然而，将领们对于宦官督军感到不满。同年冬季，西逃的农民军再度转向东部。左良玉和汤九州在前方设防，京营军队紧随其后，使农民军陷入困境。明军在柳泉、猛虎村连续取胜。农民军将领张妙手、贺双全等三十六家兵伪称请求招安，通过监军杨进朝向崇祯帝报告。明军将领们等待朝廷的指示，未敢轻易出击。到了冬季，黄河冰封，农民军借此机会越过黄河。元默率领左良玉、汤九州、李卑、邓玘的兵力在对岸迎击。农民军随后逃入卢氏山区，之后辗转进入川中、湖北一带，再绕道攻掠秦陇地区，最后再次出没于川中、湖北，伺机进犯河南。这一连串的行动导致中原地区更加残破，而三晋和京城周边地区则相对安宁，避免了长时间的战乱。
四、骄横自恣
崇祯七年（1634年），随着农民军渡过黄河，左良玉与其他将领被分配到各自的防区。此时，陈奇瑜和卢象升分别在陕西和湖北地区镇压农民军。夏天，中州地区暂时没有大规模的战斗。然而，陈奇瑜在车箱峡放走了李自成，这一举动促使朝廷考虑联合山西、河南、湖北、四川的兵力从四面围剿农民军。
农民军随后兵分三路：一路向庆阳方向挺进，一路进入郧阳，还有一路出关后直奔河南。进入河南的农民军又分成三个分支，对各地造成了极大的压力。左良玉负责扼守新安、渑池，而其他将领如陈治邦驻守汝州，陈永福扼守南阳。这些将领们大多采取了守势，未能有效地对抗农民军。
农民军的每个兵营拥有数万士兵，能够轮番作战，且军粮供应充足。相比之下，官军数量较少，且分散防守，粮食和军饷补给困难。农民军骑兵速度快，一天之内可以行军数百里，而官军以步兵为主，行军速度慢，长途跋涉后疲惫不堪，因此官军普遍存在畏敌心理。
在怀庆的时候，左良玉与当地督抚的意见不合，这使得他心中产生了私心，不再全力追击农民军，而是开始收留投降的将领以扩充自己的势力。督抚用文书征调他的军队时，左良玉也不按时响应，显示出他逐渐变得骄横自恣的迹象。
到了十二月，在磁山与农民军相遇时，左良玉与其部下与农民军发生了多次大规模的战斗。这些战斗异常激烈，左良玉率领的军队追击农民军超过了一百多里。虽然左良玉在战斗中表现出了一定的军事才能，但由于他与督抚之间的矛盾和个人野心的增长，导致他未能全力以赴地对抗农民军，从而为后来的局势埋下了隐患。
五、屡战闯军
崇祯八年（1635年）正月，农民军在颍州发动攻势，破坏了凤阳的皇陵。在农民军攻占鹿邑、柘城、宁陵、通许等地时，左良玉驻军许州，未能及时前往救援。四月，督师洪承畴驻扎汝州，命令各位将领分地拦截农民军。尤世威把守洛南，陈永福控制卢氏、永宁两地，邓玘、尤翟文、张应昌、许成名在湖广阻击农民军。考虑到吴村、瓦屋是内乡、淅川的战略要地，左良玉被命令与汤九州一同带领五千人扼守。
不久，邓玘因士兵哗变而死，曹文诏在陕西征讨农民军时也在真宁兵败身亡。农民军的气势愈发高涨，他们越过卢氏，直逼永宁。巡抚元默被捕还未离任时，命令左良玉从内乡与陈治邦、马良文一起前去援助卢氏。八月，左良玉在鄢城击败农民军。九月，左良玉追击农民军至郏县的神篨山。农民军的营地绵延数十里，采用轮换作战的方式消耗明军的体力，左良玉意识到形势不利，决定撤回兵力，停止了战斗。农民军随后进攻密县，左良玉从郏县出兵援救，迫使农民军撤离。十月，左良玉抵达灵宝，与辽东总兵官祖宽的军队联合，在涧口、焦村歼灭农民军。十一月，李自成离开朱阳关，张献忠长期占据灵宝，闯王高迎祥也与他联手。左良玉与祖宽在灵宝阻截，但未能抵挡住农民军的强大攻势，导致陕州失陷。农民军接着向东进攻洛阳，左良玉与祖宽跟随巡抚陈必谦解救洛阳，迫使农民军撤退。高迎祥、李自成的部队前往偃师、巩县，张献忠则逃往嵩县、汝州。左良玉从洛阳出发追击高迎祥和李自成，祖宽则分兵打击张献忠，救援汝州。此时，总理卢象升从湖广赶来，与祖宽一起在汝州西部大败农民军，并命令偏裨将领在宜阳的黄涧口再次击败农民军。
崇祯九年（1636年）二月，农民军在登封的郜城镇被击败，逃往石阳关，并与伊阳、嵩县的农民军会合。原总兵官汤九州从嵩县深入，与左良玉夹攻农民军。然而，在战斗中，左良玉中途撤退，汤九州孤军深入追击四十里，最终因孤立无援而战败牺牲。左良玉却将这场战斗当作捷报上报朝廷。五月，卢象升派遣祖宽、李重镇随陕西总督洪承畴向西推进。左良玉的军队实力最强，且大部分士兵来自中州，因此他独自留在河南。由于左良玉性格骄横傲慢，难以驾驭，朝廷派遣孔道光代替他的偏将赵柱驻守灵宝，防守洛西；左良玉与罗岱则驻守宜阳、永城两地，防守洛东。七月，左良玉的军队抵达开封，从登封的唐庄深入，从清晨激战至下午，迫使农民军向西撤退。陈永福刚刚在唐河击败敌人，农民军到达田家营时，左良玉渡河进攻，杀死、俘虏了许多农民军士兵。九月，巡抚杨绳武弹劾左良玉回避敌人，朝廷责令他立功赎罪。
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