努尔哈赤随后注意到代善给儿子岳讬和硕讬的部众条件较差，决定让他们与济尔哈朗的部众交换。当努尔哈赤询问代善为何给予儿子如此待遇时，代善声称儿子硕讬与自己的妾室有私情，并提供了证人喀勒珠。努尔哈赤斥责代善听信继妻而虐待儿子，并下令审问喀勒珠。结果，喀勒珠承认了诬陷硕讬的事实。
努尔哈赤严厉批评了代善偏听偏信的行为，并公开宣布：“欲全杀亲子、诸弟之人，哪有资格当一国之君，执掌大政！”随即废除了代善的太子之位，并剥夺了他管理的部众。九月二十八日，代善亲手杀害了继妻纳喇氏，以此向努尔哈赤请罪。努尔哈赤随后命令代善与诸贝勒各自立誓，确立了八和硕贝勒共同治理国家的新体制。
天命六年（1621年）二月，代善与阿敏、莽古尔泰、皇太极四位贝勒开始轮流负责政务，地位降至与其他三位贝勒平等。同年三月，代善随努尔哈赤征伐明朝，攻占了沈阳、辽阳等地。同年七月，明将毛文龙袭击镇江堡，努尔哈赤为了应对沿海局势，命令皇太极和阿敏迁移镇江居民到内地，而代善则负责迁移金州居民到复州。
努尔哈赤私下询问从弟阿敦关于继承人的看法时，阿敦暗示皇太极是最合适的人选。得知此事后，代善对皇太极产生了怨恨。阿敦还告诉代善，皇太极、莽古尔泰和阿济格有意陷害他，这使得代善更加警惕。代善向努尔哈赤哭诉此事，努尔哈赤召见了皇太极、莽古尔泰和阿济格，但他们均予以否认。努尔哈赤最终于九月十八日以挑拨离间、损害国政为由，判处阿敦监禁。经过这一系列事件后，努尔哈赤决定不再指定接班人，下一任汗位将由八和硕贝勒共同选举产生。自此，代善的地位明显下降，他所掌管的镶红旗也被分给了长子岳讬，自己仅保留正红旗的领导权。
四、拥戴四弟
天命十一年（1626年）八月十一日，努尔哈赤去世，汗位空缺近二十日。按照努尔哈赤生前的规定，应由八和硕贝勒共同推举嗣君。当时，代善和皇太极是最有可能的候选人，但双方僵持不下。五年前的阿敦事件中，代善与皇太极的关系一度紧张，几乎水火不容。
努尔哈赤去世后，代善的长子岳讬和三子萨哈璘向代善建议：“国不可一日无君，应当尽快确定新的领导者。四贝勒（皇太极）才德出众，深受先帝的信任，大家都愿意拥戴他，应该让他尽快继位。”在诸贝勒大臣会议上，代善首先提议拥戴皇太极，其他贝勒也纷纷表示赞同。因此，皇太极顺利即位为汗，并与其他三大贝勒并坐。
代善在皇太极即位后重新活跃起来。当年十月，他挂帅出征蒙古扎鲁特部，杀贝勒鄂尔寨图，并生擒贝勒巴克等十四人。十一月四日，代善凯旋回师，皇太极亲自带领诸贝勒大臣到铁岭樊河迎接。
天聪元年（1627年）五月，代善随皇太极出征锦州、宁远。当皇太极打算迎战宁远城外的明军满桂部队时，代善与其他两大贝勒极力反对，但皇太极为了洗刷父亲在宁远战败的耻辱，坚持作战，结果后金军损失惨重，被迫撤军。
天聪三年（1629年）十月，皇太极决定西征明朝。当行至喀喇沁的青城时，代善与莽古尔泰以过于冒险为由反对攻明，但代善之子岳讬带头支持皇太极，最终代善和其他贝勒被迫服从。随后，代善紧跟皇太极，一路进至北京城下，于德胜门外击败满桂所率明军，并在永定门外击败明军，杀死明侍郎刘之纶。第二年二月，代善随皇太极出塞返回沈阳。
天聪五年（1631年）八月，代善参与了大凌河之战，并取得胜利。在此期间，莽古尔泰在皇太极面前表现出不敬的态度，甚至露出刀刃。凯旋沈阳后不久，莽古尔泰被褫夺和硕贝勒之位。同年，皇太极通过礼部参政李伯龙的奏请，解决了并坐的问题，代善顺势发言表示愿意让皇太极独坐，自己和莽古尔泰侍坐于侧。从那时起，皇太极在元旦朝贺时独坐中央，代善则坐在右侧的特殊位置，成为定制。
五、屡遭敲打
代善虽然表面上顺从皇太极，但随着皇太极逐渐巩固自己的权力，兄弟之间的关系变得紧张。天聪九年（1635年）七月，察哈尔部林丹汗的遗孀归顺后金，皇太极安排代善娶林丹汗的大福晋娜木钟。代善拒绝了这个安排，表示娜木钟虽然地位尊贵但没有足够的财富，他希望娶另一位大福晋苏泰太后。然而，苏泰太后已经被许配给了刚丧偶的济尔哈朗，皇太极多次派人劝说代善娶娜木钟，但代善最终没有接受。娜木钟最终成为皇太极的妃子（懿靖大贵妃）。
同年九月，皇太极将林丹汗的另一位遗孀伯奇福晋赐给了豪格。豪格的妻子是皇太极姐姐莽古济的女儿，这让莽古济感到不满。当莽古济经过代善营地时，代善邀请她入内，并设宴款待，赠送财物，并派马送她回去。这件事被皇太极知晓后引发了极大的愤怒。
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