最终，皇帝任命方从哲为中极殿大学士，赏赐银币和蟒衣，并派遣行人护送他返回故乡，以此结束了方从哲在朝中长达数年的辅政生涯。
七、晚年
方从哲的晚年并不平静，尤其是在天启二年（1622年），礼部尚书孙慎行对红丸案的重新审视，将他推向了舆论的风口浪尖。孙慎行严厉指责方从哲在红丸案中扮演的角色，认为他是谋害君王的逆贼，要求朝廷彻查此事。这一指控引发了朝野的广泛关注，皇帝诏令朝廷大臣进行审议，而都御史邹元标则公开表示支持孙慎行的观点。
面对严峻的指责，方从哲上奏辩解，甚至主动请求削夺官阶，发配边疆，显示出他愿意承担后果的决心。[3]然而，皇帝的安抚之词并未能平息朝中的争论。给事中魏大中催促九卿尽快做出决议，而多数朝廷大臣倾向于认同孙慎行对方从哲的定罪，仅有少数官员如黄克缵、王志道、徐景濂以及汪庆为方从哲辩护，詹事公鼐则保持中立。
大学士韩爌在此关键时刻，向朝廷陈明了红丸案的前后经过，试图为方从哲解脱。吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟随后联合上奏，认为在紧急情况下，辅臣们探视病重的皇帝，实难有心怀弑逆之念，但同时也承认李可灼非医官，用药尝试导致先帝驾崩，方从哲等人未能制止，确有失职之责。
最终，李可灼被遣往边疆戍边，崔文升则被贬至南京，而方从哲本人未受到法律制裁。不久后，孙慎行因病离职，红丸案的后续影响似乎得以平息。然而，天启五年（1625年），魏忠贤利用《三朝要典》打击异己，不仅撤销了对李可灼的处罚，还重新启用崔文升，这导致了一批要求严惩方从哲的人士遭到贬谪或杀害。
方从哲在这一系列事件中，始终保持低调，即使魏忠贤党羽徐大化请求启用他，他也坚决不出仕。[8]直到崇祯元年（1628年）二月，方从哲逝世，享年六十六岁。[9]死后，他被追赠为太傅，谥号“文端”，这一荣誉性的称号在某种程度上反映了官方对方从哲学问与品行的认可，尽管他在生前因红丸案等事件饱受争议。
喜欢古代历史着名人物请大家收藏：(m.zjsw.org)古代历史着名人物爪机书屋更新速度全网最快。