九月，孙承宗抵达山海关，面对惨淡的战场景象，他迅速组织起重建工作。他留用了江应诏，并任命袁崇焕负责营房修缮，鹿善继、王则古管理兵马钱粮，杜应芳、孙元化负责军器火药。孙承宗整顿军纪，罢免了失职将领，淘汰了大批无能军官，为军队注入了新的活力。
在接下来的时间里，孙承宗多次出关巡视，最终在茅元仪的建议下，确定宁远为对抗后金的关键阵地。天启三年（1623年），宁远的重建工作正式启动，至天启四年（1624年）三月，宁远城完成重建。同年九月，孙承宗再次东巡，至广宁一带，沿辽河下游行进，沿途震慑敌军。次年夏天，孙承宗派遣四车营东出宁远，分别在锦州、小凌河、松山、杏山等地驻军，加强了前线防御体系。
与此同时，孙承宗与登莱巡抚袁可立、总兵沈有容通信，意图恢复辽东半岛南部的四卫（金、复、盖、海），并利用后金内部的汉将刘兴祚作为卧底。此外，孙承宗试图利用驻守东江的总兵毛文龙牵制后金，尽管东江及登莱水师的作用主要是威慑和分散敌军力量，但他始终将重点放在山海关至宁远的防线上。
四、去职归乡
孙承宗在督师山海关期间，虽在对外防御上取得显着成效，却在朝堂内部遭受重重挑战。与阎鸣泰、张凤翼等人的政见不合，导致了一系列的矛盾与冲突，而这些冲突往往被朝中党争所放大。特别是阎鸣泰与孙承宗在军事决策上的分歧，以及张凤翼主张保守的防御策略，都使得孙承宗在督师期间面临不少阻力。尽管如此，孙承宗的忠诚与才干得到了熹宗的信任与支持，多次化解了危机。
然而，随着齐、楚、浙等朋党的崛起，宦官魏忠贤开始掌握大权，孙承宗的处境日益艰难。他对宦官干预军政的坚决反对，以及对魏忠贤及其党羽的直言批评，如劝谏熹宗解除魏忠贤的职位、停止内操等，使他成为了魏忠贤的眼中钉。孙承宗的强硬立场，加上他与东林党人的联系，使得魏忠贤及其党羽对他展开了攻击。
天启四年（1624年）夏，魏忠贤的同党开始策划驱逐孙承宗，甚至在孙承宗试图进京面圣时，魏忠贤通过其党羽魏广微的通风报信，成功阻止了孙承宗的入京。孙承宗的忠贞不屈，即便在面临巨大政治压力的情况下，也未曾低头，他拒绝了那些劝他向魏忠贤示弱的声音，坚守自己的原则。
在天启五年（1625年），孙承宗的处境进一步恶化。马世龙在柳河之役中的失败，成为了孙承宗去职的导火索。马世龙的无能与骄纵被朝中言官大肆抨击，孙承宗作为其上级，也因此受到连带责任。面对朝野的压力，孙承宗屡次上疏请求辞职，终于在同年十月十五日获得了熹宗的批准，由高第接替了他的位置。
尽管孙承宗离职，熹宗仍对其恩宠有加，赐予了诸多荣誉与物质奖励。然而，孙承宗的去职并未结束他的政治风暴。魏忠贤继续对孙承宗施压，甚至强迫他参与为魏忠贤建生祠的活动，孙承宗坚决拒绝，这导致了魏忠贤的愤怒，使得孙承宗的晚年生活陷入孤立。
直到天启七年（1627年），熹宗去世，崇祯帝即位，魏忠贤倒台，孙承宗才看到了复出的希望。然而，由于之前的柳河之役以及王在晋等人的持续攻击，孙承宗的复出之路并不平坦。直至崇祯二年（1629年），袁崇焕的介入，澄清了柳河之役的真相，才在一定程度上缓解了孙承宗的压力。
五、临危受命
崇祯二年（1629年）十月，皇太极率领后金军队大举侵入明朝境内，局势危急。面对国家的紧急状态，崇祯帝在阁臣的建议下，于十一月初七日下令孙承宗速入京师，委以重任。孙承宗接到诏令后，迅速响应，十一月初九日接旨，次日便踏上征程，展现了一位老将的决断与担当。
崇祯帝在平台召见孙承宗，表达了对他的高度依赖与信任，询问其应对之策。孙承宗基于对战场局势的了解，提出了详尽的战略布局，建议以袁崇焕守蓟州，尤世威守密云，满桂守顺义，侯世禄守三河，形成稳固的防御体系，互为犄角，紧密配合，以确保京师安全。此外，他还对选将、粮饷、火器、兵丁等具体事项提出了建议。崇祯帝采纳了孙承宗的意见，并授予他广泛的权力，包括调动军队、惩治违令者等，显示了对孙承宗能力的高度认可。
孙承宗不负众望，立即投入到紧张的军事部署中。当皇太极对北京发动攻击时，孙承宗迅速调兵遣将，派遣游击尤岱率三千骑兵驰援京城，又调动其他部队协同作战。同时，他联络各地将领，协调兵力，确保通州一带的稳定，并及时应对后金军可能的动向，有效地遏制了敌军的攻势。
在袁崇焕被捕后，祖大寿等关宁军士兵出现动摇，孙承宗主动写信劝慰祖大寿，鼓励其率军收复失地，以功赎罪。孙承宗亲自前往山海关安抚士兵，成功稳定了军心，使祖大寿等人重新归顺，展现了卓越的领导力和军事才能。
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