一、早期三战三捷
谭纶于嘉靖二十二年（1543年）踏上仕途，次年高中进士，初任南京礼部主事，但因母丧离职守孝。复出后，他被任命为兵部职方郎中，旋即转任台州知府，此时正值倭患猖獗之时。谭纶深知仅靠正规军难以迅速平定倭乱，便着手组建和训练地方乡兵，以应对紧急局势。他亲力亲为，制定严格的军纪，构建了一支纪律严明、能征善战的精兵队伍。
嘉靖三十六年（1557年）前后，谭纶的军事才能在实战中得到验证。当倭寇进犯栅浦，谭纶亲自率领新训练的乡兵迎头痛击，取得了三战三捷的辉煌战绩，极大鼓舞了士气。随后，倭寇转攻台州、仙居、临海等地，谭纶指挥若定，连连告捷，展现了卓越的军事指挥才能。
嘉靖三十七年（1558年），谭纶升任浙江按察司海道副使，进一步扩大了抗倭力量的建设。他广泛招募浙东地区的青壮年，加以严格训练，并成功整合了戚继光麾下的精兵，形成了一支强大的抗倭力量。次年，倭寇再次来袭，谭纶与戚继光并肩作战，在马岗、何家石览等地重创敌军，斩首七十七级，接着又在葛埠、南湾接连取胜，有效遏制了倭寇的嚣张气焰。
嘉靖三十九年（1560年），谭纶因战功显着，经直浙总督胡宗宪推荐，被加封为浙江布政使司右参政，正当其仕途有望更进一步之际，却因父母相继去世需离职守丧，暂时告别了烽火连天的抗倭前线。
二、屡败倭寇
谭纶的军事生涯并未因其短暂的离职守丧而中断，反而在国家需要时再次被召回，展现了他的不可替代性。在兵部尚书杨博的极力举荐下，谭纶复出，这一次他肩负起更为复杂的任务，不仅要继续抗倭，还需平定内部的动乱。
当时，浙东地区虽然在谭纶等人的努力下，倭患有所减轻，但一股新的威胁悄然兴起。林朝曦，原为大盗张琏的余党，张琏虽已被平定，林朝曦却趁势据守旧巢，拒绝投降，并开始袭扰周边州县，其中程乡县首当其冲。面对这股新兴的叛乱力量，谭纶临危受命，被任命为浙江布政使司右参政兼按察司副使，负责统领浙军进行征讨。谭纶充分发挥其军事才能，采取了分化瓦解与直接打击相结合的策略。一方面，他派遣知县徐甫宰严密布防，稳定局势；另一方面，巧妙运用心理战术，通过徐甫宰的主簿梁维栋深入敌营，劝说起义军解散，这一计策极大地削弱了林朝曦的内部凝聚力，导致其众叛亲离，最终谭纶与广东军队联手，成功擒获了林朝曦，彻底平定了这一叛乱。
紧接着，谭纶的军事行动转向福建。嘉靖四十一年（1562年）六月，谭纶被调整职责，负责福建地区的粮草供应。此时，福建虽然相较于之前已相对平静，但谭纶深知和平的脆弱，故而以地方局势稍有安定为由，请求回家完成对父母的丧葬之礼，朝廷体恤其忠孝之心，批准了他的请求。同年十月，鉴于谭纶在平定张琏残部及江西流寇中的杰出表现，朝廷给予了丰厚的赏赐，这是对他卓越军功的肯定，也是对其忠诚与牺牲精神的高度赞扬。
三、辖治福建
正当谭纶在家丁忧期间，东南沿海的抗倭斗争仍在激烈进行。浙江倭患虽得缓解，福建却又陷入了前所未有的危机之中。嘉靖四十一年（1562年），倭寇势力在福建迅速膨胀，连克数城，给当地带来了深重的灾难。在这危急时刻，朝廷意识到谭纶的军事才能对于平定倭乱至关重要，于是决定再次启用他，于嘉靖四十二年（1563年）三月任命其为都察院右佥都御史、福建巡抚，赋予其领导协调各方军事力量的重任。
谭纶一到任，即面临严峻挑战。倭寇占据崎头城，福建多地沦陷，形势岌岌可危。面对此情此景，谭纶迅速与戚继光、俞大猷、刘显等名将共商对策，制定了周密的作战计划。他们首先在海道上设置栅栏，切断倭寇的海上退路，然后以戚家军为主力中军，俞大猷、刘显的部队分列左右两翼，形成合围之势。四月，决战在即，谭纶指挥有方，各部配合默契，最终在平海卫一役大获全胜，斩敌数千，解救民众数千人，重挫倭寇锐气，光复失地。这场胜利极大振奋了民心士气，为后续的抗倭斗争奠定了坚实基础。
谭纶不仅在战场上运筹帷幄，战后亦不忘民生与重建。他鉴于福建部分地区因战乱而残破，奏请朝廷减免赋税，给予民众休养生息的机会，并沿用旧制，设立水寨，加强海防，同时推荐戚继光为总兵官，巩固战果。这一系列举措，显示了谭纶在军事之外的治理才能，为福建的恢复与发展做出了重要贡献。
然而，和平并未长久。同年十一月，倭寇再度围攻仙游，谭纶再次调度有方，命令戚继光领兵救援，采用各个击破的战术，彻底消灭了倭寇。至嘉靖四十三年（1564年），在谭纶的统筹下，戚继光等继续取得王仓坪、蔡丕岭之战的胜利，倭寇势力在福建乃至广东被基本肃清。
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