这番言论很快传到了吴三桂的耳中，并且在传播过程中有所变形，变成了王辅臣声称连吴三桂的脑子都敢吃。这让吴三桂颇为不悦。为了平息事态，吴三桂派人向王辅臣传达了自己的不满，表示他们之间的玩笑不应该牵涉到长辈，以免引起外人的非议。
王辅臣对此感到十分气愤，他认为吴三桂偏袒自己的儿子，因此决定离开吴三桂的麾下。为了实现这一目标，王辅臣花费了一笔钱打通关系，最终请求调任到甘肃固原担任提督。离开之际，吴三桂显得十分不舍，他说：“王辅臣这小子究竟花了多少钱？他的胆子竟然这么大。”吴三桂送别王辅臣时，一路相送，眼含泪水地说：“我知道你从不吃空饷，可是你家人口众多，从云南到平凉，路途遥远，旅途艰辛。”为了帮助王辅臣顺利完成迁徙，吴三桂慷慨解囊，拿出白银二万两作为路费。
抵达京城后，王辅臣得到了康熙帝的接见。康熙帝亲自安排钦天监为王辅臣选定出行吉日，并邀请他在宫中一起庆祝上元节。在宴会上，康熙帝将一把具有特殊意义的豹尾枪赠予王辅臣，这把枪是先帝顺治帝遗留下来的宝物，共两把，康熙帝每次出猎都会将其挂在马前。康熙帝解释说，这把枪代表着先帝的信任与荣耀，他希望王辅臣能够将这把枪视为对自己使命的象征，以此激励自己在平凉尽忠职守。
王辅臣深受感动，他跪地谢恩，表达了自己将竭尽全力回报圣恩的决心。这次任命标志着王辅臣告别了寄人篱下的日子，正式成为独当一面的大将，负责镇守一方。
五、首鼠两端
康熙十二年（1673年），随着三藩之乱的爆发，吴三桂开始积极联络各地将领，试图扩大自己的势力范围。吴三桂派遣使者汪士荣给王辅臣送去书信，邀请他出任总管大将军，加入反清行列。此时，康熙帝已经任命王辅臣和张勇共同统领陕西军务，以应对可能发生的叛乱。
王辅臣没有事先通知张勇，而是私下里将汪士荣和吴三桂的招降书交给了康熙帝。康熙帝见到信件后十分高兴，下令将汪士荣处以极刑，并且为了表彰王辅臣的忠诚，封其子王吉贞为太仆卿。然而，张勇在此之前军功高于王辅臣，这次事件导致二人之间产生了嫌隙。
随着局势的发展，四川提督郑蛟麟响应吴三桂的号召，公开叛乱。为此，康熙帝派遣重臣莫洛出京担任大学士，全权处理陕西军务。莫洛是鳌拜一党的成员，康熙帝赋予他调动山西和陕西兵马的权力。王辅臣之前与莫洛有过矛盾，而莫洛与张勇关系良好，这使得莫洛一开始就对王辅臣持有偏见，并在军务上处处为难他。
到了康熙十三年（1674年）十二月，由于粮饷和马匹的分配不公，王辅臣的副将邵苓芝感到极度不满，带领部队冲击了八旗军营，导致莫洛在混乱中中箭身亡。关于莫洛之死，《八旗通志·莫洛传》中记载，是王辅臣亲自指挥军队攻击莫洛军营。而萧一山的《清代通史》也采用了同样的说法。不过，这些记载的具体细节和真实性仍有待考证。
莫洛死后，其部队被王辅臣合并。随后，王辅臣派遣使者携带书信前往吴三桂处，表示愿意跟随反清。紧接着，王辅臣率领部队北返，到达沔县时，得知洞鄂率领满营骑兵前来。考虑到自己的兵力不足，难以对抗，王辅臣与总兵蔡元、副将白光勇等人率部进入陇右地区。洞鄂得知莫洛死亡的消息后，不清楚具体情况，也不敢轻易开战，于是率领部队返回西安。
六、占据平凉
王辅臣在占据平凉的过程中展现了非凡的军事才能和决断力。他率部自沔县出发，经略阳，进入陇南地区。在这一路上，阶州、徽县及其下属的成县、文县等地方相继依附于他。随着部队北进至秦州，知州巴山刚也归附了王辅臣。基于地理位置的重要性，王辅臣决定以平凉为根据地，这里位于陕甘要冲，北可控制宁夏，南可连接巴蜀，东可抵御清军。
王辅臣率部抵达平凉后，平凉游击李师膺打开城门迎接王辅臣及其部队。不久，庆阳和平凉各州也归附于他。此时，吴三桂已经封王辅臣为平远大将军、陕西东路总管，并提供饷银二十万两的支持。此外，他还命令王屏藩和吴之茂率部北进，援助王辅臣攻取整个陇右地区。
到了康熙十四年（1675年）正月，王辅臣派遣部将白光勇攻克清水县，秦州知州巴山刚率领秦州守军攻克巩昌。随后，陇西地区的其他府、州、县，包括伏羌、宁远等地也被王辅臣攻占。
面对王辅臣的反叛，康熙帝派遣王辅臣之子王吉贞回平凉，向王辅臣传达朝廷既往不咎的信息，希望他能迷途知返。然而，王辅臣并未立即接受这一提议，反而继续扩张势力，先后攻破兰州等地，使得陕甘地区陷入危急状态。清军方面，豫亲王多铎之子董额在进攻平凉时未能取得进展，攻城八个月也未能成功。
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