂内心再有不满，也只能独自吞下苦果。
他唯一的希望，就是保住吴家满门的『性』命，好好的过日子了吧！
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