康熙十八年（1679年），郑锦的军队再次集结，准备攻击长泰。姚启圣与赉塔、杨捷以及巡抚吴兴祚联手出击，大败郑锦的军队，招降了大批官兵。在接下来的一年中，双方在江东桥、榴山寨等地展开激战，姚启圣与将士们英勇作战，再次取得胜利。
到了康熙十九年（1680年），姚启圣与赉塔、杨捷、石调声等将领合力攻复了海澄县。与此同时，提督万正色攻克了海坛岛。姚启圣派遣军队渡海，成功收复了金门和厦门，并招降了伪将军朱天贵、杨彪等人。这些胜利为他赢得了兵部尚书、太子太保的荣誉。
在康熙二十一年（1682年），姚启圣因收复海澄、金门、厦门的功勋，被授予世袭骑都尉的爵位，并加封一云骑尉。此时，郑锦已经去世，其子郑克塽继承了延平王的称号。郑克塽表示愿意向清朝称臣并进贡，但希望保留自己的发型传统。对此，姚启圣上奏康熙帝，请求拒绝郑克塽的要求，并推荐水师提督施琅领军攻取台湾。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅率领水师攻取了澎湖。八月，姚启圣前往澎湖监督粮饷供给，确保前线军队的补给充足。最终，施琅攻克台湾，郑克塽、刘国轩等人投降。姚启圣回到福州，完成了收复台湾的历史使命。
四、弹劾风波
康熙二十年（1681年），左都御史徐元文向朝廷上疏弹劾福建总督姚启圣，指责其行为不当、贪污腐败、滥用职权等问题。这一事件揭示了当时清朝政治体系内部的复杂斗争以及地方官员之间的矛盾。
徐元文列举了姚启圣的多项问题，包括滥用公款、贪污军饷、侵占民利、私生活奢靡、阻碍军事行动以及恶意中伤其他官员等。这些指控如果属实，无疑会对姚启圣的政治生涯造成重大打击。
对于第一条指控，徐元文指出姚启圣曾经请求借用国库银两经营生意获取利益，这是严重违反朝廷禁令的行为。此外，徐元文还提到姚启圣声称自己家中无任何财产，但实际上却挥霍无度，尤其是在军中捐款数额巨大，这表明他可能通过克扣军饷或剥削百姓来敛财。
第二条指控涉及到姚启圣个人的生活作风，包括拆毁民居建造私人园林，以及强娶长泰县乡绅戴玑的孙女为妾。这些行为不仅违背了朝廷的道德规范，而且引起了当地民众的强烈不满。
第三条指控则涉及姚启圣在军事方面的表现。徐元文指责姚启圣在海坛战役中消极抵抗，但在海坛被收复后又主张直接进攻台湾，这种前后矛盾的态度令人怀疑他的真实意图。
第四条指控指出了姚启圣与水师提督万正色之间的矛盾。徐元文提到姚启圣曾向侍郎温岱诬告万正色与敌军勾结，但这一说法后来被证实是错误的，这表明姚启圣试图通过诋毁他人来掩盖自己的不足。
第五条指控则是关于姚启圣在朝廷面前的形象。徐元文批评姚启圣为了谗言而在朝廷官员面前长跪不起，这被认为是失礼的行为。
面对这些严重的指控，康熙帝命令姚启圣做出回应。姚启圣随后上奏为自己辩护，解释了每一项指控。
针对第一项指控，姚启圣承认曾请求使用国库银两，但他辩称这是为了应对大量归顺人员需要犒赏的情况。他还说明了自己捐款的资金来源，包括贸易所得和个人资产的变卖，以及亲友的借款。
关于第二项指控，姚启圣否认了强娶之事，并澄清了修建总督府的原因，解释了与戴玑孙女无关的实际情况。
对于第三项指控，姚启圣解释了自己在军事行动上的考虑，包括在合适时机发动进攻的理由，以及为何在厦门收复后提出进攻台湾的策略。
第四项指控中，姚启圣否认了自己有任何不良动机，强调他与万正色之间的合作，并没有所谓的嫉妒或恶意中伤。
最后，关于第五项指控，姚启圣表示他在朝廷面前的表现是为了表达忠诚，并非谄媚。
姚启圣的答辩被呈交给了皇帝，最终康熙帝决定不予追究，此事也就此结束。
结语
康熙二十二年（1683年）十一月，姚启圣回到福州不久后，旧有的背疾再次发作，病情迅速恶化，最终不幸病逝，享年六十岁。姚启圣的一生充满了波折与挑战，特别是在福建总督任上期间，他不仅要应对复杂的军事局势，还要处理各种内政事务。他的去世标志着一个时代的结束，同时也引发了对其遗产和作为的重新评估。
康熙二十三年（1684年）九月，朝廷开始对姚启圣生前的一些行为进行审查。其中一项调查涉及到了他修造船舶和军械过程中可能存在的虚报国库资金的问题，总额达到了四万七千两银子以上。这样的指控在当时是非常严重的，因为这涉及到滥用公款和贪污腐败的问题。
然而，在得知姚启圣去世的消息后，康熙皇帝考虑到姚启圣在任期内为国家所做的贡献，特别是他在平定沿海叛乱和恢复海防方面所付出的 努 力 ，决定对这笔款项予以豁免，不再追究。
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